Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Thanh tra khối kinh tế ngành (gọi tắt là Vụ I).
2. Vụ Thanh tra khối nội chính và kinh tế tổng hợp (gọi tắt là Vụ II).
3. Vụ Thanh tra khối văn hóa, xã hội (gọi tắt là Vụ III).
4. Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra.
5. Vụ Tiếp dân và Xử lý đơn thư.
6. Vụ Pháp chế.
7. Vụ Tổ chức Cán bộ.
8. Vụ Hợp tác Quốc tế.
9. Vụ Kế hoạch, Tài chính và Tổng hợp.
10. Văn phòng (có Văn phòng đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh).
11. Cục Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Thanh tra khu vực 1 (gọi tắt là Cục I).
12. Cục Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Thanh tra khu vực 2 (gọi tắt là Cục II).
13. Cục Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Thanh tra khu vực 3 (gọi tắt là Cục III).
14. Cục Chống tham nhũng (gọi tắt là Cục IV).
15. Viện Khoa học Thanh tra.
16. Trường Cán bộ Thanh tra.
17. Báo Thanh tra.
18. Tạp chí Thanh tra.
19. Trung tâm Thông tin.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ Khoản 1 đến Khoản 14 là các đơn vị giúp Tổng Thanh tra Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị quy định từ Khoản 15 đến Khoản 19 là các đơn vị sự nghiệp.
Vụ I, Vụ II, Vụ III, Vụ Giám sát, thẩm định và xử lý sau thanh tra, Vụ Kế hoạch, Tài chính và Tổng hợp, Vụ Hợp tác Quốc tế được tổ chức 03 phòng trực thuộc; Vụ Tiếp dân và Xử lý đơn thư, Vụ Tổ chức Cán bộ được tổ chức 04 phòng trực thuộc; Vụ Pháp chế được tổ chức 02 phòng trực thuộc.
Vụ Tiếp dân và Xử lý đơn thư có con dấu riêng và có bộ phận thường trực để quản lý Trụ sở Tiếp công dân của Trung ương Đảng và Nhà nước tại thành phố Hồ Chí Minh.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các vụ, cục, đơn vị do Tổng Thanh tra Chính phủ quy định.