Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
a) Các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước:
1. Vụ Kế hoạch - Đầu tư;
2. Vụ Tài chính;
3. Vụ Pháp chế;
4. Vụ Vận tải;
5. Vụ Khoa học - Công nghệ;
6. Vụ Hợp tác quốc tế;
7. Vụ Tổ chức cán bộ;
8. Thanh tra;
9. Văn phòng;
10. Cục Đường bộ Việt Nam;
11. Cục Đường sắt Việt Nam;
12. Cục Đường sông Việt Nam;
13. Cục Hàng hải Việt Nam;
14. Cục Hàng không Việt Nam;
15. Cục Đăng kiểm Việt Nam;
16. Cục Giám định và quản lý chất lượng công trình giao thông.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải trình Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam.
b) Các tổ chức sự nghiệp thuộc Bộ:
1. Viện Khoa học và công nghệ giao thông vận tải;
2. Viện Chiến lược và phát triển giao thông vận tải;
3. Trường Đại học Hàng hải;
4. Trường Đại học Giao thông vận tải thành phố Hồ Chí Minh;
5. Trung tâm Tin học;
6. Sở Y tế Giao thông vận tải;
7. Báo Giao thông vận tải;
8. Tạp chí Giao thông vận tải.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với Bộ trưởng Bộ Nội vụ xây dựng phương án sắp xếp các tổ chức sự nghiệp khác hiện có thuộc Bộ (Trường Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức ngành giao thông vận tải; các trường cao đẳng, trung học chuyên nghiệp và dạy nghề), trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.