Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Bộ
1. Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên;
2. Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật;
3. Vụ Đánh giá, Thẩm định và Giám định công nghệ;
4. Vụ Công nghệ cao;
5. Vụ Kế hoạch - Tổng hợp;
6. Vụ Tài chính;
7. Vụ Pháp chế;
8. Vụ Tổ chức cán bộ;
9. Vụ Hợp tác quốc tế;
10. Vụ Thi đua - Khen thưởng;
11. Vụ Phát triển khoa học và công nghệ địa phương;
12. Văn phòng Bộ;
13. Thanh tra Bộ;
14. Cục Công tác phía Nam;
15. Cục Ứng dụng và Phát triển công nghệ;
16. Cục Năng lượng nguyên tử;
17. Cục Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia;
18. Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ;
19. Cục An toàn bức xạ và hạt nhân;
20. Cục Sở hữu trí tuệ;
21. Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng;
22. Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc;
23. Viện Chiến lược và Chính sách khoa học và công nghệ;
24. Văn phòng các Chương trình trọng điểm cấp nhà nước;
25. Báo Khoa học và Phát triển;
26. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam;
27. Trung tâm Tin học;
28. Trường Quản lý khoa học và công nghệ.
Các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 22 Điều này là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị từ khoản 23 đến khoản 28 Điều này là các đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ.
Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên được tổ chức 02 phòng, Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế-kỹ thuật được tổ chức 03 phòng, Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức 03 phòng, Vụ Hợp tác quốc tế được tổ chức 04 phòng, Vụ Kế hoạch - Tổng hợp được tổ chức 03 phòng, Vụ Tài chính được tổ chức 03 phòng, Vụ Pháp chế được tổ chức 02 phòng.
Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ trình Thủ tướng Chính phủ ban hành các quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng, Ban quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc và danh sách các đơn vị sự nghiệp khác hiện có thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ.