Điều 4. Cơ cấu tổ chức bộ máy của Trung tâm gồm có: Giám đốc và một số Phó giám đốc phụ trách lĩnh vực công tác được phân công.
Các phòng nghiệp vụ thuộc Trung tâm:
1. Văn phòng;
2. Phòng Phát triển và Đảm bảo mạng;
3. Phòng Phần mềm;
4. Phòng Đảm bảo thông tin và Tích hợp cơ sở dữ liệu.
5. Phòng Đào tạo.