Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Ban Tổ chức cán bộ.
2. Ban Kế hoạch - Tài chính.
3. Ban Ứng dụng và Triển khai công nghệ.
4. Ban Hợp tác quốc tế.
5. Ban Kiểm tra.
6. Văn phòng (được thành lập các phòng trực thuộc).
7. Cơ quan đại diện của Viện tại thành phố Hồ Chí Minh.
8. Viện Toán học.
9. Viện Vật lý.
10. Viện Hoá học.
11. Viện Hoá học các hợp chất thiên nhiên.
12. Viện Cơ học.
13. Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật.
14. Viện Địa lý.
15. Viện Địa chất.
16. Viện Vật lý địa cầu.
17. Viện Hải dương học.
18. Viện Tài nguyên và Môi trường biển.
19. Viện Địa chất và Địa vật lý biển.
20. Viện Khoa học năng lượng.
21. Viện Khoa học vật liệu.
22. Viện Công nghệ thông tin.
23. Viện Công nghệ sinh học.
24. Viện Công nghệ môi trường.
25. Viện Công nghệ hoá học.
26. Viện Công nghệ vũ trụ.
27. Viện Cơ học và Tin học ứng dụng.
28. Viện Sinh học nhiệt đới.
29. Viện Kỹ thuật nhiệt đới.
30. Viện Khoa học vật liệu ứng dụng.
31. Viện Nghiên cứu và Ứng dụng công nghệ Nha Trang.
32. Trung tâm Thông tin - Tư liệu.
33. Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam.
34. Nhà xuất bản Khoa học tự nhiên và công nghệ.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 7 là các đơn vị giúp việc Chủ tịch Viện; các đơn vị quy định từ khoản 8 đến khoản 31 là các viện nghiên cứu; các đơn vị quy định từ khoản 32 đến khoản 34 là các đơn vị sự nghiệp.
Căn cứ nhu cầu phát triển, Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam quyết định thành lập, đổi tên, tổ chức lại, sáp nhập, giải thể các đơn vị sự nghiệp khác trực thuộc Viện và quyết định thành lập, đổi tên, tổ chức lại, sáp nhập, giải thể các đơn vị tự trang trải kinh phí và doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định của pháp luật.