Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Chính sách và Pháp chế.
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
4. Vụ Tổ chức cán bộ.
5. Văn phòng Tổng cục.
6. Cục Quản lý điều tra cơ bản biển và hải đảo.
7. Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo.
8. Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển, hải đảo.
9. Viện Nghiên cứu biển và hải đảo.
10. Trung tâm Hải văn.
11. Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển.
12. Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Bắc.
13. Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Nam.
14. Trung tâm Thông tin, dữ liệu biển và hải đảo quốc gia.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 8 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 9 đến khoản 14 là các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.
Văn phòng Tổng cục có 04 phòng; Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển, hải đảo có văn phòng và 03 phòng; Cục Quản lý điều tra cơ bản biển và hải đảo có văn phòng, 03 phòng và Trung tâm Kiểm định và Quản lý bến đỗ; Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo có văn phòng và 03 phòng.