Điều 3. Tổ chức của Trung tâm
a) Lãnh đạo Trung tâm có Giám đốc và một số Phó Giám đốc.
Giám đốc chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về các nhiệm vụ được giao và chịu trách nhiệm trước pháp luật về mọi hoạt động của Trung tâm; quy định chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị trực thuộc Trung tâm; xây dựng quy chế làm việc và điều hành mọi hoạt động của Trung tâm.
Phó Giám đốc giúp việc Giám đốc, chịu trách nhiệm trước Giám đốc về các lĩnh vực công tác được phân công.
b) Bộ máy giúp việc Giám đốc
1. Văn phòng;
2. Phòng Kế hoạch;
3. Phòng Kế toán - Tài chính;
4. Phòng Hợp tác quốc tế và quản lý dự án;
5. Phòng Khoa học kỹ thuật.
c) Các tổ chức sự nghiệp
1. Trung tâm Thu nhận và xử lý ảnh viễn thám;
2. Trung tâm Cơ sở dữ liệu và hệ thống thông tin;
3. Trung tâm Thành lập và hiện chỉnh bản đồ cơ sở;
4. Trung tâm Giám sát tài nguyên và môi trường;
5. Trung tâm Ứng dụng và phát triển công nghệ;
6. Trung tâm Ứng dụng công nghệ viễn thám (tại thành phố Hồ Chí Minh).
Trung tâm Viễn thám là đơn vị dự toán cấp III, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại kho bạc nhà nước và ngân hàng theo quy định.
Các Trung tâm trực thuộc Trung tâm Viễn thám có con dấu riêng và được mở tài khoản tiền gửi tại kho bạc nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật