Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
a) Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước:
1. Vụ Nuôi trồng Thủy sản;
2. Vụ Kinh tế tập thể và Kinh tế tư nhân;
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính;
4. Vụ Khoa học, Công nghệ;
5. Vụ Hợp tác quốc tế;
6. Vụ Pháp chế;
7. Vụ Tổ chức cán bộ;
8. Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản;
9. Cục Quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh và thú y thủy sản;
10. Thanh tra;
11. Văn phòng.
b) Các tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ:
1. Viện Nghiên cứu Hải sản;
2. Viện Kinh tế và Quy hoạch thủy sản;
3. Viện Nghiên cứu nuôi trồng Thủy sản I;
4. Viện Nghiên cứu nuôi trồng Thủy sản II;
5. Trung tâm Nghiên cứu Thủy sản III;
6. Trung tâm Khuyến ngư Quốc gia;
7. Trung tâm Tin học;
8. Báo Thủy sản;
9. Tạp chí Thủy sản.
Bộ trưởng Bộ Thủy sản chủ trì, phối hợp với Bộ trưởng Bộ Nội vụ xây dựng phương án sắp xếp các trường hiện có trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.