Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
a) Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước:
1. Vụ Kế hoạch;
2. Vụ Tài chính;
3. Vụ Khoa học công nghệ;
4. Vụ Hợp tác quốc tế;
5. Vụ Pháp chế;
6. Vụ Tổ chức cán bộ;
7. Cục Nông nghiệp;
8. Cục Bảo vệ thực vật;
9. Cục Thú y;
10. Cục Chế biến nông lâm sản và nghề muối;
11. Cục Lâm nghiệp;
12. Cục Kiểm lâm;
13. Cục Thủy lợi;
14. Cục Quản lý đê điều và phòng, chống lụt, bão;
15. Cục Quản lý xây dựng công trình;
16. Cục Hợp tác xã và Phát triển nông thôn;
17. Thanh tra;
18. Văn phòng.
b) Các tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ:
1. Trung tâm Tin học;
2. Trung tâm Khuyến nông Quốc gia;
3. Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn;
4. Báo Nông nghiệp Việt Nam;
5. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, phối hợp với Bộ trưởng Bộ Nội vụ xây dựng đề án sắp xếp và cơ chế quản lý đối với các viện, các trường và các đơn vị sự nghiệp khác thuộc Bộ trình Thủ tướng Chính phủ quyết định trước ngày 30 tháng 6 năm 2004. Trong khi Thủ tướng Chính phủ chưa có quyết định mới, các đơn vị sự nghiệp hiện có thuộc Bộ hoạt động theo quy định hiện hành.