Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch - Đầu tư.
2. Vụ Tài chính.
3. Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông.
4. Vụ Vận tải.
5. Vụ Pháp chế.
6. Vụ Khoa học - Công nghệ và Môi trường.
7. Vụ Hợp tác quốc tế.
8. Vụ Tổ chức cán bộ.
9. Thanh tra.
10. Văn phòng.
11. Cục Đường bộ Việt Nam.
12. Cục Đường cao tốc Việt Nam.
13. Cục Hàng hải Việt Nam.
14. Cục Hàng không Việt Nam.
15. Cục Đường sắt Việt Nam.
16. Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
17. Cục Đăng kiểm Việt Nam.
18. Cục Quản lý đầu tư xây dựng.
19. Trung tâm Công nghệ thông tin.
20. Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải.
21. Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải.
22. Báo Giao thông.
23. Tạp chí Giao thông vận tải.
Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 18 Điều này là tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 19 đến khoản 23 Điều này là đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.
Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường bộ Việt Nam có con dấu hình Quốc huy.
Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có các Cảng vụ trong cơ cấu tổ chức của Cục. Các Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa là tổ chức hành chính tương đương Chi cục thuộc Cục thuộc bộ.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức trực thuộc bộ; trình Thủ trướng Chính phủ ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc bộ.