Điều 5.- Lãnh đạo Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh gồm Giám đốc và các Phó Giám đốc. Giám đốc Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm; các Phó Giám đốc Đại học Quốc gia và Hiệu trưởng, Viện trưởng, các đơn vị thành viên của Đại học Quốc gia do Giám đốc đề nghị và Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo bổ nhiệm.
Giám đốc Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh điều hành mọi hoạt động của Đại học Quốc gia và có trách nhiệm xây dựng quy chế tổ chức và hoạt động của Đại học Quốc gia trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh có Hội đồng khoa học và đào tạo, làm chức năng tư vấn cho Giám đốc; Bộ Giáo dục và Đào tại quyết định công nhận Chủ tịch và thành viên của Hội đồng này.