Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Ban
a) Các tổ chức giúp Trưởng ban thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn quản lý nhà nước:
1. Vụ Công giáo;
2. Vụ Phật giáo;
3. Vụ Tin lành;
4. Vụ Cao đài;
5. Vụ các tôn giáo khác;
6. Vụ Tổ chức cán bộ;
7. Vụ Pháp chế - Thanh tra;
8. Vụ Hợp tác quốc tế;
9. Văn phòng.
b) Các tổ chức sự nghiệp thuộc Ban:
1. Trung tâm Nghiên cứu, bồi dưỡng nghiệp vụ công tác tôn giáo;
2. Nhà xuất bản Tôn giáo;
3. Tạp chí Công tác tôn giáo;
4. Trung tâm Tin học.