Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Hợp tác quốc tế.
2. Vụ Kế hoạch.
3. Vụ Khoa học và Công nghệ.
4. Vụ Pháp chế.
5. Vụ Tài chính.
6. Vụ Thi đua - Khen thưởng.
7. Vụ Tổ chức cán bộ.
8. Thanh tra.
9. Văn phòng.
10. Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.
11. Tổng cục Môi trường.
12. Tổng cục Quản lý đất đai.
13. Tổng cục Địa chất và Khoáng sản.
14. Cục Đo đạc và Bản đồ Việt Nam.
15. Cục Quản lý tài nguyên nước.
16. Cục Công nghệ thông tin.
17. Cục Khí tượng Thuỷ văn và Biến đổi khí hậu.
18. Cơ quan đại diện của Bộ tại thành phố Hồ Chí Minh.
19. Trung tâm Khí tượng Thủy văn quốc gia.
20. Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước.
21. Trung tâm Viễn thám quốc gia.
22. Viện Chiến lược, Chính sách tài nguyên và môi trường.
23. Báo Tài nguyên và Môi trường.
24. Tạp chí Tài nguyên và Môi trường.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 18 là các đơn vị giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị quy định từ khoản 19 đến khoản 24 là đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Cục Đo đạc và Bản đồ Việt Nam có chi cục đặt tại thành phố Hồ Chí Minh. Cơ quan đại diện của Bộ tại thành phố Hồ Chí Minh được tổ chức phòng
Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường trình Thủ tướng Chính phủ ban hành các quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, Tổng cục Môi trường, Tổng cục Quản lý đất đai, Tổng cục Địa chất và Khoáng sản, Trung tâm Khí tượng Thuỷ văn quốc gia; trình Thủ tướng Chính phủ quyết định ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp khác hiện có trực thuộc Bộ.