Điều 4. Cơ cấu tổ chức
1. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở
a) Phòng Kế hoạch, Tài chính.
b) Phòng Quản lý đất đai.
c) Phòng Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý.
d) Phòng Khoáng sản.
đ) Phòng Tổ chức cán bộ.
2. Văn phòng Sở.
3. Các Chi cục quản lý nhà nước chuyên ngành
a) Chi cục Kiểm lâm.
b) Chi cục Thủy sản - Biển đảo.
c) Chi cục Phát triển nông thôn.
d) Chi cục Thủy lợi.
đ) Chi cục Trồng trọt, Bảo vệ thực vật và Quản lý chất lượng.
e) Chi cục Bảo vệ môi trường.
g) Chi cục Chăn nuôi và Thú y.
4. Các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở
a) Trung tâm Khuyến nông.
b) Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn.
c) Trung tâm Trắc địa và Quan trắc môi trường.
d) Trung tâm Giống.
đ) Trung tâm Tư vấn nông nghiệp và phát triển nông thôn (đang thực hiện giải thể).
e) Trung tâm phát triển quỹ đất tỉnh Kon Tum (chuyển về Trung tâm phát triển quỹ đất tỉnh Quảng Ngãi);
g) Văn phòng Đăng ký đất đai tỉnh.
h) Ban Quản lý các cảng cá.
i) Ban Quản lý rừng phòng hộ hạ Thạch Nham.
k) Ban Quản lý rừng phòng hộ thượng Thạch Nham.
l) Ban Quản lý rừng phòng hộ Đăk Hà.
m) Ban Quản lý rừng phòng hộ Đăk Glei.
n) Ban Quản lý rừng phòng hộ Tu Mơ Rông.
o) Ban Quản lý rừng phòng hộ Kon Rẫy.
q) Ban Quản lý rừng đặc dụng Đăk Uy.
r) Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh.
s) Ban Quản lý Khu dự trữ thiên nhiên Tây Ba Tơ.
Việc thành lập, tổ chức lại, giải thể Văn phòng, các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở được thực hiện theo quy định của pháp luật.
5. Tổ chức khác thuộc Sở
a) Quỹ bảo vệ môi trường, Phát triển rừng và Phòng, chống thiên tai.
b) Ban Quản lý Dự án nâng cấp, mở rộng Khu neo đậu tránh trú bão kết hợp cảng cá Tịnh Hòa.
c) Ban Quản lý dự án Hiện đại hóa thủy lợi thích ứng biến đổi khí hậu (ADB9).
d) Ban Quản lý dự án Sửa chữa và nâng cao an toàn đập.
đ) Ban Quản lý dự án Chuyển đổi nông nghiệp bền vững (VnSAT).
e) Ban Quản lý dự án Bảo vệ và Quản lý tổng hợp các hệ sinh thái rừng (KfW10).
g) Ban Quản lý dự án hiện đại hóa thủy lợi thích ứng biến đổi khí hậu.
h) Ban quản lý dự án Phát triển lâm nghiệp để cải thiện đời sống (Flitch).
i) Văn phòng Thường trực Ban chỉ huy Phòng chống thiên tai và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh Quảng Ngãi (kiêm nhiệm).