Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Ban Tổ chức - Cán bộ.
2. Ban Kế hoạch - Tài chính.
3. Ban Hợp tác quốc tế.
4. Ban Ứng dụng và Triển khai công nghệ.
5. Ban Kiểm tra.
6. Văn phòng (có Văn phòng đại diện tại Thành phố Hồ Chí Minh).
7. Viện Toán học.
8. Viện Vật lý.
9. Viện Hóa học.
10. Viện Hóa học các hợp chất thiên nhiên.
11. Viện Cơ học.
12. Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật.
13. Viện Địa lý.
14. Viện Địa chất.
15. Viện Vật lý địa cầu.
16. Viện Hải dương học.
17. Viện Tài nguyên và Môi trường biển.
18. Viện Địa chất và Địa vật lý biển.
19. Viện Khoa học năng lượng.
20. Viện Khoa học vật liệu.
21. Viện Công nghệ thông tin.
22. Viện Công nghệ sinh học.
23. Viện Công nghệ môi trường.
24. Viện Công nghệ hóa học.
25. Viện Công nghệ vũ trụ.
26. Viện Cơ học và Tin học ứng dụng.
27. Viện Sinh học nhiệt đới.
28. Viện Kỹ thuật nhiệt đới.
29. Viện Khoa học vật liệu ứng dụng.
30. Viện Nghiên cứu và ứng dụng công nghệ Nha Trang.
31. Viện Hóa sinh biển.
32. Trung tâm Vệ tinh Quốc gia.
33. Viện Nghiên cứu khoa học Tây Nguyên.
34. Trung tâm Thông tin - Tư liệu.
35. Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam.
36. Nhà xuất bản Khoa học tự nhiên và Công nghệ.
37. Trung tâm Phát triển công nghệ cao.
38. Trung tâm Tin học và Tính toán.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ Khoản 1 đến Khoản 6 là các đơn vị giúp việc Chủ tịch Viện, được thành lập phòng; các đơn vị quy định từ Khoản 7 đến Khoản 33 là các đơn vị sự nghiệp nghiên cứu khoa học; các đơn vị quy định từ Khoản 34 đến Khoản 38 là các đơn vị sự nghiệp khác.
Căn cứ nhu cầu phát triển, Chủ tịch Viện quyết định thành lập, đổi tên, tổ chức lại, sáp nhập, giải thể các tổ chức, đơn vị khác trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam theo quy định của pháp luật.