Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Viện
1. Lãnh đạo Viện:
Lãnh đạo Viện Khoa học kỹ thuật nông lâm nghiệp miền núi phía Bắc có Viện trưởng và các Phó Viện trưởng.
a) Viện trưởng: do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện.
b) Phó Viện trưởng: do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được Viện trưởng phân công.
2. Các phòng nghiệp vụ giúp Viện trưởng thực hiện nhiệm vụ:
a) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;
b) Phòng Tổ chức Hành chính;
c) Phòng Tài chính Kế toán.
Các phòng có Trưởng phòng và Phó Trưởng phòng
3. Các bộ môn nghiên cứu:
a) Bộ môn Cây lương thực và Cây thực phẩm;
b) Bộ môn Khoa học đất và Sinh thái vùng cao;
c) Bộ môn Nông lâm kết hợp
d) Bộ môn Hệ thống nông nghiệp;
e) Bộ môn Công nghệ sinh học và nhân giống.
f) Bộ môn Công nghệ sau thu hoạch;
Các bộ môn có Trưởng Bộ môn và Phó Trưởng Bộ môn
4. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện:
a) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Cà phê chè;
b) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Rau hoa quả;
c) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Chè;
d) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Cây ôn đới;
Trung tâm có Giám đốc và Phó Giám đốc
Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Cà phê chè, Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Cây ôn đới được sử dụng con dấu riêng, mở tài khoản tại Kho bạc theo uỷ quyền của Viện trưởng và quy định của pháp luật.
5. Công ty Tư vấn Đầu tư phát triển Chè và Cây nông lâm nghiệp. Công ty được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật.