Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Trung tâm:
1. Lãnh đạo Trung tâm gồm: Giám đốc, từ 01 đến 02 Phó Giám đốc.
Giám đốc Trung tâm phụ trách chung và chịu trách nhiệm về toàn bộ hoạt động của Trung tâm trước Giám đốc Sở Y tế và trước pháp luật; Phó Giám đốc là người giúp việc Giám đốc, phụ trách một hoặc một số lĩnh vực công tác do Giám đốc Trung tâm phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc, trước pháp luật về lĩnh vực công tác được giao.
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, từ chức, khen thưởng, kỷ luật Giám đốc và Phó Giám đốc Trung tâm thực hiện theo quy định hiện hành.
2. Cơ cấu tổ chức giúp việc gồm:
2.1. Phòng Kế hoạch - Tài chính.
2.2. Phòng Tổ chức - hành chính.
2.3. Khoa truyền thông, can thiệp và huy động cộng đồng.
2.4. Khoa giám sát HIV/AIDS/STI;
2.5. Khoa tư vấn, chăm sóc và điều trị HIV/AIDS;
2.6. Khoa xét nghiệm;
3. Biên chế của Trung tâm trong tổng biên chế được UBND tỉnh giao cho Sở Y tế theo kế hoạch chung.