Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
1. Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên;
2. Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật;
3. Vụ Đánh giá, Thẩm định và Giám định công nghệ;
4. Vụ Công nghệ cao;
5. Vụ Kế hoạch - Tài chinh;
6. Vụ Hợp tác quốc tế;
7. Vụ Pháp chế;
8. Vụ Tổ chức cán bộ;
9. Thanh tra Bộ;
10. Văn phòng Bộ;
11. Cơ quan đại diện của Bộ tại thành phố Hồ Chí Minh;
12. Cục Ứng dụng và Phát triển công nghệ;
13. Cục Sở hữu trí tuệ;
14. Cục Năng lượng nguyên tử;
15. Cục Thông tin khoa học và Công nghệ quốc gia;
16. Cục An toàn bức xạ và Hạt nhân;
17. Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng;
18. Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc;
19. Viện Chiến lược và Chính sách Khoa học và Công nghệ;
20. Văn phòng các Chương trình trọng điểm cấp nhà nước;
21. Trung tâm Tin học;
22. Báo Koa học và Phát triển;
23. Tạp chí Hoạt động khoa học;
24. Trường Quản lý khoa học và Công nghệ.
Các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 18 Điều này là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị từ khoản 19 đến khoản 24 Điều này là các tổ chức sự nghiệp nhà nước thuộc Bộ.
Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ, Cơ quan đại diện của Bộ tại thành phố Hồ Chí Minh và các Vụ: Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật, Kế hoạch - Tài chính, Tổ chức cán bộ, Hợp tác quốc tế được tổ chức phòng.
Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ trình Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng, Ban quản lý Khu công nghệ cao Hoà Lạc và ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp khác còn lại thuộc Bộ.