Điều 4. Cục Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản có các đơn vị trực thuộc đóng tại Hải Phòng, Đà Nẵng, thành phố Hồ Chí Minh, thị xã Rạch Giá (tỉnh Kiên Giang) và một số vùng có nghề cá trọng điểm khác, trên cơ sở sắp xếp lại các Chi nhánh đăng kiểm tàu cá hiện có.
Cục có 1 Cục trưởng và từ 1 đến 2 Phó cục trưởng giúp việc, do Bộ trưởng Bộ Thuỷ sản bổ nhiệm.
Bộ trưởng Bộ Thuỷ sản quy định cụ thể cơ cấu tổ chức, biên chế, nhiệm vụ; quyền hạn và mối quan hệ công tác giữa Cục Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản với các cơ quan trong và ngoài ngành, đảm bảo hoạt động thông suốt, có hiệu quả.