Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch.
2. Vụ Tài chính.
3. Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
4. Vụ Hợp tác quốc tế.
5. Vụ Pháp chế.
6. Vụ Tổ chức cán bộ.
7. Vụ Quản lý doanh nghiệp.
8. Văn phòng Bộ.
9. Thanh tra Bộ.
10. Cục Trồng trọt.
11. Cục Bảo vệ thực vật.
12. Cục Chăn nuôi.
13. Cục Thú y.
14. Cục Chế biến nông lâm thủy sản và nghề muối.
15. Cục Quản lý xây dựng công trình.
16. Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn.
17. Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản.
18. Tổng cục Lâm nghiệp.
19. Tổng cục Thủy sản.
20. Tổng cục Thủy lợi.
21. Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn.
22. Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn I.
23. Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn II.
24. Trung tâm Tin học và Thống kê.
25. Báo Nông nghiệp Việt Nam.
26. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ Khoản 1 đến Khoản 20 là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị quy định từ Khoản 21 đến Khoản 26 là các tổ chức sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Thủ tướng Chính phủ: Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi, Tổng cục Lâm nghiệp, Tổng cục Thủy sản; ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập khác thuộc Bộ.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc Bộ, không bao gồm các đơn vị quy định tại các Khoản 18, 19 và 20 Điều này.
Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức 06 phòng; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường được tổ chức 05 phòng; Vụ Hợp tác quốc tế được tổ chức 04 phòng; Vụ Pháp chế được tổ chức Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính.
Cục Bảo vệ thực vật, Cục Thú y được thành lập Chi cục.