Điều 4. Thanh tra Bộ có Chánh Thanh tra, một số Phó Chánh Thanh tra.
Chánh Thanh tra có trách nhiệm quản lý toàn diện công chức của Thanh tra Bộ; tổ chức học tập, bồi dưỡng nâng cao trình độ cho công chức; quản lý tài chính, tài sản được giao theo quy định của Nhà nước; chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Tài chính về toàn bộ hoạt động của Thanh tra Bộ; chịu trách nhiệm trước Tổng Thanh tra về công tác, nghiệp vụ thanh tra. Các Phó Chánh Thanh tra giúp Chánh Thanh tra chỉ đạo, điều hành các lĩnh vực công tác và chịu trách nhiệm trước Chánh Thanh tra về những nhiệm vụ được phân công phụ trách.
Cơ cấu tổ chức của Thanh tra Bộ gồm:
- Phòng Tổng hợp.
- Phòng Quản lý các vấn đề khiếu nại, tố cáo của công dân (gọi tắt là Phòng Khiếu tố).
- Phòng Xử lý sau thanh tra.
- Phòng Thanh tra ngân sách (gọi tắt là Phòng thanh tra 1).
- Phòng Thanh tra vốn đầu tư xây dựng (gọi tắt là Phòng thanh tra 2).
- Phòng Thanh tra tài chính các đơn vị hành chính sự nghiệp (gọi tắt là Phòng thanh tra 3).
- Phòng Thanh tra tài chính doanh nghiệp (gọi tắt là Phòng thanh tra 4).
- Phòng Thanh tra Giá (gọi tắt là Phòng thanh tra 5).
- Phòng Thanh tra chấp hành phỏp luật về thanh tra, kiểm tra, thực hành tiết kiệm, chống lóng phớ, chống tham nhũng (gọi tắt là Phòng thanh tra 6).
- Đại diện Thanh tra Bộ Tài chính tại TP Hồ Chí Minh.
- Tạp chí Thanh tra Tài chính.
Nhiệm vụ cụ thể của các phòng, Đại diện Thanh tra Bộ Tài chính tại TP Hồ Chí Minh và Tạp chí Thanh tra Tài chính do Chánh Thanh tra Bộ quy định.
Thanh tra viên thuộc Thanh tra Bộ thực hiện nhiệm vụ chủ yếu theo chế độ chuyên viên và theo quy định đối với Đoàn thanh tra; Chánh Thanh tra Bộ có trách nhiệm tổ chức công việc, phân công nhiệm vụ cho Thanh tra viên phù hợp chức danh ngạch công chức và năng lực chuyên môn, đảm bảo thực hiện nhiệm vụ được giao.