Điều 12. Mối quan hệ của Thanh tra quốc phòng
1. Thanh tra Bộ Quốc phòng chịu sự lãnh đạo của cơ quan có thẩm quyền; sự quản lý, chỉ huy của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng và chịu sự chỉ đạo nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ.
2. Thanh tra Quân khu chịu sự lãnh đạo của cơ quan có thẩm quyền; sự quản lý, chỉ huy của Tư lệnh Quân khu, sự chỉ đạo nghiệp vụ của Thanh tra Bộ Quốc phòng.
3. Quan hệ giữa Thanh tra Bộ Quốc phòng với các cơ quan, đơn vị chức năng thuộc Bộ Quốc phòng là quan hệ phối hợp thực hiện nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật và của Bộ Quốc phòng.
4. Quan hệ giữa Thanh tra Bộ Quốc phòng với các cơ quan thanh tra Bộ Công an, Ngân hàng Nhà nước, Ban Cơ yếu Chính phủ; Thanh tra các tỉnh, thành phố là mối quan hệ phối hợp trong thực hiện nhiệm vụ thanh tra thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Quốc phòng.