Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ Giao thông vận tải gồm có:
a) Các tổ chức làm chức năng tham mưu:
Vụ Kế hoạch - đầu tư,
Vụ Pháp chế,
Vụ Quan hệ quốc tế,
Vụ Khoa học - kỹ thuật,
Vụ Tài chính - kế toán,
Vụ tổ chức cán bộ và lao động
Thanh tra,
Văn phòng.
b) Các tổ chức quản lý chuyên ngành:
Cục Đường bộ Việt Nam (thực hiện nhiệm vụ theo Nghị định số 7-CP ngày 30/1/1993 của Chính phủ),
Cục đường sông Việt Nam (thực hịên nhiệm vụ theo Nghị định số 8- CP ngày 30-1-1993 của Chính phủ)
Cục Hàng hải Việt Nam (thực hiện nhiệm vụ theo Nghị định số 239-HĐBT ngày 29/6/1992 của Hội đồng Bộ trưởng và Quyết định số 31-TTg ngày 2/2/1993 của Thủ tướng Chính phủ),
Cục Hàng không dân dụng Việt Nam (thực hiện nhiệm vụ theo Nghị định số 242-HĐBT ngày 30/6/1992 của Hội đồng Bộ trưởng và Quyết định số 36-TTg ngày 6/2/1993 của Thủ tướng Chính phủ),
Cục Đăng kiểm Việt Nam,
Cục Giám định và quản lý chất lượng công trình giao thông.
c) Các tổ chức sự nghiệp:
Viện Khoa học kỹ thuật giao thông vận tải,
Viện Kinh tế giao thông vận tải,
Trường Đại học hàng hải,
Trường Trung học giao thông vận tải khu vực I,
Trường Trung học giao thông vận tải khu vực II,
Trường Trung học giao thông vận tải khu vực III,
Sở Y tế giao thông vận tải,
Trung tâm Thông tin khoa học kỹ thuật giao thông vận tải,
Báo Giao thông vận tải.