Điều 3. Tổng cục trưởng Tổng cục Thể dục Thể thao chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về toàn bộ hoạt động của Tổng cục. Giúp việc Tổng cục trưởng có các Phó Tổng cục trưởng. Tổng cục trưởng và các Phó Tổng cục trưởng do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm.
Tổ chức bộ máy của Tổng cục gồm có:
a) Các cơ quan chức năng giúp việc Tổng cục trưởng:
1. Vụ Thể dục thể thao quần chúng
2. Vụ Thể thao thành tích cao
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính
4. Vụ Quan hệ quốc tế
5. Vụ Tổ chức - Đào tạo
6. Thanh tra
7. Văn phòng.
b) Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc Tổng cục Thể dục Thể thao gồm có:
1. Trường đại học Thể dục thể thao I (Từ Sơn - Hà Bắc).
2. Trường đại học Thể dục Thể thao II (thành phố Hồ Chí Minh).
3. Trung tâm huấn luyện thể thao quốc gia I (Hà Nội).
4. Trung tâm huân luyện thể thao quốc gia II (thành phố Hồ Chí Minh).
5. Viện Khoa học Thể dục thể thao.
c) Các tổ chức sự nghiệp khác do Tổng cục trưởng ra quyết định sau khi thống nhất ý kiến với Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ.
Tổng cục trưởng Tổng cục Thể dục Thể thao có trách nhiệm xây dựng điều lệ tổ chức và hoạt động của Tổng cục trình Chính phủ phê duyệt.