Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch - Đầu tư.
2. Vụ Tài chính.
3. Vụ Kết cấu hạ tầng giao thông.
4. Vụ An toàn giao thông.
5. Vụ Pháp chế.
6. Vụ Vận tải.
7. Vụ Khoa học - Công nghệ.
8. Vụ Môi trường.
9. Vụ Hợp tác quốc tế.
10. Vụ Quản lý doanh nghiệp.
11. Vụ Tổ chức cán bộ.
12. Vụ Đối tác công - tư.
13. Thanh tra.
14. Văn phòng.
15. Tổng cục Đường bộ Việt Nam.
16. Cục Hàng hải Việt Nam.
17. Cục Hàng không Việt Nam.
18. Cục Đường sắt Việt Nam.
19. Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
20. Cục Đăng kiểm Việt Nam.
21. Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông.
22. Cục Y tế giao thông vận tải.
23. Trung tâm Công nghệ thông tin.
24. Viện Chiến lược và Phát triển giao thông vận tải.
25. Trường Cán bộ quản lý giao thông vận tải.
26. Báo Giao thông.
27. Tạp chí Giao thông vận tải.
Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 22 Điều này là tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ khoản 23 đến khoản 27 Điều này là đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.
Vụ Kế hoạch - Đầu tư, Vụ Pháp chế có 01 phòng. Vụ Tổ chức cán bộ có 04 phòng. Thanh tra có 07 phòng. Văn phòng có 09 phòng.
Cục Hàng hải Việt Nam có Văn phòng, Văn phòng Thường trực của Ban Thư ký IMO Việt Nam, 12 phòng, 02 chi cục và 25 cảng vụ.
Cục Hàng không Việt Nam có Văn phòng, 12 phòng và 03 cảng vụ.
Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có Văn phòng, 08 phòng, 03 chi cục và 05 cảng vụ.
Cục Đường sắt Việt Nam có Văn phòng, 10 phòng.
Cục Đăng kiểm Việt Nam có Văn phòng, 14 phòng và 24 chi cục.
Cục Quản lý xây dựng và Chất lượng công trình giao thông có Văn phòng, 07 phòng và 01 chi cục.
Cục Y tế giao thông vận tải có Văn phòng và 04 phòng.
Các cảng vụ hàng không, cảng vụ hàng hải và cảng vụ đường thủy nội địa là cơ quan thực hiện chức năng quản lý nhà nước, được áp dụng cơ chế tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định tại Nghị định số 141/2016/NĐ-CP ngày 10 tháng 10 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải trình Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Đường bộ Việt Nam; trình Thủ trướng Chính phủ ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập trực thuộc bộ.
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các tổ chức trực thuộc bộ, trừ Tổng cục Đường bộ Việt Nam.