Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Quản lý dự báo khí tượng thủy văn.
2. Vụ Quản lý mạng lưới khí tượng thủy văn.
3. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
4. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
5. Vụ Tổ chức cán bộ.
6. Văn phòng Tổng cục.
7. Trung tâm Quan trắc khí tượng thủy văn.
8. Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia.
9. Trung tâm Thông tin và Dữ liệu khí tượng thủy văn.
10. Trung tâm Ứng dụng công nghệ khí tượng thủy văn.
11. Tạp chí Khí tượng Thủy văn.
12. Liên đoàn Khảo sát khí tượng thủy văn.
13. Đài Khí tượng cao không.
14. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Bắc.
15. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Việt Bắc.
16. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Đông Bắc.
17. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực đồng bằng Bắc Bộ.
18. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Bắc Trung Bộ.
19. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Trung Trung Bộ.
20. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Trung Bộ.
21. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Bộ.
22. Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Nguyên.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 6 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Khí tượng Thủy văn thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 7 đến khoản 22 là các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.
Văn phòng Tổng cục Khí tượng Thủy văn có 03 phòng.