Điều 3. Cơ cấu tổ chức
Phân viện Quy hoạch thủy sản phía Nam có 01 Phân viện trưởng và một số Phó phân viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Thủy sản bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng Viện Kinh tế và Quy hoạch thủy sản.
Cơ cấu tổ chức Phân viện gồm:
1. Phòng Hành chính tổng hợp
2. Phòng Quy hoạch
3. Phòng Thiết kế và bản đồ.