Điều 5. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ toàn bộ công tác của Tổng cục, các Phó Tổng cục trưởng chịu trách nhiệm trước Tổng cục trưởng về nhiệm vụ được Tổng cục trưởng phân công. Tổng cục trưởng, các Phó tổng cục trưởng do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm.
Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan có trách nhiệm xây dựng điều lệ tổ chức hoạt động ngành Hải quan, mối quan hệ công tác với các Bộ có liên quan và Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trình Thủ tướng Chính phủ quyết định.