Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Quản lý dự báo khí tượng thủy văn.
2. Vụ Quản lý mạng lưới khí tượng thủy văn.
3. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
4. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
5. Vụ Tổ chức cán bộ.
6. Văn phòng Tổng cục.
7. Trung tâm Mạng lưới khí tượng thủy văn quốc gia.
8. Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia.
9. Trung tâm Thông tin và Dữ liệu khí tượng thủy văn.
10. Trung tâm Công nghệ khí tượng thủy văn.
11. Trung tâm Hải văn.
12. Liên đoàn Khảo sát khí tượng thủy văn.
13. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Miền núi phía Bắc.
14. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Đồng bằng và Trung du Bắc Bộ.
15. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Bắc Trung Bộ.
16. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Trung Trung Bộ.
17. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Trung Bộ.
18. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Bộ.
19. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Nguyên.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 6 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Khí tượng Thủy văn thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 7 đến khoản 19 là các đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Tổng cục.
Văn phòng Tổng cục Khí tượng Thủy văn có 03 phòng.