Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch – Tài chính;
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế;
3. Vụ Quản lý Xây dựng cơ bản;
4. Vụ Quản lý nguồn nước và nước sạch nông thôn;
5. Vụ Quản lý công trình thủy lợi;
6. Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống lụt, bão;
7. Văn phòng Tổng cục (có đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh);
8. Thanh tra Tổng cục;
9. Viện Quy hoạch Thủy lợi;
10. Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam;
11. Trung tâm Tư vấn và Chuyển giao công nghệ Thủy lợi;
12. Trung tâm Phòng tránh và Giảm nhẹ thiên tai.
Tại Điều này, các tổ chức từ khoản 1 đến khoản 8 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ khoản 9 đến khoản 12 là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục.