Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
1. Vụ Kế hoạch – Đầu tư;
2. Vụ Tài chính;
3. Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông;
4. Vụ An toàn giao thông;
5. Vụ Pháp chế;
6. Vụ Vận tải;
7. Vụ Khoa học – Công nghệ;
8. Vụ Môi trường;
9. Vụ Hợp tác quốc tế;
10. Vụ Tổ chức cán bộ;
11. Thanh tra;
12. Văn phòng;
13. Tổng cục Đường bộ Việt Nam;
14. Cục Đường sắt Việt Nam;
15. Cục Đường thủy Việt Nam;
16. Cục Hàng hải Việt Nam;
17. Cục Hàng không Việt Nam;
18. Cục Đăng kiểm Việt Nam;
19. Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông;
20. Cục Y tế giao thông vận tải;
21. Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải;
22. Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải;
23. Trung tâm Công nghệ thông tin;
24. Báo Giao thông vận tải;
25. Tạp chí Giao thông vận tải.
Các tổ chức từ khoản 1 đến khoản 20 Điều này là tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước, các tổ chức từ khoản 21 đến khoản 25 Điều này là tổ chức sự nghiệp trực thuộc Bộ Giao thông vận tải.
Văn phòng, Thanh tra, Vụ Kế hoạch – Đầu tư, Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức phòng trực thuộc; Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông có Chi cục đặt tại một số địa phương.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải trình Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam và ban hành danh sách của tổ chức sự nghiệp khác còn lại thuộc Bộ.