Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Sở
1. Các phòng và tương đương thuộc Sở (08 phòng)
a) Văn phòng;
b) Thanh tra;
c) Phòng Tổ chức cán bộ;
d) Phòng Nghiệp vụ Y;
đ) Phòng Nghiệp vụ Dược;
e) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
g) Phòng Quản lý hành nghề y, dược tư nhân;
h) Phòng Quản lý Bảo hiểm y tế và Công nghệ thông tin.
2. Các Chi cục và tổ chức tương đương thuộc Sở (02 đơn vị)
a) Chi cục Dân số Hà Nội;
b) Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Nội.
3. Các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở (77 đơn vị)
a) Khối Bệnh viện (42 đơn vị)
- Bệnh viện đa khoa Xanh Pôn.
- Bệnh viện Thanh Nhàn.
- Bệnh viện đa khoa Đức Giang.
- Bệnh viện đa khoa Hà Đông.
- Bệnh viện đa khoa Đống Đa.
- Bệnh viện Bắc Thăng Long.
- Bệnh viện đa khoa Thanh Trì.
- Bệnh viện đa khoa Hòe Nhai.
- Bệnh viện đa khoa Đông Anh.
- Bệnh viện đa khoa Vân Đình.
- Bệnh viện đa khoa Sơn Tây.
- Bệnh viện Nam Thăng Long.
- Bệnh viện Phụ sản Hà Nội.
- Bệnh viện Nhi Hà Nội.
- Bệnh viện Mắt thành phố Hà Nội.
- Bệnh viện Tâm thần Hà Nội.
- Bệnh viện đa khoa Y học cổ truyền Hà Nội.
- Bệnh viện Hữu nghị Việt Nam - Cu Ba.
- Bệnh viện Tâm thần ban ngày Mai Hương.
- Bệnh viện Phổi Hà Nội.
- Bệnh viện Ung bướu Hà Nội.
- Bệnh viện Tim Hà Nội.
- Bệnh viện Da liễu Hà Nội.
- Bệnh viện Y học cổ truyền Hà Đông.
- Bệnh viện Tâm thần Mỹ Đức.
- Bệnh viện Thận Hà Nội.
- Bệnh viện 09.
- Bệnh viện Phục hồi chức năng.
- Bệnh viện đa khoa Sóc Sơn.
- Bệnh viện đa khoa huyện Gia Lâm.
- Bệnh viện đa khoa huyện Ba Vì.
- Bệnh viện đa khoa huyện Phúc Thọ.
- Bệnh viện đa khoa huyện Thạch Thất.
- Bệnh viện đa khoa huyện Quốc Oai.
- Bệnh viện đa khoa huyện Đan Phượng.
- Bệnh viện đa khoa huyện Hoài Đức.
- Bệnh viện đa khoa huyện Chương Mỹ.
- Bệnh viện đa khoa huyện Thanh Oai.
- Bệnh viện đa khoa huyện Mỹ Đức.
- Bệnh viện đa khoa huyện Thường Tín.
- Bệnh viện đa khoa huyện Phú Xuyên.
- Bệnh viện đa khoa huyện Mê Linh.
b) Khối Trung tâm Y tế quận, huyện, thị xã (30 đơn vị)
- Trung tâm y tế quận Hoàn Kiếm.
- Trung tâm y tế quận Ba Đình.
- Trung tâm y tế quận Đống Đa.
- Trung tâm y tế quận Hai Bà Trưng.
- Trung tâm y tế quận Thanh Xuân.
- Trung tâm y tế quận Cầu Giấy.
- Trung tâm y tế quận Tây Hồ.
- Trung tâm y tế quận Hoàng Mai.
- Trung tâm y tế quận Long Biên.
- Trung tâm y tế quận Hà Đông.
- Trung tâm y tế quận Nam Từ Liêm.
- Trung tâm y tế quận Bắc Từ Liêm.
- Trung tâm y tế huyện Gia Lâm.
- Trung tâm y tế huyện Đông Anh.
- Trung tâm y tế huyện Thanh Trì.
- Trung tâm y tế huyện Sóc Sơn.
- Trung tâm y tế huyện Ba Vì.
- Trung tâm y tế huyện Phúc Thọ.
- Trung tâm y tế huyện Thạch Thất.
- Trung tâm y tế huyện Quốc Oai.
- Trung tâm y tế huyện Đan Phượng.
- Trung tâm y tế huyện Hoài Đức.
- Trung tâm y tế huyện Chương Mỹ.
- Trung tâm y tế huyện Thanh Oai.
- Trung tâm y tế huyện Mỹ Đức.
- Trung tâm y tế huyện Thường Tín.
- Trung tâm y tế huyện Phú Xuyên.
- Trung tâm y tế huyện Ứng Hòa.
- Trung tâm y tế huyện Mê Linh.
- Trung tâm y tế thị xã Sơn Tây.
c) Khối Trung tâm chuyên khoa và đơn vị khác (05 đơn vị)
- Trung tâm Cấp cứu 115.
- Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố Hà Nội.
- Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc, mỹ phẩm, thực phẩm Hà Nội.
- Trung tâm Giám định y khoa Hà Nội.
- Trung tâm Pháp y Hà Nội.
Bệnh viện Mắt Hà Nội và Bệnh viện Mắt Hà Đông được xem xét, hợp nhất thành Bệnh viện Mắt thành phố Hà Nội theo Quyết định số 4042/QĐ-UBND ngày 27 tháng 8 năm 2021 của Ủy ban nhân dân Thành phố và theo quy định của pháp luật.