Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Truyền thông và Thi đua, khen thưởng.
2. Vụ Sức khỏe Bà mẹ - Trẻ em.
3. Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế.
4. Vụ Bảo hiểm y tế.
5. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
6. Vụ Tổ chức cán bộ.
7. Vụ Hợp tác quốc tế.
8. Vụ Pháp chế.
9. Văn phòng Bộ.
10. Thanh tra Bộ.
11. Cục Y tế dự phòng.
12. Cục Phòng, chống HIV/AIDS.
13. Cục An toàn thực phẩm.
14. Cục Quản lý Môi trường y tế.
15. Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo.
16. Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
17. Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền.
18. Cục Quản lý Dược.
19. Cục Công nghệ thông tin.
20. Tổng cục Dân số.
21. Viện Chiến lược và Chính sách y tế.
22. Báo Sức khỏe và Đời sống.
23. Tạp chí Y Dược học.
Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 20 Điều này là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 21 đến khoản 23 Điều này là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế.
Vụ Kế hoạch - Tài chính có 05 phòng; Cục Y tế dự phòng có 04 phòng và Văn phòng Cục; Cục Phòng, chống HIV/AIDS có 03 phòng và Văn phòng Cục; Cục An toàn thực phẩm có 05 phòng và Văn phòng Cục; Cục Quản lý Môi trường y tế có 03 phòng và Văn phòng Cục; Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo có 02 phòng và Văn phòng Cục; Cục Quản lý Khám, chữa bệnh có 05 phòng và Văn phòng Cục; Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền có 03 phòng và Văn phòng Cục; Cục Quản lý Dược có 06 phòng và Văn phòng Cục; Cục Công nghệ thông tin có 02 phòng và Văn phòng Cục; Văn phòng Bộ có 07 phòng; Thanh tra Bộ có 05 phòng.
Bộ trưởng Bộ Y tế trình Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Dân số; ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp khác trực thuộc Bộ Y tế.
Bộ trưởng Bộ Y tế quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức thuộc bộ, trừ Tổng cục Dân số.