Điều 3. Cơ cấu tổ chức của viện bao gồm:
1. Văn phòng
2. Ban tổ chức cán bộ,
3. Ban kế hoạch và hợp tác quốc tế.
4. Ban kỹ thuật hạt nhân và an toàn phóng xạ.
5. Viện nghiên cứu hạt nhân Đà Lạt.
6. Trung tâm hạt nhân thành phố Hồ Chí Minh.
7. Trung tâm vật liệu hạt nhân.
8. Những cơ sở nghiên cứu, quản lý và sản xuất thuộc diện quản lý của viện, tuỳ theo tình hình phát triển của ngành hạt nhân .
Nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy và biên chế của các đơn vị nói trên do viện trưởng Viện Năng lượng nguyên tử Quốc gia quy định theo tinh thần gọn nhẹ, có hiệu quả thiết thực.