Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Sở
1. Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu Sở
a) Sở có Giám đốc và các Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc do UBND thành phố quyết định;
b) Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở thuộc UBND thành phố, do Chủ tịch UBND thành phố bổ nhiệm, chịu trách nhiệm trước UBND, Chủ tịch UBND thành phố và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở theo Quy chế làm việc và phân công của UBND thành phố;
c) Phó Giám đốc Sở là cấp Phó của người đứng đầu Sở thuộc UBND thành phố, do Chủ tịch UBND thành phố bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Sở, giúp Giám đốc Sở thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Sở phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Sở vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy quyền thay Giám đốc Sở điều hành các hoạt động của Sở. Phó Giám đốc Sở không kiêm nhiệm người đứng đầu tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
2. Tổ chức hành chính thuộc Sở
a) Văn phòng;
b) Phòng Tài chính;
c) Phòng Tài nguyên Nước, Khoáng sản và Biển.
d) Chi cục Môi trường;
đ) Chi cục Quản lý đất đai;
e) Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật;
g) Chi cục Chăn nuôi và Thú y;
h) Chi cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường;
i) Chi cục Thủy lợi;
k) Chi cục Phát triển nông thôn;
l) Chi cục Thủy sản và Kiểm ngư.
3. Tổ chức khác: Văn phòng Điều phối chương trình mục tiêu Quốc gia xây dựng nông thôn mới.
4. Đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở (tiếp nhận nguyên trạng đơn vị)
a) Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp thành phố Cần Thơ;
b) Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn thành phố Cần Thơ;
c) Trung tâm Quan trắc Tài nguyên và Môi trường thành phố Cần Thơ;
d) Văn phòng Đăng ký đất đai thành phố Cần Thơ;
đ) Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường tỉnh Hậu Giang;
e) Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Hậu Giang;
g) Trung tâm Khuyến nông và Dịch vụ nông nghiệp tỉnh Hậu Giang;
h) Trung tâm Giống nông nghiệp và Khuyến nông tỉnh Sóc Trăng;
i) Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường tỉnh Sóc Trăng;
k) Trung tâm Phát triển quỹ đất tỉnh Sóc Trăng;
l) Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn tỉnh Sóc Trăng;
m) Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh Sóc Trăng;
n) Ban Quản lý Cảng cá Trần Đề tỉnh Sóc Trăng;
o) Ban Quản lý rừng phòng hộ ven biển tỉnh Sóc Trăng.