Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
a) Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước:
1. Vụ Khoa học xã hội và Tự nhiên;
2. Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật;
3. Vụ Đánh giá, thẩm định và Giám định công nghệ;
4. Vụ Công nghệ cao;
5. Vụ Kế hoạch - Tài chính;
6. Vụ Hợp tác Quốc tế;
7. Vụ Pháp chế;
8. Vụ Tổ chức cán bộ;
9. Thanh tra;
10. Văn phòng;
11. Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng;
12. Cục Sở hữu trí tuệ;
13. Cục Kiểm soát và An toàn bức xạ, hạt nhân;
14. Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc.
b) Các tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ:
1. Viện Chiến lược và Chính sách Khoa học và Công nghệ;
2. Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam;
3. Viện ứng dụng công nghệ;
4. Trung tâm Thông tin Khoa học và Công nghệ Quốc gia;
5. Trường Nghiệp vụ quản lý Khoa học và Công nghệ;
6. Trung tâm Tin học;
7. Báo Khoa học và Phát triển;
8. Tạp chí Hoạt động Khoa học;
9. Tạp chí Tia sáng.