Điều 3. Nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ
1. Quỹ chỉ được sử dụng cho hoạt động đầu tư nghiên cứu, phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp và các nội dung được phép chỉ Quỹ theo quy định của pháp luật. Trường hợp doanh nghiệp chỉ Quỹ không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp Ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích vào Quỹ tương ứng với khoản sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần Quỹ sử dụng sai mục đích là mức tính tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành và thời gian tính lãi là khoảng thời gian kể từ khi trích lập Quỹ đến khi thu hồi.
2. Trong thời hạn 05 (năm) năm, kể từ khi trích lập Quỹ theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Thông tư này mà doanh nghiệp không sử dụng hoặc không sử dụng hết 70% Quỹ thì doanh nghiệp phải nộp Ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích tương ứng với phần không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% Quỹ, đồng thời phải nộp phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Khoản chi từ Quỹ được xác định theo khoản 3 Điều này.
Tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp được xác định theo quy định tại Điều 5 Thông tư này.
3. Các khoản chi từ Quỹ bao gồm:
a) Các khoản chi đúng mục đích để được quyết toán theo quy định;
b) Các khoản tạm ứng và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ nhưng chưa đủ điều kiện để quyết toán;
c) Các khoản điều chuyển vốn từ Quỹ của tổng công ty, công ty mẹ cho công ty con, doanh nghiệp thành viên hoặc ngược lại. Việc điều chuyển Quỹ từ công ty mẹ cho công ty con chỉ áp dụng đối với trường hợp công ty mẹ sở hữu 100% vốn điều lệ và không bao gồm trường hợp doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài điều chuyển cho công ty mẹ ở nước ngoài và công ty mẹ ở Việt Nam điều chuyển cho công ty con ở nước ngoài.
4. Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp theo từng kỳ tính thuế của doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ.
5. Việc xác định thuế thu nhập doanh nghiệp đối với trường hợp trích lập Quỹ trong thời gian doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:
a) Trường hợp doanh nghiệp có trích Quỹ trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (áp dụng thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế), nếu doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích đối với số Quỹ đã được trích trong thời gian doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm trích lập Quỹ.
b) Trường hợp doanh nghiệp có trích Quỹ trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, đồng thời có nhận điều chuyển Quỹ từ doanh nghiệp khác, nếu doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích đối với số Quỹ đã trích và nhận điều chuyển thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được thực hiện như sau:
- Đối với số tiền trích lập Quỹ tại doanh nghiệp thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm trích lập Quỹ của doanh nghiệp.
- Đối với số tiền nhận điều chuyển từ doanh nghiệp khác về thì số thuế thu nhập doanh nghiệp thu hồi được xác định theo mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp phổ thông tại thời điểm nhận điều chuyển.
Việc xác định số tiền trích tại doanh nghiệp và số tiền nhận điều chuyển trong tổng số tiền chưa sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích được căn cứ theo tỷ lệ giữa số tiền nhận điều chuyển và số trích Quỹ tại doanh nghiệp.