Điều 3 : Chi cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản vùng 3 có 01 Giám đốc phụ trách chung và không quá 2 Phó giám đốc giúp việc. Giám đốc Chi cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản vùng 3 do Bộ trưởng Bộ Thuỷ sản bổ nhiệm theo đề nghị của Cục trưởng Cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản. Phó giám đốc Chi cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản vùng 3 do Cục trưởng Cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Chi cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản vùng 3 sau khi có ý kiến thoả thuận của Bộ Thuỷ sản.
Ngoài số biên chế hưởng lương do ngân sách Nhà nước cấp, Chi cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản vùng 3 được tuyển dụng thêm lao động hợp đồng hưởng lương từ nguồn thu phí, lệ phí và dịch vụ kỹ thuật theo quy định của pháp luật. Chỉ tiêu biên chế công chức và lao động hợp đồng của Chi cục do Cục trưởng Cục quản lý Chất lượng, An toàn vệ sinh và Thú y thuỷ sản phân bổ sau khi có ý kiến chấp thuận của Bộ Thuỷ sản.