Điều 11.
1. Bộ trưởng Bộ Thủy lợi chịu trách nhiệm trước Quốc hội và Hội đồng Chính phủ lãnh đạo toàn bộ công tác của Bộ ghi ở chương I, chương II của bản quy định này.
Trong phạm vi quyền hạn được giao, Bộ trưởng Bộ Thủy lợi ra các quyết định, thông tư, chỉ thị và kiểm tra các ngành, các cấp thi hành những quyết định, thông tư, chỉ thị ấy; sửa đổi hoặc bãi bỏ những quyết định không thích đáng của cơ quan chuyên môn cấp dưới thuộc ngành mình; đề nghị sửa đổi hoặc bãi bỏ những quyết định không thích đáng của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan trực thuộc Hội đồng Chính phủ hoặc Ủy ban nhân dân địa phương có liên quan đến lĩnh vực thống nhất quản lý ngành thủy lợi.
Xét yêu cầu cần thiết, Bộ trưởng Bộ Thủy lợi được thành lập một số hội đồng làm tư vấn cho mình trong từng mặt công tác quan trọng như hội đồng kinh tế, hội đồng khoa học - kỹ thuật,… nhiệm vụ và thành viên của các hội đồng này do Bộ trưởng quyết định.
2. Các thứ trưởng giúp Bộ trưởng trong việc lãnh đạo chung và được Bộ trưởng ủy nhiệm chỉ đạo một số lĩnh vực công tác của Bộ. Mỗi thứ trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về lĩnh vực công tác được phân công; được ủy quyền quyết định những vấn đề thuộc phạm vi trách nhiệm, quyền hạn được giao trên cơ sở kế hoạch, chương trình công tác của Bộ và không trái với quyết định, chỉ thị của Bộ trưởng.
3. Trong các thứ trưởng, có một thứ trưởng thường trực giúp Bộ trưởng trực tiếp chỉ đạo, điều hoà, phối hợp công việc chung của Bộ, thay mặt Bộ trưởng giải quyết công việc thuộc thẩm quyền của Bộ trưởng khi Bộ trưởng vắng mặt.