Điều 4. Cơ cấu tổ chức bộ máy
a) Các tổ chức giúp Chủ tịch Viện thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn:
1. Ban Tổ chức - Cán bộ;
2. Ban Kế hoạch - Tài chính;
3. Ban ứng dụng và Triển khai công nghệ;
4. Ban Hợp tác quốc tế;
5. Ban Kiểm tra;
6. Văn phòng (có bộ phận thường trực tại thành phố Hồ Chí Minh).
b) Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc Viện:
1. Viện Toán học;
2. Viện Công nghệ thông tin;
3. Viện Vật lý và Điện tử;
4. Viện Vật lý địa cầu;
5. Viện Hóa học;
6. Viện Công nghệ hóa học;
7. Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên;
8. Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật;
9. Viện Hải dương học;
10. Viện Sinh học nhiệt đới;
11. Viện Công nghệ sinh học;
12. Viện Cơ học;
13. Viện Cơ học ứng dụng;
14. Viện Khoa học vật liệu;
15. Viện Địa chất;
16. Viện Địa lý;
17. Viện Kỹ thuật nhiệt đới;
18. Viện Công nghệ môi trường;
19. Trung tâm Thông tin - Tư liệu;
20. Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam;
21. Nhà xuất bản Khoa học tự nhiên và Công nghệ.
c) Các đơn vị sự nghiệp khác hiện có do Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam quyết định phương án sắp xếp lại theo quy định của pháp luật sau khi có ý kiến thống nhất của Bộ trưởng Bộ Nội vụ.
Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và ban hành quy chế về tổ chức và hoạt động của các đơn vị trực thuộc theo quy định của pháp luật.
Căn cứ nhu cầu, Chủ tịch Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam thành lập các Hội đồng khoa học để tư vấn cho Chủ tịch Viện về chiến lược, phương hướng và kế hoạch phát triển khoa học và công nghệ của Viện.