Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch – Tài chính;
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế;
3. Vụ Nuôi trồng thủy sản;
4. Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản;
5. Văn phòng Tổng cục (có đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh);
6. Thanh tra Tổng cục;
7. Viện Kinh tế và Quy hoạch Thủy sản;
8. Trung tâm Khảo nghiệm, Kiểm nghiệm, Kiểm định nuôi trồng thủy sản;
9. Trung tâm Thông tin thủy sản.
Tại Điều này, các tổ chức từ khoản 1 đến khoản 6 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ khoản 7 đến khoản 9 là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục.