Quyết định số 41TCT/QĐ/DNK Của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế số 41TCT/QĐ/DNK ngày 24/01/2005 về việc ban hành sổ tay nghiệp vụ quản lý thuế đối với doanh nghiệp

I/ MỤC ĐÍCH:

 - Giúp cán bộ thuế thực hiện đúng quy trình đã đề ra, thực hiện đúng các luật thuế, pháp lệnh thuế, đảm bảo thu đúng, thu đủ và thu kịp thời tiền thuế vào ngân sách Nhà nước.

 - Đề cao ý thức tự giác thực hiện công việc của từng cán bộ trong cơ quan thuế, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp thực hiện tốt nghĩa vụ về thuế; xoá bỏ những thủ tục không cần thiết gây phiền hà, sách nhiễu đối với doanh nghiệp.

 - Phân công trách nhiệm rõ ràng cụ thể của từng bộ phận nhằm nâng cao chất lượng làm việc của đội ngũ cán bộ, công chức thuế.

II/  YÊU CẦU:

 - Tăng cường công tác phân tích thông tin, phát hiện các dấu hiệu nghi ngờ vi phạm về thuế để kịp thời thanh tra, kiểm tra và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về thuế.

 - Phân định rõ giữa nghĩa vụ kê khai, nộp thuế của doanh nghiệp với trách nhiệm phát hiện hành vi vi phạm về thuế để thực hiện kiểm tra, thanh tra thuế của cơ quan thuế.

 - Cán bộ thuế phải nắm vững chính sách, chế độ về thuế, có ý thức trách nhiệm tuân thủ quy trình nghiệp vụ và các bước công việc quy định trong sổ tay nghiệpvụ này.

III/ NỘI DUNG CỦA SỔ TAY:

Nội dung sổ tay được thực hiện theo từng đề mục của Qui trình quản lý thuế đối với doanh nghiệp (Ban hành kèm theo Quyết định số 1209 TCT/QĐ/TCCB ngày 29/7/2004 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế).

I/ ĐĂNG KÝ THUẾ:

Theo quy định của các Luật, Pháp lệnh thuế; cơ sở kinh doanh phải đăng ký thuế với cơ quan thuế khi: mới thành lập, có thay đổi trong quá trình kinh doanh, nghỉ, sáp nhập, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu… Khi đăng ký thuế, cơ quan thuế sẽ cấp cho cơ sở kinh doanh Mã số thuế.

Một đối tượng nộp thuế chỉ được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động từ khi thành lập cho đến khi chấm dứt tồn tại. Mã số thuế được dùng để kê khai nộp thuế cho tất cả các loại thuế mà đối tượng đó phải nộp, kể cả trường hợp đối tượng nộp thuế kinh doanh nhiều ngành nghề khác nhau hoặc hoạt động sản xuất kinh doanh trên các địa bàn khác nhau.

Mã số thuế gắn với sự tồn tại của đối tượng nộp thuế. Mã số thuế đã được cấp sẽ không được sử dụng lại để cấp cho đối tượng nộp thuế khác. Đối tượng nộp thuế chấm dứt tồn tại thì mã số thuế sẽ không còn giá trị sử dụng. Các doanh nghiệp chấm dứt tồn tại thì mã số thuế bị đóng và không được sử dụng lại.

1/ Hướng dẫn lập hồ sơ đăng ký thuế:

Phòng Tuyên truyền - Hỗ trợ (TTHT) đối tượng nộp thuế (ĐTNT) thuộc Cục Thuế chịu trách nhiệm hướng dẫn ĐTNT đăng ký thuế. Để tạo điều kiện thuận lợi cho ĐTNT, phòng TTHT phân công cán bộ chuyên trách, chịu trách nhiệm hướng dẫn ĐTNT làm thủ tục đăng ký thuế. Cán bộ được giao nhiệm vụ hướng dẫn ĐTNT đăng ký thuế có trách nhiệm tiếp và hướng dẫn ĐTNT đến đăng ký thuế. Tuỳ theo trường hợp cụ thể của ĐTNT, bộ phận TTHT hướng dẫn ĐTNT nội dung kê khai, phương pháp lập tờ khai và các tài liệu nộp kèm theo tờ khai, như:

- Đăng ký thuế đối với doanh nghiệp mới thành lập, hồ sơ gồm: Đơn đề nghị cấp mã số thuế; Tờ khai đăng ký thuế và Giấp chứng nhận đăng ký kinh doanh. Nếu doanh nghiệp có quyết định thành lập, Giấy phép đầu tư thì cũng nộp cùng hồ sơ.

- Các đơn vị thu phí, lệ phí, đơn vị sự nghiệp không được cấp Chứng nhận đăng ký kinh doanh nhưng thực tế có kinh doanh hoặc đơn vị nộp hộ thuế thì hồ sơ đăng ký thuế chỉ cần đơn đề nghị cấp mã số thuế và tờ khai đăng ký thuế.

- Các đối tượng là đơn vị có hoạt động sản xuất kinh doanh và các đơn vị sự nghiệp kê khai chỉ tiêu đăng ký mã số xuất nhập khẩu (nếu có).

- Các doanh nghiệp chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc có sự thay đổi về tổ chức như: sắp xếp lại (chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, bán doanh nghiệp,…) thì khi đăng ký thuế mới, ngoài các thủ tục thông thường còn phải nộp các hồ sơ chứng minh sự chuyển đổi loại hình hoặc tổ chức, sắp xếp lại doanh nghiệp và bản cam kết thực hiện tiếp nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp trước chuyển đổi (nếu chưa thanh toán hết số thuế phải nộp).

- Hướng dẫn thực hiện qui định đăng ký lại hoặc đăng ký bổ sung trong trường hợp có phát sinh thay đổi các thông tin đã đăng ký với cơ quan cấp đăng ký kinh doanh theo qui định hiện hành về kinh doanh, đăng ký thuế.

- Hướng dẫn doanh nghiệp cần lưu ý những trường hợp vi phạm phổ biến về chế độ đăng ký thuế mà doanh nghiệp thường mắc phải (như không kê khai khi có thông tin đăng ký thuế thay đổi, chuyển địa điếm không khai báo,...) và mức phạt hành chính về thuế cho các hành vi vi phạm.

Ngoài những nội dung trên, cần hướng dẫn cho đối tượng nộp thuế các nội dung sau:

- Hướng dẫn thủ tục, hồ sơ để mua hóa đơn, đăng ký sử dụng hoá đơn tự in.

- Hướng dẫn thực hiện qui định về chế độ sổ sách kế toán, chế độ kế toán, chế độ kê khai, nộp thuế, theo từng sắc thuế, chế độ báo cáo quyết toán thuế.

- Cấp phát các tài liệu về chính sách, thủ tục nộp thuế phù hợp theo từng loại đối tượng.

2/ Nhận và kiểm tra thủ tục hồ sơ đăng ký thuế:

2.1/ Nhận hồ sơ đăng ký thuế: Cán bộ phòng Hành chính tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế phải thực hiện các công việc sau:

- Kiểm tra thủ tục hành chính về đăng ký thuế, bao gồm:

    + Tờ khai đăng ký thuế và hồ sơ tài liệu kèm theo có đúng quy định của cơ quan thuế không?

    + Đã đầy đủ chữ ký của người có trách nhiệm và dấu của doanh nghiệp chưa?

Sau khi đã kiểm tra thấy đủ các thủ tục hành chính, thì đóng dấu ngày nhận vào tờ khai đăng ký thuế và thực hiện ghi các chỉ tiêu vào sổ nhận hồ sơ thuế (mẫu 01 QTR).

- Viết phiếu hẹn trả kết quả đăng ký thuế (theo mẫu số 02 QTR) trao cho doanh nghiệp. Số ngày hẹn trung bình từ 3 đến 5 ngày, trường hợp chậm nhất cũng không quá 8 ngày.

- Chuyển hồ sơ đăng ký thuế cho phòng TH-XLDL ngay trong ngày hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo; khi giao phải có ký nhận.

Đối với một số đơn vị có điều kiện thì việc nhận hồ sơ đăng ký thuế có thể giao cho phòng/tổ XLDL, nhưng phải thực hiện đầy đủ các bước công việc như nêu ở trên.

2.2/ Kiểm tra hồ sơ đăng ký thuế: Phòng TH-XLDL phân công cán bộ kiểm tra hồ sơ đăng ký thuế; cán bộ được giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ đăng ký thuế phải kiểm tra những nội dung sau:

- Mẫu tờ khai đăng ký thuế có đúng quy định không?

- Các chỉ tiêu kê khai trên tờ khai đã đầy đủ chưa?.

- Các tài liệu kèm theo hồ sơ đăng ký thuế đã đúng, đủ theo quy định chưa?

- Đối chiếu những thông tin trên tờ khai đăng ký thuế với Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và những tài liệu kèm theo để phát hiện sai lệch (nếu có).

- Nếu là trường hợp chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, tổ chức, sắp xếp lại doanh nghiệp,... thì xem xét cam kết thực hiện nghĩa vụ thuế có đúng với nghĩa vụ còn phải thực hiện không (nếu có cam kết)?

Nếu hồ sơ kê khai không đúng quy định thì in Thông báo hồ sơ đăng ký thuế chưa đúng quy định trình lãnh đạo phòng TH-XLDL ký thông báo cho ĐTNT biết. Đối với những hồ sơ chưa đúng quy định, chậm nhất không quá 3 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ phòng TH-XLDL phải thông báo cho ĐTNT biết để điều chỉnh bổ sung. Trong thông báo đề nghị bổ sung phải báo cho đối tượng nộp thuế biết do hồ sơ chưa đúng quy định cần có sự điều chỉnh bổ sung nên thời hạn trả kết quả sẽ được điều chỉnh lại kể từ ngày ĐTNT bổ sung đầy đủ theo yêu cầu của cơ quan thuế.

3/ Nhập và xử lý thông tin đăng ký thuế trên máy tính:

3.1/ Cán bộ được giao nhiệm vụ kiểm tra, thấy hồ sơ đăng ký thuế đã hợp lệ thì xác định chính xác các thông tin để điền vào “Phần dành cho cơ quan thuế” trên tờ khai đăng ký thuế của từng doanh nghiệp như sau:

- Mục lục ngân sách: cấp I nếu là doanh nghiệp thuộc Trung ương quản lý; cấp II nếu là doanh nghiệp thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quản lý; cấp III là doanh nghiệp thuộc quận, huyện quản lý; cấp IV nếu là doanh nghiệp thuộc xã, phường quản lý. Xác định chương căn cứ vào Bộ, ngành chủ quản. Xác định loại, khoản căn cứ vào ngành nghề kinh doanh chính đã đăng ký trên giấy phép kinh doanh.

- Mã ngành nghề kinh doanh chính: căn cứ vào danh mục mã ngành nghề do Tổng cục Thống kê ban hành (có thể tra cứu trên hệ thống máy tính)

- Phương pháp tính thuế GTGT: khấu trừ, trực tiếp trên giá trị gia tăng, trực tiếp trên doanh số bán, hay không phải nộp thuế GTGT?

- Chi tiết mã loại hình kinh tế: căn cứ vào danh mục mã loại hình kinh tế do Tổng cục Thống kê ban hành (có thể tra cứu trên hệ thống máy tính)

- Nơi đăng ký nộp thuế: tùy theo cơ quan quản lý đối tượng là Cục Thuế hay Chi cục Thuế mà xác định cho phù hợp.

- Khu vực kinh tế: căn cứ vào loại hình kinh tế để xác định khu vực kinh tế cho phù hợp. Cụ thể như sau:

- Sau đó, cán bộ kiểm tra ký xác nhận đã kiểm tra hồ sơ đăng ký thuế và chuyển cho bộ phận nhập dữ liệu.

3.2/ Nhập các thông tin: Cán bộ nhập thông tin đăng ký thuế vào máy tính có trách nhiệm:

- Thực hiện nhập các chỉ tiêu trên tờ khai vào chương trình Đăng ký thuế trên máy đảm bảo tính trung thực và chính xác. Nếu trong quá trình nhập thông tin vào máy tính, phát hiện có sự sai lệch hoặc thông tin kê khai không đầy đủ, cán bộ nhập thông tin ghi rõ thông tin sai lệch hoặc thiếu, chuyển cho cán bộ kiểm tra hồ sơ xem xét để có biện pháp điều chỉnh, bổ sung.

- Gửi thông tin đã nhập về Tổng cục: Theo quy chế truyền thông tin giữa Tổng cục và Cục Thuế, khi gửi thông tin về Tổng cục, cán bộ truyền thông tin đăng ký thuế phải kiểm tra thông tin đã được Tổng cục nhận hay chưa?

- Theo quy định về phân cấp quản lý của Cục Thuế và đặc điểm của ĐTNT, cán bộ nhập thông tin đăng ký thuế thực hiện phân cấp doanh nghiệp đăng ký thuế cho đơn vị quản lý thuế phù hợp để nhập ngay vào chương trình Quản lý mã số thuế trên máy tính.

3.3/ Kiểm tra thông tin tại Tổng cục Thuế: Hệ thống máy tính tại Trung tâm Tin học - Thống kê Tổng cục Thuế thực hiện kiểm tra tính duy nhất và hợp lệ của mã số thuế và trả lời Cục Thuế. Thời hạn trả lời chậm nhất là 01 ngày kể từ ngày nhận được thông tin từ Cục Thuế truyền lên. Tổng cục Thuế thực hiện kiểm tra tính duy nhất và hợp lệ của mã số thuế như sau:

- Chỉ chấp nhận mã số thuế nếu đáp ứng được các điều kiện sau:

    + Mã số thuế không trùng với bất kỳ một mã số thuế nào đã có;

    + Có quyết định thành lập (nếu có) hợp lệ;

    + Có giấy phép đăng ký kinh doanh (hoặc Giấp phép đầu tư) hợp lệ;

    + Có chứng minh nhân dân (nếu có) hợp lệ;

    + Có mã số doanh nghiệp chủ quản (nếu có)

    + Có mã số đơn vị trực thuộc và đúng địa bàn hành chính trong bản kê đơn vị  trực thuộc của doanh nghiệp chủ quản;

    + Đơn vị trực thuộc kê khai địa chỉ đơn vị chủ quản đúng với địa chỉ trụ sở của doanh nghiệp chủ quản.

- Không chấp nhận mã số thuế nếu vi phạm một trong số trường hợp sau:

    + Trùng mã số (đã có 1 mã số giống như thế đang tồn tại).

    + Trùng quyết định thành lập

    + Trùng giấy phép đăng ký kinh doanh

    + Trùng CMND với mã số hộ cá nhân, doanh nghiệp tư nhân đang hoạt động ở tỉnh, thành phố khác (nếu đối tượng là doanh nghiệp tư nhân).

    + Mã doanh nghiệp chủ quản chưa có (đối với đơn vị trực thuộc).

    + Chưa có mã đơn vị trực thuộc trong bản kê mà doanh nghiệp chủ quản đã kê khai tại địa phương doanh  nghiệp chủ quản đóng trụ sở.

    + Trùng mã số đơn vị trực thuộc.

    + Trùng quyết định thành lập đơn vị trực thuộc

    + Địa bàn hành chính (tỉnh) không đúng với địa bàn hành chính trong bản kê "đơn vị trực thuộc" mà DN chủ quản đã đăng ký tại tỉnh cấp mã số.

    + Mã số thuế và địa chỉ trụ sở của doanh nghiệp chủ quản kê trong tờ khai đăng ký thuế của Đơn vị trực thuộc không đúng với mã số thuế và địa chỉ trụ sở trong tờ khai đăng ký thuế của doanh nghiệp chủ quản.

3.4/ Nhận kết quả kiểm tra mã số thuế: Phòng TH-XLDL nhận được kết quả kiểm tra mã số thuế từ Tổng cục Thuế chuyển về phải thực hiện ngay các công việc sau:

- Đối với doanh nghiệp có kết quả kiểm tra mã số thuế được chấp nhận thì in và trình ký Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế.

- Đối với doanh nghiệp có kết quả kiểm tra mã số thuế không được chấp nhận thì in và trình ký Thông báo cho doanh nghiệp biết lý do không được cấp mã số thuế.

4/ Phân cấp quản lý doanh nghiệp:

Phòng TH-XLDL thực hiện các bước công việc sau:

- Phân cấp quản lý doanh nghiệp ngoài quốc doanh: Căn cứ vào nguyên tắc và tiêu thức phân cấp quản lý doanh nghiệp do Cục Thuế quy định (Dựa trên tiêu thức phân cấp Tổng cục thuế, Phòng Tổng hợp Dự toán chủ trì phối hợp với các phòng Thanh tra, QLDN, TT-HT và TH-XLDL xây dựng tiêu thức phân cấp tại địa phư­ơng trình Lãnh đạo Cục Thuế ban hành) để dự kiến danh sách  những doanh nghiệp ngoài quốc doanh phân cấp về Chi cục Thuế quản lý và trình lãnh đạo Cục duyệt trên nguyên tắc những doanh nghiệp mới thành lập thuộc địa bàn nào thì giao cho chi cục thuế thuộc địa bàn đó quản lý và thông báo cho các Chi cục Thuế biết danh sách các doanh nghiệp ngoài quốc doanh mới đăng ký thuế phân cấp về Chi cục Thuế quản lý.

- Đối với các doanh nghiệp có quy mô nhỏ, số thuế nộp ít, trư­ớc đây đã phân công chi cục thuế quản lý, nay sát nhập hoặc chuyển đổi quy mô sản xuất kinh doanh lớn, số thuế nộp nhiều, thuộc diện Cục thuế quản lý theo tiêu thức phân cấp. Định kỳ một năm, Cục thuế rà soát xem xét các doanh nghiệp đang quản lý mà quy mô sản xuất kinh doanh không đạt các tiêu thức do Cục quản lý thì chuyển về chi cục. Khi chuyển cho Chi cục hoặc Cục quản lý phải xem xét thời gian chuyển (đơn vị tiếp nhận quản lý từ đầu năm) và phải đ­ược quyết toán thuế trư­ớc khi chuyển đơn vị quản lý. Việc phân cấp quản lý theo hướng sau:

* Cục Thuế quản lý thuế đối với:

- Các Doanh nghiệp ngoài quốc doanh (NQD) có quy mô lớn, thể hiện ở doanh số hoặc số thuế nộp hàng năm lớn. Cục Thuế căn cứ vào đặc điểm cụ thể về số lượng và quy mô của doanh nghiệp để xây dựng tiêu thức phản ánh quy mô kinh doanh của doanh nghiệp làm cơ sở cho việc quyết định phân cấp quản lý giữa Cục Thuế và Chi cục Thuế. Nguyên tắc và tiêu thức phân cấp gửi các Chi cục Thuế biết.

- Doanh nghiệp có các chi nhánh, cửa hàng kinh doanh hạch toán phụ thuộc ở nhiều địa phương hay các quận, huyện khác trong cùng địa phương cần phải tập trung quản lý, kiểm tra toàn bộ hoạt động kinh doanh, doanh thu, chi phí, thuế phải nộp của doanh nghiệp bao gồm cả các chi nhánh, cửa hàng kinh doanh ở địa phương khác (hay quận, huyện khác).

- Doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu là chủ yếu, hoặc thường xuyên phát sinh hoàn thuế.

- Doanh nghiệp sản xuất mặt hàng chịu thuế TTĐB.

- Doanh nghiệp mới thành lập nhưng có vốn đăng ký ghi trong giấy phép kinh doanh lớn, kinh doanh nhiều ngành nghề, có khả năng phát triển kinh doanh quy mô lớn.

* Chi cục Thuế quản lý thuế đối với:

- Các doanh nghiệp không thuộc đối tượng do Cục Thuế quản lý nói trên.

- Doanh nghiệp xét theo tiêu thức phân cấp thì thuộc Cục Thuế quản lý nhưng ở xa, Cục Thuế khó có điều kiện kiểm tra, kiểm soát.

- Doanh nghiệp mới thành lập có vốn kinh doanh nhỏ hoặc từ hộ kinh doanh cá thể chuyển đăng ký thành lập doanh nghiệp tư nhân.

Nếu danh sách phân cấp được duyệt có điều chỉnh so với dự kiến trước đó thì phòng TH-XLDL điều chỉnh thông tin phân cấp đã nhập vào Chương trình Quản lý thuế.

Hàng tháng, Cục Thuế thông báo cho các Chi cục Thuế biết danh sách các doanh nghiệp ngoài quốc doanh mới đăng ký thuế phân cấp về Chi cục Thuế quản lý. Đồng thời, phòng TH - XLDL chuyển dữ liệu đăng ký thuế của các đối tượng đó cho Chi cục Thuế để theo dõi quản lý.

- Phòng TH-XLDL chuyển kết quả đăng ký thuế và danh sách phân cấp quản lý doanh nghiệp cho phòng Hành chính.

5/ Trả kết quả đăng ký mã số thuế tại Cục Thuế:

Phòng Hành chính hoặc phòng TH-XLDL (nếu được phân công nhận, kiểm tra hồ sơ đăng ký thuế) trả Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo mã số thuế, bìa bán hoá đơn (nếu có),... cho tất cả các doanh nghiệp, kể cả doanh nghiệp phân cấp về Chi cục quản lý. Đồng thời, thông báo cho doanh nghiệp biết cơ quan Thuế trực tiếp quản lý thu thuế đối với doanh nghiệp; Ghi sổ doanh nghiệp ký nhận kết quả đăng ký thuế.

Trường hợp kiểm tra mã số thuế không được chấp nhận, ĐTNT không được cấp giấy chứng nhận đăng ký thuế, phòng TH-XLDL ghi rõ nguyên nhân để phòng Hành chính có thông báo hoặc giải thích lý do cho doanh nghiệp biết.

6/ Quản lý các trường hợp vi phạm quy định về đăng ký thuế

Phòng TH-XLDL có trách nhiệm kiểm tra, phát hiện các trường hợp vi phạm về đăng ký thuế để đôn đốc, nhắc nhở doanh nghiệp chấp hành đúng các quy định về đăng ký thuế; đồng thời thông báo cho cơ quan cấp đăng ký kinh doanh danh sách đơn vị không còn hoạt động sau thời hạn theo quy định của Luật doanh nghiệp.

- Để phục vụ tốt cho việc đăng ký thuế; phòng TH-XLDL có trách nhiệm nhận và lưu giữ kịp thời các thông tin về đăng ký kinh doanh mới, đăng ký kinh doanh điều chỉnh của các doanh nghiệp do Sở Kế hoạch và Đầu tư cung cấp để đối chiếu với các thông tin đăng ký thuế. Thông báo kịp thời cho các doanh nghiệp mới thành lập hoặc có điều chỉnh thực hiện đăng ký thuế theo quy định.

Định kỳ hàng tháng đối chiếu tình hình cấp mã số thuế với các Phòng QLDN, các Chi cục Thuế để kịp thời điều chỉnh biến động, cập nhật các chỉ tiêu điều chỉnh, thay đổi, bổ sung.

- Đối với các trường hợp vi phạm về đăng ký thuế, phòng TH-XLDL có trách nhiệm:

    + In thông báo đôn đốc doanh nghiệp kê khai đăng ký thuế ngay sau khi phát hiện hành vi vi phạm về đăng ký thuế để chuyển phòng Hành chính gửi doanh nghiệp.

    + Thực hiện phạt vi phạm hành chính: Quá thời hạn ghi trên thông báo đôn đốc đăng ký thuế doanh nghiệp vẫn không đến đăng ký thuế thì Phòng TH-XLDL căn cứ quy định về hành vi vi phạm hành chính đề xuất lãnh đạo Cục hình thức xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại Thông tư số 41/2004/TT-BTC, ngày 18/05/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2004/NĐ-CP ngày 25/02/2004 của Chính phủ quy định về việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

7/ Lập báo cáo và lưu hồ sơ đăng ký thuế:

- Ngày 10 hàng tháng, phòng TH-XLDL lập báo cáo thống kê tình hình đăng ký thuế của tháng trước (tình hình tăng, giảm số doanh nghiệp theo từng loại hình doanh nghiệp, theo địa bàn quản lý và tình trạng doanh nghiệp ngừng hoạt động, phá sản, giải thể…) báo cáo lãnh đạo Cục Thuế và để các phòng, Chi cục Thuế liên quan khai thác thông tin trên mạng máy tính.

- Lưu trữ hồ sơ đăng ký thuế: sau khi xử lý xong hồ sơ đăng ký thuế, phòng TH-XLDL chuyển hồ sơ đăng ký thuế của các doanh nghiệp do Cục Thuế quản lý cho phòng QLDN trực tiếp quản lý doanh nghiệp và chuyển hồ sơ đăng ký thuế của các doanh nghiệp phân cấp cho Chi cục quản lý về phòng HCQT để gửi Chi cục Thuế lập hồ sơ quản lý doanh nghiệp.

8/  Đóng mã số thuế:

8.1/ Các trường hợp đóng mã số thuế: Doanh nghiệp chấm dứt tồn tại như giải thể, phá sản, chấm dứt kinh doanh,... phải thực hiện thủ tục đóng mã số thuế với cơ quan Thuế.

8.2/ Các thủ tục đóng mã số thuế: Doanh nghiệp đóng mã số thuế phải có đầy đủ các thủ tục sau:

- Thanh/ quyết toán thuế: Phòng QLDN/Đội QLDN đôn đốc doanh nghiệp nộp quyết toán thuế, kiểm tra hồ sơ quyết toán, phối hợp với phòng TH-XLDL xác định tình trạng nộp thuế của doanh nghiệp để đôn đốc doanh nghiệp nộp hết số thuế còn nợ hoặc thực hiện thủ tục hoàn thuế nếu doanh nghiệp có số thuế nộp thừa.

- Thanh/ quyết toán hoá đơn: Phòng QLAC/tổ QLAC thực hiện đôn đốc, kiểm tra quyết toán hoá đơn của doanh nghiệp và thực hiện thu hồi, thanh hủy hoá đơn theo quy định.

- Hoàn thành nghĩa vụ Hải quan: Phòng TH-XLDL lập danh sách các đối tượng có hoạt động xuất nhập khẩu đã có giấy xác nhận hoàn thành nghĩa vụ Hải quan gửi về Tổng cục Thuế.

- Các đơn vị trực thuộc đã đóng mã số thuế: Phòng TH-XLDL gửi thông báo đến các Cục Thuế có đơn vị trực thuộc đóng trụ sở yêu cầu đóng mã số thuế.

8.3/  Đóng mã số thuế: được chia thành 2 trường hợp:

a/ Doanh nghiệp được đóng mã số thuế: khi doanh nghiệp đề nghị đóng mã số thuế, phòng TH-XLDL phải kiểm tra các thủ tục liên quan bao gồm:

- Biên bản thanh/quyết toán thuế.

- Biên bản thanh/quyết toán hoá đơn.

- Có xác nhận của cơ quan Hải quan đã hoàn thành nghĩa vụ Hải quan (nếu có hoạt động xuất nhập khẩu).

- Các đơn vị trực thuộc đã có xác nhận đã đóng mã số thuế (nếu có đơn vị trực thuộc).

- Khi đã đủ các thủ tục trên thì thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký thuế và Giấy chứng nhận đăng ký XNK (nếu có) đồng thời làm thủ tục đóng mã số thuế.

b/ Doanh nghiệp ngừng hoạt động chưa được đóng mã số thuế.

Doanh nghiệp chưa được đóng mã số thuế nếu chưa hoàn thành một trong các việc sau:

- Chưa thanh/quyết toán thuế;

- Chưa thanh/quyết toán hoá đơn;

- Chưa hoàn thành nghĩa vụ Hải quan (nếu có hoạt động xuất nhập khẩu);

- Một trong các đơn vị trực thuộc chưa đóng mã số thuế (nếu có đơn vị trực thuộc).

Phòng/ đội QLDN có trách nhiệm đôn đốc các đơn vị ngừng hoạt động chưa được đóng mã số thuế thực hiện kịp thời các nội dung nêu trên để đóng mã số thuế.

8.4/ Doanh nghiệp không còn tồn tại:

- Phát hiện doanh nghiệp ngừng kê khai và nộp thuế: phòng/đội QLDN  xác định các doanh nghiệp ngừng kê khai và nộp thuế quá 01 tháng tính từ thời điểm hết hạn nộp thuế của kỳ thuế gần nhất mà đối tượng có kê khai, nộp thuế để phát hành thông báo yêu cầu kê khai, nộp thuế. Sau 3 lần gửi Thông báo yêu cầu (khoảng cách giữa mỗi lần thông báo không quá 7 ngày), nếu không có hồi báo từ doanh nghiệp thì phòng/đội QLDN thực hiện xác minh tình trạng tồn tại của doanh nghiệp.

- Xác minh tình trạng hoạt động của doanh nghiệp: phòng/đội QLDN thực hiện xác minh tình trạng hoạt động của doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp còn tồn tại nhưng đã ngừng hoạt động thì yêu cầu doanh nghiệp làm thủ tục đóng mã số thuế theo quy định. Nếu doanh nghiệp không còn tồn tại ở trụ sở đã đăng ký thuế thì phòng quản lý hoặc Chi cục Thuế phối hợp với ủy ban nhân dân phường, xã nơi doanh nghiệp đóng trụ sở theo đăng ký thuế lập biên bản xác nhận doanh nghiệp không còn tồn tại ở địa điểm đóng trụ sở kinh doanh.

- Thông báo tình trạng doanh nghiệp không tồn tại: Sau khi phối hợp với UBND phường, xã lập biên bản xác nhận doanh nghiệp không tồn tại tại địa điểm theo đăng ký kinh doanh, Phòng/đội QLDN lập tờ trình lãnh đạo duyệt Công văn thông báo tên doanh nghiệp không còn tồn tại tại địa điểm đã đăng ký thuế để thông báo công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng, trên trang WEB ngành thuế.

- Phòng TH-XLDL thực hiện đóng mã số thuế ngay sau khi có kết quả xác minh doanh nghiệp không còn tại trụ sở đã đăng ký thuế do phòng QLDN chuyển sang.

- Phòng QLDN/Đội QLDN tiếp tục theo dõi các trường hợp doanh nghiệp không tồn tại nhưng còn nợ thuế. Đối với các trường hợp vi phạm nghiêm trọng phải lập  hồ sơ chuyển cơ quan Pháp luật điều tra, khởi tố.

9/ Xác minh địa điểm trụ sở kinh doanh của doanh nghiệp:

Cục Thuế có thể điều chỉnh quy trình xác minh địa điểm trụ sở của doanh nghiệp cho phù hợp với điều kiện thực hiện của  để đảm bảo thời gian xác minh nhanh nhất. Tuy nhiên, việc xác minh địa điểm trụ sở doanh nghiệp không ảnh hưởng tới thời gian trả kết quả đăng ký thuế. Nếu Cục Thuế giải quyết xong Giấy chứng nhận đăng ký thuế trong vài ba ngày thì phải thực hiện cấp ngay cho ĐTNT, không chờ kết quả xác minh địa chỉ trụ sở. Kết quả xác minh trụ sở sẽ được phòng/Tổ Quản lý ấn chỉ sử dụng để giải quyết bán hoá đơn cho ĐTNT ngay khi có đơn đề nghị mua hoá đơn. 

II/ XỬ LÝ TỜ KHAI VÀ CHỨNG TỪ NỘP THUẾ

1/ Nhận và kiểm tra sơ bộ tờ khai thuế:  

Trong quá trình sản xuất kinh doanh Doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai và nộp tờ khai thuế các loại theo quy định của Luật thuế, pháp lệnh thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

1.1/ Nhận tờ khai: Theo quy định của Tổng cục Thuế các loại văn thư đến đều phải qua phòng/tổ Hành chính để đóng dấu ghi sổ văn thư đến, hành chính phân loại hồ sơ chuyển ngay trong ngày  hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc hôm sau theo nguyên tắc:

* Văn thư phải trình lãnh đạo có ý kiến xử lý thì lập tờ trình gửi ngay để lãnh đạo giải quyết.

* Các loại khác thuộc diện đã phân công các bộ phận phụ trách xử lý thì chuyển đến từng bộ phận theo quy trình.

- Phòng/bộ phận hành chính phải thông báo công khai địa điểm nhận tờ khai, thời gian nhận tờ khai để đối tượng nộp thuế biết.

- Cán bộ thuộc phòng/bộ phận hành chính được giao nhiệm vụ nhận tờ khai phải trực đủ thời gian làm việc theo quy định và tổ chức tiếp nhận hết tờ khai của các đối tượng nộp thuế đến nộp trực tiếp. Trường hợp đã hết giờ làm việc nhưng vẫn còn doanh nghiệp chờ nộp tờ khai thì phòng/bộ phận hành chính phải phân công, bố trí cán bộ làm ngoài giờ để nhận hết tờ khai cho doanh nghiệp.

- Khi nhận tờ khai, cán bộ tiếp nhận phải kiểm tra các thủ tục hành chính như: tên đơn vị nộp tờ khai, ngày tháng kê khai, chữ ký của người có trách nhiệm và dấu của đơn vị. Nếu đã đủ các thủ tục hành chính thì đóng dấu công văn đến vào tờ khai và ghi vào sổ nhận tờ khai thuế (mẫu số 01 QTR).

- Cuối ngày, cán bộ nhận tờ khai phải tổng hợp số tờ khai đã nhận, đối chiếu với số tờ khai ghi trên sổ nhận tờ khai, nếu thấy khớp thì chuyển cho cán bộ phân phối tờ khai cho các phòng/bộ phận chức năng khác; nếu có khác biệt phải kiểm tra để xác định nguyên nhân và khắc phục ngay. Cán bộ phân loại tờ khai lập phiếu chuyển cho phòng/Tổ xử lý dữ liệu; phiếu chuyển phải ghi rõ số lượng tờ khai đã chuyển. Khi giao, phải yêu cầu cán bộ của phòng/Tổ xử lý dữ liệu ký xác nhận. 

Đối với những đơn vị có điều kiện thì việc nhận tờ khai thuế có thể giao cho phòng/tổ XLDL, nhưng phải thực hiện đầy đủ các bước công việc như nêu ở trên.

1.2/ Kiểm tra thủ tục tờ khai: Phòng TH-XLDL/tổ XLDL thực hiện kiểm tra thủ tục kê khai, nội dung kiểm tra gồm:

- Kiểm tra tính đầy đủ của tờ khai thuế và các tài liệu kèm theo (nếu có); kiểm tra kê khai đúng mẫu tờ khai, kê khai đầy đủ chỉ tiêu và có xác nhận của doanh nghiệp, có dấu công văn đến của hành chính cơ quan.

- Quá trình kiểm tra, nếu phát hiện tờ khai chưa đúng thủ tục thì in Thông báo tờ khai thuế chưa đúng quy định theo mẫu số 03/QTR chậm nhất không quá 2 ngày kể từ khi nhận được tờ khai thuế để chuyển phòng/tổ Hành chính gửi doanh nghiệp.

- Lưu tờ khai: Các tờ khai đúng qui định được đóng thành từng tệp theo loại thuế, theo ngày. Trên mỗi tệp phải ghi rõ: Tệp tờ khai số:    Ngày:   /   /  , Loại thuế, Số lượng tờ khai.

2/ Nhập và xử lý tờ khai thuế:

Phòng XLDL/tổ XLDL thực hiện:

- Nhập tờ khai thuế: nhập ngay các thông tin trên tờ khai thuế vào Chương trình Quản lý thuế trên máy tính (nếu số tờ khai nhiều phải bố trí đủ cán bộ để nhập) chậm nhất 2 ngày kể từ khi đóng tệp tờ khai thuế, cán bộ nhập tờ khai thuế có trách nhiệm nhập các thông tin trên tờ khai vào máy tính theo đúng các nội dung quy định, đảm bảo số liệu nhập vào máy tính trung thực, chính xác.

- Phát hiện lỗi tính toán sai: Trong quá trình nhập dữ liệu, chương trình Quản lý thuế trên máy tính trợ giúp kiểm tra phát hiện các lỗi kê khai sai, tính toán sai và lập danh sách các tờ khai lỗi theo mẫu số 05/QTR, cán bộ nhập dữ liệu dự thảo thông báo gửi doanh nghiệp yêu cầu điều chỉnh lỗi tờ khai trình lãnh đạo phòng/lãnh đạo Chi cục Thuế ký thông báo chuyển cho bộ phận hành chính gửi doanh nghiệp.

- Xác định số thuế phải nộp: chương trình Quản lý thuế trên máy tính  xác định số thuế phải nộp của từng doanh nghiệp theo số thuế kê khai trên tờ khai thuế của doanh nghiệp.

3/ Thực hiện xử lý lỗi kê khai thuế:

Phòng TH-XLDL/tổ XLDL thực hiện các việc sau:

- Khi nhập dữ liệu tờ khai, nếu phát hiện tờ khai thuế bị lỗi thì in Thông báo đề nghị điều chỉnh tờ khai thuế theo mẫu số 06/QTR, chuyển phòng/tổ Hành chính gửi cho doanh nghiệp để lập lại tờ khai. Thời hạn gửi Thông báo chậm nhất không quá 01 ngày so với ngày nhập tờ khai thuế. Các lỗi không liên quan đến số liệu thì liên hệ với doanh nghiệp để chỉnh sửa ngay.

- Nhập tờ khai thay thế vào Chương trình Quản lý thuế trên máy tính để thay thế tờ khai lỗi.

- Gửi Thông báo yêu cầu doanh nghiệp kê khai điều chỉnh vào tờ khai kỳ tiếp theo nếu Tờ khai thay thế đã quá thời hạn nộp thuế. Cán bộ xử lý tờ khai phải theo dõi việc kê khai bổ sung trên tờ khai kỳ tiếp theo của doanh nghiệp đối với các trường hợp này.

- Phòng TH-XLDL/tổ XLDL thường xuyên rà soát danh sách các tờ khai lỗi để đôn đốc doanh nghiệp sửa lỗi kê khai thuế. Thông báo cho phòng/tổ Thanh tra danh sách các doanh nghiệp thường xuyên kê khai sai để tham khảo khi lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp. Thống kê các lỗi kê khai thuế doanh nghiệp thường mắc để cung cấp cho phòng/tổ TT-HT, phòng/tổ QLDN theo định kỳ hàng qúy.

4/ Ấn định thuế đối với trường hợp không nộp tờ khai thuế:

4.1/ Đôn đốc nộp tờ khai thuế: Cán bộ phòng TH-XLDL/tổ XLDL theo dõi việc nộp tờ khai thuế để kịp thời đôn đốc các doanh nghiệp nộp tờ khai thuế. Việc đôn đốc  thực hiện qua điện thoại hoặc gửi Thông báo đôn đốc nộp tờ khai thuế khi hết thời hạn nộp tờ khai theo quy định.  

Sau lần gửi thông báo đôn đốc kê khai (từ 1 đến 5 ngày) mà doanh nghiệp vẫn không nộp tờ khai hoặc không có hồi báo từ doanh nghiệp thì phòng/tổ XLDL lập danh sách chuyển cho phòng/đội QLDN (hoặc phòng/đội QLDN tự khai thác số liệu trên máy tính để nắm số doanh nghiệp quá thời hạn quy định chưa nộp tờ khai) để tiến hành xác minh tình trạng tồn tại của doanh nghiệp, lập biên bản thực tế. Nếu doanh nghiệp còn tồn tại nhưng không kê khai thì đôn đốc doanh nghiệp nộp tờ khai; nếu doanh nghiệp tồn tại nhưng ngừng hoạt động thì đôn đốc doanh nghiệp làm thủ tục đóng mã số thuế theo quy định; nếu doanh nghiệp không còn tại trụ sở đã đăng ký thuế thì phối hợp với chính quyền địa phương để lập biên bản xác định doanh nghiệp không còn tồn tại. Các biên bản lập phải xác định rõ các hành vi vi phạm theo quy định tại mục I, phần B, Thông tư số 41/2004 ngày 18/5/2004 của Bộ Tài chính.

4.2/ Xử phạt hành chính vi phạm về kê khai thuế: Quá thời hạn nộp tờ khai thuế, phòng TH-XLDL/tổ XLDL theo dõi danh sách doanh nghiệp chậm nộp hoặc không nộp tờ khai thuế (mẫu 06/QTR trên máy tính) để:

- Thực hiện các thủ tục phạt hành chính về thuế đối với hành vi chậm nộp hoặc không nộp tờ khai thuế theo quy định tại mục I phần B Thông tư 41/2004/TT-BTC ngày 18/5/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2004/NĐ-CP ngày 25 tháng 02 năm 2004 của Chính phủ quy định về việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

- Nhập quyết định phạt hành chính vào máy tính để theo dõi việc nộp phạt của doanh nghiệp.

4.3/ Ấn định thuế: sau khi phát hành Quyết định phạt hành chính về thuế đối với hành vi không nộp tờ khai thuế, không sửa lỗi tờ khai, nếu doanh nghiệp vẫn không nộp tờ khai thuế hoặc tờ khai thay thế cho tờ khai lỗi thì phòng/đội QLDN  lập danh sách ấn định thuế đối với doanh nghiệp theo mẫu số 08/QTR ký chuyển cho phòng TH-XLDL/tổ XLDL để nhập vào máy tính vào ngày 20 hàng tháng.

* Để nâng cao trách nhiệm và đảm bảo ấn định thuế đối với doanh nghiệp chậm kê khai, trước hết thuộc Phòng/đội QLDN, việc ấn định thuế phải tuân theo nghiệp vụ sau:

- Cán bộ Phòng/ đội QLDN phải kiểm tra báo cáo quyết toán thuế, biên bản kiểm tra quyết toán của các năm trước, những thông tin trên mạng máy tính và các thông tin khác...

- Tham khảo số thuế kê khai của những doanh nghiệp kinh doanh cùng ngành nghề, cùng quy mô, chấp hành tốt chính sách thuế, chế độ kê khai nộp thuế và mức thuế kê khai của tháng, kỳ tương đương.

- Tham khảo doanh thu và mức thuế của doanh nghiệp kê khai một số tháng liền kề...

Căn cứ các yếu tố nêu trên, cán bộ thực hiện của phòng/tổ QLDN lập dự kiến mức thuế ấn định thảo luận trong nội bộ phòng/tổ QLDN để báo cáo trưởng phòng/ đội trưởng  xem xét quyết định.

* Quá thời hạn ấn định thuế nêu trên, nếu phòng/đội  QLDN không chuyển danh sách ấn định thuế cho phòng TH-XLDL/tổ XLDL thì Chương trình Quản lý thuế trên máy tính tự động ấn định số thuế phải nộp của từng doanh nghiệp không nộp tờ khai thuế. Số thuế ấn định bằng số thuế phải nộp cao nhất trong 12 tháng trước liền kề đối với loại thuế kê khai theo tháng hoặc 4 quý trước liền kề đối với loại thuế kê khai theo năm .

4.5/ Thông báo thuế ấn định: phòng TH-XLDL/tổ XLDL căn cứ vào mức ấn định nêu trên in Thông báo ấn định thuế theo mẫu số 09/QTR để chuyển phòng/tổ Hành chính gửi doanh nghiệp. Thông báo mức thuế ấn định được chuyển cho doanh nghiệp trước 03 ngày so với thời hạn cuối cùng phải nộp thuế của từng sắc thuế.

4.6/ Nhập  tờ khai thuế nộp chậm sau ấn định thuế: nếu sau khi nhận được Thông báo ấn định thuế, doanh nghiệp nộp tờ khai thuế thì phòng TH-XLDL/tổ XLDL nhập tờ khai nộp chậm, máy tính sẽ tự điều chỉnh số thuế chênh lệch giữa tờ khai nộp chậm với số thuế đã ấn định vào kỳ thuế tiếp theo.

5/ Nhập và xử lý chứng từ nộp thuế:

Phòng TH-XLDL/tổ XLDL thực hiện các việc:

- Nhập chứng từ nộp thuế của từng doanh nghiệp vào Chương trình Quản lý thuế trên máy tính, ngay trong ngày kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế.

- Quá trình nhập chứng từ nộp thuế, cán bộ nhập dữ liệu phải so sánh số thuế đã nộp ghi trên chứng từ với số thuế phải nộp ghi trên tờ khai hoặc thông báo thuế. Nếu số thuế đã nộp thấp hơn số thuế ghi trên tờ khai hoặc thông báo phải xác định số thuế còn nợ, để tính phạt nộp chậm nếu quá hạn nộp thuế. Nếu số thuế đã nộp lớn hơn số thuế ghi trên tờ khai hoặc thông báo thì xác định số thuế nộp thừa để chuyển trừ vào kỳ sau.

- Theo dõi số nợ thuế: hết thời hạn nộp thuế phòng/tổ XLDL phải xác định được những doanh nghiệp chưa nộp thuế hoặc đã nộp nhưng còn thiếu để lập danh sách những doanh nghiệp chưa nộp thuế hoặc nộp còn thiếu chuyển cho phòng/tổ quản lý doanh nghiệp biết để tiếp tục đốn đốc. Chương trình Quản lý thuế trên máy tính sẽ hç trî viÖc thùc hiện so sánh số thuế đã nộp với số thuế phải nộp để tính số thuế còn nợ hoặc số thuế nộp thừa và tính phạt nộp chậm nếu quá hạn nộp thuế. Phòng/đội QLDN phải khai thác trên mạng máy tính danh sách doanh nghiệp chưa nộp hoặc nộp còn thiếu thuế để tiếp tục đôn đốc nộp thuế.

- Lập báo cáo kết quả nộp thuế: chậm nhất ngày cuối cùng của tháng, phòng/tổ XLDL phải tổng hợp kết quả nộp thuế của các doanh nghiệp, báo cáo lãnh đạo cơ quan thuế. Báo cáo phải phản ảnh được các chỉ tiêu cơ bản sau:

    + Tổng số thuế phát sinh theo kê khai hoặc ấn định trong tháng.

    + Tổng số thuế còn nợ kỳ trước chuyển qua.

    + Tổng số thuế đã nộp trong tháng.

Trong đó:    . Nộp cho số thuế phát sinh

                 . Nộp cho số thuế nợ đọng kỳ trước chuyển sang.

    + Tổng số thuế còn nợ đọng

Trong đó:    . Nợ đọng mới phát sinh

                  . Nợ đọng các kỳ trước chuyển sang

    + Các trường hợp khác (số thuế nộp thừa, tiền phạt …)

    + Kèm theo danh sách các doanh nghiệp nợ thuế.

Chương trình Quản lý thuế trên máy tính tự động tổng hợp để lập Sổ theo dõi tình hình nộp thuế của từng doanh nghiệp. Phòng TH-XLDL/tổ XLDL kiểm soát, phân tích thông tin tình hình  nộp thuế của từng đối tượng để phát hiện những sai sót và xác nhận tình hình thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp nếu doanh nghiệp có đề nghị.

6/ Phân tích tình trạng kê khai thuế:

Phân tích tình trạng kê khai thuế nhằm đánh giá tính trung thực, khách quan của việc kê khai. Qua phân tích phát hiện những doanh nghiệp kê khai không đúng, những doanh nghiệp có dấu hiệu trốn thuế để kiến nghị những giải pháp quản lý.

Phòng/đội QLDN có trách nhiệm phân công cán bộ kiểm tra, phân tích:

6.1/ Kiểm tra thông tin kê khai thuế: Nội dung kiểm tra kê khai thuế gồm:

- Doanh số và số thuế kê khai kỳ này so sánh với doanh số và số thuế của một số kỳ kê khai trước, phát hiện các dấu hiệu bất thường như: doanh số, thuế tăng, giảm đột biến, số thuế khấu trừ quá lớn, số thuế khấu trừ (âm) liên tục nhiều tháng, số thuế đầu vào lớn chưa được khấu trừ trong 3 tháng liên tục trở lên nhưng doanh nghiệp không đề nghị hoàn ...

- Thuế suất thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế tài nguyên, ... doanh nghiệp áp dụng có đúng hay không?

- Đối chiếu số liệu kê khai trên tờ khai thuế với các tài liệu liên quan như: bảng kê hoá đơn đầu vào, đầu ra. Đối chiếu hoá đơn đầu ra với báo cáo sử dụng hoá đơn.

- Kiểm tra bảng kê hoá đơn, chứng từ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, đối chiếu với số thuế GTGT kê khai khấu trừ.

- Giá bán ghi trên hoá đơn bán hàng, giá mua ghi trên hoá đơn mua hàng (thể hiện trên bảng kê) có phù hợp với giá thực tế trên thị trường không?

- Đối với tờ khai thuế TNDN tạm nộp thì phải kiểm tra dự kiến doanh thu, thu nhập chịu thuế, đối chiếu với doanh thu, thu nhập chịu thuế của một số năm liền kề để xác định doanh thu, thu nhập chịu thuế kê khai tạm nộp có phù hợp với thực tế kinh doanh và tỷ lệ thu nhập chịu thuế trên doanh thu hay không?

Căn cứ vào kết quả kiểm tra các nội dung trên, nếu có dấu hiệu kê khai không đúng, gian lận thuế; cán bộ được giao nhiệm vụ kiểm tra lập bảng phân tích dấu hiệu kê khai sai theo mẫu số 10/QTR đồng thời ghi kiến nghị các giải pháp để chấn chỉnh và khắc phục trình lãnh đạo phòng/tổ QLDN quyết định.

6.2/ Phân loại, xử lý tờ khai: qua kiểm tra kê khai các tờ khai không có dấu hiệu sai phạm thì được đánh đánh dấu (V). Những tờ khai có sai phạm thì phòng/đội QLDN cần phân biệt mức độ vi phạm và xử lý như sau:

- Nếu là vi phạm hành chính về kê khai thì lập thông báo đề nghị điều chỉnh tờ khai thuế (theo mẫu số 06/QTR) hoặc liên hệ yêu cầu doanh nghiệp đến giải trình tại cơ quan thuế. Kết quả xác minh nếu làm thay đổi số thuế phải nộp trên tờ khai thì phòng/đội QLDN yêu cầu doanh nghiệp kê khai tờ khai thay thế (nếu còn trong thời hạn nộp thuế) hoặc kê khai điều chỉnh vào tờ khai thuế của kỳ thuế tiếp theo (nếu quá thời hạn nộp thuế).

- Nếu có các vi phạm về áp dụng thuế suất, về tính thuế GTGT được khấu trừ không đúng, về lập hoá đơn không ghi mã số thuế của người mua, hoá đơn mua hàng không ghi mã số của đơn vị… thì dự thảo thông báo trình lãnh đạo cơ quan thuế ký yêu cầu doanh nghiệp chấn chỉnh và khắc phục ngay.

- Nếu có dấu hiệu gian lận thuế:

    + Trường hợp nghi ngờ lập hoá đơn không đúng thực tế cần xác minh hoá đơn thì lập Phiếu đề nghị xác minh hoá đơn.

    + Trường hợp nghi ngờ dấu doanh số thì lập phiếu nhận xét trình lãnh đạo Cục/Chi cục mời doanh nghiệp lên cơ quan thuế để giải trình hoặc cho kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp.

Nếu qua kết quả xác minh hoá đơn hoặc kết quả kiểm tra thực tế phát hiện có gian lận phải truy thu và phạt vi phạm, kết quả kiểm tra truy thu và phạt được chuyển cho phòng/tổ XLDL để nhập vào máy tính.

6.3/ Theo dõi việc xử lý tờ khai thuế có dấu hiệu kê khai sai: phòng/đội QLDN mở sổ theo dõi việc xử lý các tờ khai có dấu hiệu kê khai sai theo doanh nghiệp, theo kỳ kê khai, theo dấu hiệu kê khai sai. Ngày 15 tháng đầu quý, phòng/đội QLDN lập báo cáo đánh giá chung về tình hình chất lượng kê khai thuế các tháng trong quý của các doanh nghiệp thuộc phòng/đội quản lý để báo cáo lãnh đạo đơn vị, gửi các phòng/tổ liên quan đến quản lý thuế. Ngày cuối tháng đầu quý, phòng Tổng hợp-Dự toán tổng hợp tình hình chất lượng kê khai thuế của toàn Cục gửi về Tổng cục Thuế.

7/ Báo cáo tình hình xử lý tờ khai thuế:

Ngày 10 hàng  tháng, phòng TH-XLDL/tổ XLDL thống kê tình hình kê khai, nộp thuế của các doanh nghiệp trong tháng trước để cung cấp cho lãnh đạo đơn vị và các phòng/tổ liên quan đến quản lý thuế khai thác những thông tin như: 

- Số doanh nghiệp phải nộp tờ khai theo từng sắc thuế, số tờ khai đã nộp, số tờ khai chưa nộp, số tờ khai nộp chậm so với thời hạn nộp tờ khai, số tờ khai sai, số tờ khai đã sửa lỗi.

- Số thuế kê khai trên tờ khai, số thuế đã nộp theo từng sắc thuế, số thuế chưa nộp, số thuế nộp chậm so với thời hạn nộp thuế.

- Số doanh nghiệp không nộp tờ khai thuế, số doanh nghiệp đã ấn định thuế, số doanh nghiệp nộp tờ khai thuế sau khi ấn định thuế.

- Số lượt doanh nghiệp bị phạt hành chính thuế về vi phạm kê khai tờ khai thuế.

8/ Lưu giữ tờ khai, bảng kê hoá đơn:

Phòng TH-XLDL/tổ XLDL tổ chức lưu trữ các tệp tờ khai thuế, Thông báo  điều chỉnh lỗi tờ khai theo thời gian và theo loại thuế.

Phòng Quản lý doanh nghiệp lưu các bảng kê hoá đơn và bảng phân tích dấu hiệu kê khai thuế sai và kết quả xử lý theo từng tháng. 

III/ QUẢN LÝ THU NỢ THUẾ

Phòng/ đội QLDN thường xuyên nắm tình hình nợ thuế của từng doanh nghiệp do phòng/đội phụ trách quản lý để kịp thời phân loại nợ thuế và nhắc nhở doanh nghiệp nộp số thuế còn nợ bằng cách tra cứu thông tin trực tiếp trên mạng máy tính, đối chiếu với số liệu báo cáo để tìm ra nguyên nhân sai lệch (nếu có) và thực hiện các công việc sau: 

1/ Gửi thông báo đôn đốc nộp thuế:

Trong vòng từ 1 đến 10 ngày sau thời hạn quy định nộp thuế theo từng sắc thuế, phòng TH - XLDL / tổ XLDL thực hiện in thông báo nợ tiền thuế theo mẫu số 11/QTR chuyển phòng/tổ hành chính gửi doanh nghiệp, cần ghi rõ số tiền thuế còn nợ đến ngày? yêu cầu Doanh nghiệp phải nộp ngay số tiền còn nợ trong thời gian?, trường hợp vì lý do khách quan doanh nghiệp chưa có khả năng nộp thuế thì doanh nghiệp phải có văn bản giải trình gửi cơ quan thuế xem xét.

Thông báo nợ tiền thuế phải đối chiếu với phòng/đội QLDN trước khi phát hành.

2/ Thông báo số tiền phạt do nộp chậm tiền thuế:

Trên cơ sở số thuế doanh nghiệp còn nợ đã được đối chiếu thống nhất với phòng/đội QLDN, từ ngày 10 đến ngày 20 hàng tháng, phòng TH - XLDL/tổ XLDL thực hiện tính phạt nộp chậm tiền thuế; in, trình Lãnh đạo Cục/Chi cục ký thông báo phạt nộp chậm tiền thuế theo mẫu số 12/QTR  để chuyển phòng/tổ hành chính gửi doanh nghiệp.

3/ Phân tích tình trạng nợ thuế và lập kế hoạch thu nợ thuế (bao gồm các loại nợ thuế, nợ tiền phạt qua công tác thanh - kiểm tra):

Ngày 10 hàng tháng, cán bộ phòng/ đội QLDN (phối hợp với phòng TH-XLDL/Tổ XLDL) lập danh sách các DN vẫn còn nợ thuế để lập bảng phân tích tình trạng nợ của từng DN.

Việc theo dõi, phân tích tình trạng nợ thuế của từng ĐTNT là công tác thường xuyên của bộ phận quản lý doanh nghiệp. Số liệu phân tích nợ thuế của các ĐTNT phải được phân tích cụ thể và theo dõi riêng cho từng ĐTNT theo số nợ đầu kỳ, số phát sinh nợ trong kỳ, số nợ thuế còn tồn đến cuối kỳ và chi tiết theo từng sắc thuế.

-  Báo cáo tổng hợp tình hình nợ thuế phải phản ánh được:

    + Số doanh nghiệp còn nợ thuế và tổng số thuế nợ luỹ kế đến kỳ báo cáo, so sánh với kỳ báo cáo trước tăng, giảm:

          . Theo sắc thuế

          . Theo thời gian nợ

-  Phân tích số nợ thuế theo nguyên nhân:

Vào các kỳ quyết toán thuế năm và trong vòng 10 ngày đầu của tháng/quý, bộ phận quản lý doanh nghiệp phối hợp với bộ phận tin học, xử lý dữ liệu và bộ phận thanh tra để lập các báo cáo về ĐTNT còn nợ thuế, trong đó phân tích kỹ các khoản nợ thuế theo các nguyên nhân sau: 

- Nợ không có khả năng thu: bao gồm khoản nợ của các doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh sản xuất kinh doanh kém hiệu quả, thua lỗ và mất khả năng thanh toán; các khoản nợ do giải thể, phá sản, bỏ trốn,...

- Nợ chờ xử lý: bao gồm khoản nợ của các doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh đang có khiếu nại, đang trong quá trình điều tra, khởi tố hình sự liên quan đến nghĩa vụ nộp thuế; doanh nghiệp đang chờ giải quyết miễn, giảm thuế, khoanh nợ, xoá nợ, chờ quyết định hoàn thuế, chờ ghi thu ghi chi; chờ xử lý khác...

- Nợ có khả năng thu hồi

    + Thu hồi dần (nợ khó thu): bao gồm khoản nợ của các doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh do khó khăn về tài chính và đã được Nhà nước cho giãn nợ (chậm nộp) theo quy định, các khoản nợ chây ỳ, dây dưa không nộp quá 1 năm,...

    + Thu hồi ngay: bao gồm khoản nợ của các doanh nghiệp, cơ sở kinh doanh có khả năng nộp thuế nhưng chây ỳ không nộp.

- Nợ qua thanh tra, kiểm tra: bao gồm các khoản nợ phát sinh do truy thu số thuế bị ẩn lậu và thu phạt qua kiểm tra, thanh tra, quyết toán thuế, phạt chậm nộp đã đến hạn nộp nhưng không nộp...

- Nợ tạm tính bao gồm:

    + Số nợ thuế tính trên số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp hàng quý;

    + Số nợ thuế tính trên số thuế ấn định đối với các trường hợp cơ quan thuế thực hiện quyền ấn định thuế;

    + Số nợ không được phép bù trừ giữa số thuế còn nợ của kỳ trước với số thuế được khấu trừ của kỳ sau,

    + Số nợ thuế do cơ quan thuế nhập nhầm, do thất lạc chứng từ,...       

4/ Lập kế hoạch thu nợ:

- Căn cứ việc phân tích, đánh giá tình trạng nợ thuế, ngày 15 hàng tháng, bộ phận quản lý doanh nghiệp lập kế hoạch đôn đốc thu nợ thuế theo mẫu số 15/QTR.

- Căn cứ kế hoạch thu nợ, bộ phận đôn đốc thu nợ phải có sự phân công cán bộ thực hiện kế hoạch thu nợ.

- Khi lập kế hoạch thu nợ cần tập trung vào các khoản nợ có thời gian nợ quá dài như số tiền nợ thuế trên 1 năm, các khoản nợ thuế do truy thu, phạt, do thanh tra, kiểm tra.

- Có kế hoạch phối hợp với các bộ phận liên quan để giải quyết các khoản nợ thuế như do giãn nợ, khoanh nợ, do chờ Quyết định, miễn giảm.

5/ Lập nhật ký theo dõi khoản nợ của DN phải đôn đốc thu:

Cán bộ được phân công theo dõi thu nợ phải lập nhật ký theo dõi thu nợ trước khi tiến hành đôn đốc thu nợ (theo mẫu số 15/QTR), bao gồm các thông tin sau:

- Các thông tin chung về đối tượng nộp thuế: tên, địa chỉ, mã số thuế.

- Thông tin về khoản nợ phải đôn đốc thu: số tiền thuế nợ, loại thuế, thời gian nợ

- Thông tin về nhật ký đôn đốc nợ: nội dung công việc đôn đốc thu nợ có liên quan hàng ngày.

- Thông tin về nộp thuế: thể hiện từng lần, ngày tháng, số tiền nợ thuế đã thu được.

Nhật ký phải được lập riêng cho từng khoản nợ thuế và ghi chép tất cả các biện pháp đôn đốc thu đối với từng khoản nợ vào nhật ký ngay sau khi thực hiện biện pháp thu nợ.

6/ Thực hiện các biện pháp thu nợ, cưỡng chế thuế:

Căn cứ vào kế hoạch được lập, phòng/đội QLDN thực hiện các biện pháp đôn đốc thu nợ:

6.1/ Quá hạn quy định nộp thuế đối với từng sắc thuế phòng TH-XLDL/tổ XLDL (máy tính) tính phạt đối với các đối tượng nộp thuế chậm nộp tiền thuế. Thời gian tính phạt nộp chậm theo quy định của từng sắc thuế.

6.2/ Tiếp tục thông báo nhắc chậm nộp thuế đối với khoản nợ của đối tượng nộp thuế đã được lập kế hoạch phải thu trong kỳ như nhắc nhở qua điện thoại (lập sổ theo dõi: người gọi điện nhắc nộp thuế, thời gian gọi, người nhận điện thoại,...) để đôn đốc nộp thuế và phạt nộp chậm tiền thuế, mời đối tượng nộp thuế làm việc trực tiếp tại văn phòng cơ quan thuế để lập biên bản và thực hiện các cam kết về thời gian phải nộp số thuế còn nợ.

6.3/ Thu thập các thông tin về tình hình tài chính, tài khoản tiền gửi và các thông tin có liên quan đến khả năng thanh toán các khoản nợ của đối tượng nộp thuế bổ sung vào Nhật ký theo dõi khoản nợ đã lập. Trên cơ sở Nhật ký theo dõi khoản nợ, xác định lại khả năng nộp thuế, nguyên nhân nợ và xác định các nghiệp vụ thu nợ, áp dụng các nghiệp vụ thu nợ theo cho phù hợp và hiệu quả.

6.4/ Phối hợp chặt chẽ với cơ quan Hải quan để có thể thu nợ thuế qua việc hoàn thuế tại cơ quan Hải quan (theo Quy chế phối hợp công tác giữa Cơ quan thuế - Hải quan - Kho bạc nhà nước).

6.5/ Sau khi đã thông báo nhắc nộp thuế đối với khoản nợ phải đôn đốc nộp trong kỳ kế hoạch nhưng đối tượng nộp thuế vẫn chưa nộp thuế, cán bộ phòng/tổ QLDN căn cứ vào các thông tin đã thu thập được trong Nhật ký theo dõi khoản nợ để xem xét áp dụng các biện pháp:

- Lập lệnh thu Ngân sách (chỉ bao gồm số tiền phạt và số thuế còn nợ của các kỳ thuế trước kỳ lập lệnh thu, không tính số nợ thuế của tháng phát sinh kỳ kê khai hiện tại). Lệnh thu Ngân sách được lập thành 05 liên, 01 liên lưu tại gốc, 04 liên gửi Ngân hàng hoặc Kho bạc Nhà nước nơi ĐTNT mở tài khoản để đề nghị trích tài khoản của ĐTNT nộp vào NSNN. Nếu đến kỳ thuế sau, lệnh thu vẫn không thực hiện được thì số nợ, phạt ghi trên lệnh thu kỳ trước sẽ được chuyển tiếp vào số nợ kỳ kê khai của tháng liền kề. 

Sau khi xử lý, theo dõi việc thực hiện lệnh thu, phòng/tổ QLDN lưu lệnh thu vào hồ sơ doanh nghiệp (bản sao liên lưu lệnh thu do cơ quan thuế lập và bản sao liên hồi báo của Kho bạc nhà nước).

Trong quá trình lựa chọn các ĐTNT cần lập lệnh thu, máy tính sẽ trợ giúp chọn ra các trường hợp như:

    + Nợ thuế 3 tháng liền, số thuế nợ lớn (tổng số nợ lớn hoặc tỷ lệ số nợ so với phải nộp lớn, số thuế lớn do Cục Thuế quy định căn cứ theo tình hình cụ thể của từng địa phương).

    + Nợ thuế TNDN 02 quý liên tiếp với số thuế nợ lớn .

- Trích tiền gửi của ĐTNT tại Ngân hàng, Kho bạc Nhà nước hoặc tổ chức tín dụng để nộp Ngân sách nhà nước. Trường hợp có tình tiết vi phạm nặng thì chuyển hồ sơ sang Phòng Thanh tra thuế để thực hiện việc cưỡng chế về thuế theo quy định: Như trích tiền gửi của ĐTNT tại ngân hàng, Kho bạc, tổ chức tín dụng, hoặc kê biên tài sản có giá trị tương ứng với số tiền thuế còn nợ...theo pháp luật xử lý vi phạm hành chính. Trường hợp nợ lớn, kéo dài nếu có tình tiết vi phạm nặng thì chuyển sang Phòng Thanh tra thuế để thực hiện việc cưỡng chế về thuế theo quy định, hoặc chuyển hồ sơ gửi cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý, theo quy định của pháp luật.

6.6/ Trường hợp nợ thuế lớn, kéo dài nhiều tháng mà khả năng thanh toán nợ chậm và nếu có tình tiết vi phạm nặng thì chuyển hồ sơ sang Phòng thanh tra thuế để thực hiện việc cưỡng chế về thuế theo quy định như:

- Kê biên tài sản theo quy định của pháp luật để đảm bảo thu đủ số thuế, số tiền phạt còn thiếu: trình tự, thủ tục kê biên tài sản thực hiện theo quy định của các văn bản hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế hiện hành.

Trước khi tổ chức kê biên tài sản, cán bộ thuế phòng/tổ QLDN phải báo cáo Cục Thuế cụ thể về tình trạng nợ (mức nợ, thời gian nợ, tính chất nợ) của đối tượng nộp thuế, tình hình sản xuất kinh doanh hiện tại của đối tượng nộp thuế (ngành nghề, lao động, đặc thù riêng trong lĩnh vực sản xuất kinh doanh), tình hình tài chính (tài sản, tiền vốn,...), các biện pháp đã thực hiện và đưa ra phương án tổ chức kê biên tài sản.

- Cán bộ phòng/tổ QLDN lập tờ trình lãnh đạo Cục/Chi cục ra Quyết định tạm đình chỉ sử dụng hoá đơn.

Thời gian tạm đình chỉ sử dụng hoá đơn tối đa không quá 3 tháng kể từ khi có Quyết định tạm đình chỉ sử dụng hoá đơn của cơ quan thuế. Nếu vi phạm được khắc phục trong thời gian sớm hơn 3 tháng thì cán bộ theo dõi thu nợ phải lập biên bản để chấm dứt hiệu lực tạm đình chỉ sử dụng hoá đơn và chuyển cho phòng quản lý ấn chỉ của Cục Thuế để tiếp tục bán hoá đơn cho đối tượng nộp thuế.

- Thông báo cho cơ quan có thẩm quyền đình chỉ hoạt động sản xuất kinh doanh của đối tượng nộp thuế.

- Chuyển hồ sơ cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý, theo quy định của pháp luật.

- Phạt vi phạm hành chính (phòng/đội QLDN xem xét, lựa chọn ĐTNT cần phạt hành chính thuế theo quy định tại mục II, phần B Thông tư 41/2004/TT-BTC ngày 18/5/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2004/NĐ-CP ngày 25/2/2004 của Chính phủ quy định về việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế).

Việc xử lý các vi phạm về thuế được thực hiện theo các thủ tục, trình tự quy định tại các văn bản pháp lệnh về xử lý vi phạm về thuế. Phòng/tổ thanh tra theo dõi kết quả xử lý của các cơ quan pháp luật đối với các hồ sơ đã gửi. Hàng tháng tập hợp tình hình số hồ sơ đã gửi và kết quả xử lý, số hồ sơ tồn đọng, thời gian tồn đọng để báo cáo Cục Thuế, và Tổng cục Thuế.

- Thông báo danh sách đối tượng nộp thuế còn nợ thuế lên phương tiện thông tin đại chúng. Phòng/tổ QLDN lập và chuyển cho Phòng/Tổ tuyên truyền và hỗ trợ đối tượng nộp thuế danh sách những đối tượng nộp thuế có số thuế nợ lớn, thời gian nợ dài và các nguyên nhân khác để thông báo lên các phương tiện thông tin đại chúng và Website ngành Thuế.

7/ Chế độ thông tin báo cáo về tình hình tổ chức thu nợ:

- Phòng TH - XLDL: tổng hợp, cung cấp số nợ thuế đến từng thời điểm cho các phòng quản lý doanh nghiệp và phòng Tổng hợp - dự toán.

- Định kỳ hàng tháng, cán bộ, công chức thuế phòng/đội QLDN xác định, tổng hợp và báo cáo thuyết minh, phân tích nợ thuế theo các nội dung trên đối với những doanh nghiệp thuộc phạm vi quản lý; đồng thời nêu những vướng mắc và đề xuất biện pháp theo dõi, xử lý nợ thuế trong chương trình quản lý thuế; báo cáo lãnh đạo Cục và gửi cho phòng Tổng hợp - Dự toán tổng hợp chung.

- Phòng Dự toán - tổng hợp:

    + Hướng dẫn các Chi cục Thuế tổng hợp, báo cáo phân tích nợ thuế của các đối tượng nộp thuế trên địa bàn Chi cục Thuế quản lý;

    + Tổng hợp và lập báo cáo phân tích nợ của tất cả các đối tượng nộp thuế trên địa bàn tỉnh, thành phố, tổng hợp nợ thuế theo mẫu số 13/QTR, 14/QTR, 15QTR để báo cáo lãnh đạo Cục Thuế, Chi cục Thuế, đồng thời gửi báo cáo về Tổng cục trước ngày 10 của tháng tiếp theo.

8/ Lưu trữ hồ sơ:

- Phòng/đội QLDN lưu giữ toàn bộ hồ sơ,  tài liệu liên quan đến quá trình thực hiện đôn đốc thu nợ của đối tượng nộp thuế như: thư nhắc nộp tiền thuế, các mẫu biểu tổng hợp số liệu về đôn đốc nộp thuế, nhật ký thu nợ, hồ sơ thu nợ, báo cáo định kỳ,... Mỗi đối tượng nợ phải được lưu vào hồ sơ riêng.

- Phòng Dự toán - tổng hợp lưu các báo cáo tổng hợp tình hình nợ.

- Phòng TH-XLDL/tổ XLDL lưu giữ các hồ sơ, tài liệu như Thông báo phạt nộp chậm tiền thuế và Quyết định có liên quan đến cưỡng chế thuế vào hồ sơ của từng đối tượng nộp thuế; theo dõi và tổng hợp tình trạng nợ.

IV- XỬ LÝ HOÀN THUẾ

1/ Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế:     

Phòng/tổ Hành chính nhận hồ sơ hoàn thuế, ghi Sổ nhận hồ sơ thuế theo mẫu số 01/QTR, đóng dấu ngày nhận vào hồ sơ và chuyển hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho phòng/đội Quản lý doanh nghiệp ngay trong ngày hoặc chậm nhất là đầu ngày làm việc tiếp theo.

2/ Kiểm tra thủ tục hồ sơ hoàn thuế:

Phòng/đội QLDN thực hiện các bước việc sau:

- Kiểm tra thủ tục hồ sơ ngay khi nhận được hồ sơ theo các nội dung: Hồ sơ có thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế hay không? hồ sơ hoàn thuế phải kê khai đầy đủ chỉ tiêu, có xác nhận của doanh nghiệp và tài liệu kèm theo đúng quy định;. 

- Thông báo hồ sơ không thuộc diện hoàn thuế: đối với hồ sơ không thuộc diện được hoàn thuế theo Luật định, phòng/đội QLDN in thông báo chuyển phòng/tổ Hành chính gửi cho doanh nghiệp biết, thông báo phải nêu rõ lý do không được hoàn thuế.

- Thông báo hồ sơ chưa đúng thủ tục: đối với hồ sơ chưa đúng thủ tục  in Thông báo hồ sơ hoàn thuế chưa đúng thủ tục quy định theo mẫu số 03/QTR chuyển phòng/tổ Hành chính gửi doanh nghiệp trong thời hạn 5 ngày tính từ ngày nhận hồ sơ.

Thời hạn kiểm tra thủ tục hồ sơ hoàn thuế chậm nhất 1 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ do Phòng Hành chính chuyển sang.

3/ Phân tích, đối chiếu số liệu của hồ sơ hoàn thuế:

3.1/ Cán bộ kiểm tra hồ sơ phải phân tích, đối chiếu số liệu với các tài liệu như: Đối chiếu số liệu trên hồ sơ với sổ theo dõi thu nộp thuế, các Bảng kê khai tổng hợp về thuế GTGT đầu ra, đầu vào được khấu trừ, đồng thời kiểm tra, đối chiếu với các Bảng kê chi tiết hoá đơn hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra tương ứng và tình hình sử dụng hoá đơn, chứng từ của doanh nghiệp

Đồng thời kết hợp kiểm tra các tờ khai và chứng từ nộp thuế GTGT cụ thể của các tháng mà doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế GTGT. Chú ý các trường hợp doanh nghiệp vừa kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT, vừa kinh doanh hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế GTGT: phải phân tích, xác định căn cứ phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của đơn vị.

Việc kiểm tra thủ tục, số liệu hồ sơ hoàn thuế, phân tích, đối chiếu số liệu phải thực hiện  theo hướng dẫn đối với từng trường hợp cụ thể quy định tại Mục I, Mục II, Phần D, Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 và điểm 9, điểm 10, Thông tư số 84/2004/TT-BTC ngày 18/8/2004 của Bộ Tài chính.

3.2/ Cán bộ kiểm tra hồ sơ phải lập "Phiếu nhận xét hồ sơ": Cán bộ thuộc Phòng/đội QLDN trực tiếp kiểm tra hồ sơ phải lập "Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế" (Mẫu số 16/QTR): Ghi đầy đủ các chỉ tiêu được thể hiện trên phiếu nhận xét, đối chiếu số liệu, phân tích, nhận xét, phân loại hồ sơ hoàn thuế vào Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế:

- Nếu phát hiện số liệu có sai sót, chưa rõ trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp thì phòng/đội QLDN in Thông báo đề nghị điều chỉnh hồ sơ hoàn thuế theo mẫu số 06/QTR, chuyển phòng/tổ Hành chính gửi doanh nghiệp để giải trình, bổ sung hoặc lập hồ sơ thay thế. 

- Việc phân loại doanh nghiệp được hoàn thuế trước, kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước khi hoàn thuế trên Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế, cần chú ý các đối tượng sau:

    + Doanh nghiệp mới thành lập có thời gian kinh doanh dưới 1 năm và đề nghị hoàn thuế lần đầu;

    + Doanh nghiệp đã có các hành vi vi phạm và bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế.

    + Doanh nghiệp đã vi phạm về hoá đơn, chứng từ, gian lận về thuế GTGT;

    + Doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa theo đường biên giới đất liền; xuất khẩu hàng hoá là nông lâm, thuỷ hải sản.

    + Doanh nghiệp mới được tổ chức, sắp sếp lại như: chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, giải thể, phá sản,...

4/ Thực hiện việc hoàn thuế đối với các doanh nghiệp thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:

- Cán bộ thuộc Phòng/đội QLDN trực tiếp kiểm tra hồ sơ căn cứ vào Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế, xác định số thuế GTGT được hoàn của doanh nghiệp để ghi vào "Phiếu Kết quả hoàn thuế" (theo mẫu số 17/QTR); đồng thời  lập dự thảo tờ trình, quyết định hoàn thuế (theo mẫu số 13/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ tài chính), kèm theo hồ sơ và các Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế, Phiếu kết quả hoàn thuế để trình lãnh đạo Phòng/đội quản lý duyệt trình lãnh đạo Cục/Chi cục Thuế trong ngày.

- Thời hạn đối chiếu số liệu, phân tích, phân loại hồ sơ, ghi phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế, phiếu kết quả hoàn thuế, dự thảo tờ trình, quyết định hoàn thuế  trình lãnh đạo Cục/Chi cục chậm nhất không quá 10 ngày kể từ sau khi  nhận hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, đúng qui định của doanh nghiệp. Riêng đối với hồ sơ hoàn thuế đối với các tổ chức, đơn vị sử dụng vốn ODA thì thời hạn là 2 ngày.

- Thời hạn phê duyệt chậm nhất của Lãnh đạo Cục/Chi cục Thuế là 02 ngày. (Đối với Dự án ODA là 01 ngày) kể từ ngày Phòng/Đội QLDN trình phê duyệt.

5/ Kiểm tra tại doanh nghiệp đối với doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế:

Đối với các doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế, cán bộ trực tiếp kiểm tra hồ sơ hoàn thuế phải thực hiện ngay các công việc sau:

- Căn cứ vào Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế, dự thảo tờ trình, Quyết định kiểm tra doanh nghiệp (kèm theo Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế), báo cáo lãnh đạo Phòng/Đội QLDN duyệt trình Lãnh đạo Cục/Chi cục ký Quyết định kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp.

- Sau khi đã có Quyết định kiểm tra phải thông báo cho doanh nghiệp, đặt lịch kiểm tra và thực hiện việc kiểm tra, xác định hoàn thuế trực tiếp tại doanh nghiệp (theo quy trình thanh tra, kiểm tra thuế).

- Căn cứ vào biên bản kiểm tra tại doanh nghiệp, tổ kiểm tra tại doanh nghiệp dự thảo tờ trình hướng xử lý đối với hồ sơ hoàn thuế và dự thảo Quyết định xử lý vi phạm (nếu có), báo cáo lãnh đạo Phòng/Đội QLDN duyệt trình Lãnh đạo Cục/Chi cục ký quyết định xử lý vi phạm (nếu có) và chỉ đạo việc xử lý đối với hồ sơ xin hoàn thuế đã kiểm tra.

- Sau khi có ý kiến chỉ đạo của Lãnh đạo Cục/Chi cục, nếu doanh nghiệp đã thực hiện các Quyết định xử lý vi phạm của cơ quan thuế thì Phòng/Đội QLDN thực hiện các thủ tục hoàn thuế như các bước nêu trên..

6/ Thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với doanh nghiệp do Chi cục Thuế quản lý:

- Cán bộ Phòng Tổng hợp -Dự toán được phân công thẩm định hồ sơ hoàn thuế do Chi cục Thuế chuyển lên, thực hiện việc thẩm định hồ sơ, đồng thời dự thảo Thông báo doanh nghiệp không được hoàn thuế (nêu rõ lý do) hoặc tờ trình, Quyết định hoàn thuế báo cáo lãnh đạo phòng duyệt trình lãnh đạo Cục Thuế phê duyệt Quyết định hoàn thuế, hoặc Thông báo doanh nghiệp không được hoàn thuế để gửi doanh nghiệp và Chi cục Thuế, trong thời hạn chậm nhất không quá 05 ngày.

- Trường hợp qua thẩm định, cán bộ Phòng Tổng hợp - Dự toán phát hiện hiện tượng nghi vấn thì báo cáo lãnh đạo phòng đề nghị Chi cục giải trình.

Thời hạn phê duyệt của Lãnh đạo Cục Thuế chậm nhất là 02 ngày kể từ ngày PhòngTổng hợp - Dự toán trình phê duyệt.

7/ Lập chứng từ uỷ nhiệm chi hoàn thuế:

- Lập ủy nhiệm chi: phòng TH-XLDL căn cứ vào Quyết định hoàn thuế lập uỷ nhiệm chi hoàn thuế gửi Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố (kèm theo 01 bản Quyết định hoàn thuế).

- Hạch toán số thuế đã hoàn: phòng TH-XLDL/tổ XLDL căn cứ Quyết định hoàn thuế và chứng từ chi hoàn thuế từ Kho bạc thực hiện nhập kết quả hoàn thuế vào máy tính để theo dõi tình trạng thuế của doanh nghiệp và lập báo cáo kế toán chi hoàn thuế.

8/ Lập báo cáo về hoàn thuế và lưu hồ sơ hoàn thuế: 

Hàng tháng và cuối năm, Phòng/Đội QLDN phải lập báo cáo tình hình hoàn thuế theo quy định để báo cáo lãnh đạo Cục, Chi cục Thuế và gửi các phòng, tổ liên quan đến quản lý thuế; đồng thời chuyển lên mạng máy tính cho phòng TH-XLDL Cục Thuế. phòng TH-XLDL Cục Thuế tổng hợp toàn Cục Thuế  gửi báo cáo về Tổng cục Thuế.

Phòng/Đội QLDN phải tổ chức tốt việc lưu giữ hồ sơ hoàn thuế, các biên bản kiểm tra, thanh tra hoàn thuế và các quyết định xử lý (nếu có) vào hồ sơ của từng doanh nghiệp.Để việc kiểm tra lại hoặc tra cứu các thông tin về doanh nghiệp được thuận lợi, có thể tổ chức lưu giữ hồ sơ hoàn thuế tập trung tại tổ, bộ phận được Phòng/Đội phân công trực tiếp làm công tác nghiệp vụ xét hồ sơ hoàn thuế theo thời gian (tháng) và có danh mục cụ thể (không lưu riêng theo từng cán bộ).

V/  QUYẾT TOÁN THUẾ

1/ Nhận báo cáo quyết toán thuế:

Phòng/tổ Hành chính nhận báo cáo quyết toán thuế và các tài liệu kèm theo của doanh nghiệp. Khi nhận phải kiểm tra các thủ tục hành chính bao gồm: tên báo cáo, ngày lập báo cáo, chữ ký của những người có trách nhiệm, dấu của doanh nghiệp. Nếu đã đầy đủ thủ tục hành chính thì đóng dấu ngày nhận vào báo cáo quyết toán thuế, ghi vào sổ nhận hồ sơ thuế (theo mẫu số 01/QTR) và chuyển tới phòng/tổ XLDL ngay trong ngày hoặc chậm nhất trong sáng ngày làm việc tiếp sau.

Nếu qua kiểm tra hành chính thấy không đủ, đúng quy định; cán bộ tiếp nhận phải hướng dẫn cho doanh nghiệp lập lại hồ sơ.

* Lưu ý: Đối với một số đơn vị có điều kiện thì có thể phân công phòng/tổ XLDL trực tiếp thực hiện bước công việc này. Khi nhận cán bộ tiếp nhận cũng phải kiểm tra các thủ tục hành chính như nêu trên và vào sổ nhận hồ sơ thuế, đề nghị đại diện doanh nghiệp ký, ghi rõ họ tên.

2/ Kiểm tra thủ tục hồ sơ quyết toán thuế:

Phòng TH-XLDL/tổ XLDL thực hiện kiểm tra thủ tục hồ sơ quyết toán thuế như:

- Hồ sơ quyết toán  đúng mẫu báo cáo quyết toán theo quy định của từng sắc thuế không?

- Các chỉ tiêu kê khai trên báo cáo quyết toán thuế và các tài liệu kèm theo báo cáo quyết toán đã đúng theo quy định chưa?

- Báo cáo quyết toán và tài liệu kèm theo đã đầy đủ chữ ký của người chịu trách nhiệm trước pháp luật của doanh nghiệp chưa?.

Nếu phát hiện báo cáo quyết toán thuế không đúng qui định, phòng TH-XLDL/tổ XLDL gửi Thông báo quyết toán chưa đúng thủ tục theo mẫu số 03/QTR cho doanh nghiệp  chậm nhất là 5 ngày kể từ ngày nhận báo cáo quyết toán để yêu cầu doanh nghiệp điều chỉnh, bổ sung hoặc lập lại báo cáo quyết toán thay thế gửi cơ quan thuế. Nếu quá 10 ngày so với thời hạn yêu cầu điều chỉnh quyết toán ghi trên Thông báo mà doanh nghiệp không có liên hệ với cơ quan thuế thì Phòng TH-XLDL/tổ XLDL ghi nhận xét báo cáo quyết toán không đúng thủ tục quy định kèm theo báo cáo quyết toán để gửi cho phòng/đội QLDN để tổng hợp khi lập phiếu nhận xét quyết toán thuế.

3/ Nhập quyết toán thuế:

Phòng TH-XLDL/tổ XLDL thực hiện các việc sau đây chậm nhất không quá 10 ngày kể từ ngày nhận quyết toán:

- Nhập đầy đủ và chính xác toàn bộ thông tin trên báo cáo quyết toán thuế vào máy tính theo Chương trình Quản lý thuế trên máy tính.

- Phát hiện lỗi tính toán sai: chương trình Quản lý thuế trên máy tính trợ giúp kiểm tra các chỉ tiêu kê khai để phát hiện các lỗi tính toán sai và lập Danh sách các báo cáo quyết toán lỗi theo mẫu số 05/QTR. Phòng TH-XLDL/tổ XLDL in Thông báo đề nghị điều chỉnh báo cáo quyết toán thuế theo mẫu 06/QTR chuyển phòng/tổ Hành chính gửi và yêu cầu doanh nghiệp lập lại báo cáo quyết toán thuế.

-  Xác định số thuế còn phải nộp hoặc nộp thừa: căn cứ số liệu nhập từ báo cáo quyết toán của doanh nghiệp, chương trình Quản lý thuế trên máy tính xác định số thuế còn phải nộp hoặc nộp thừa sau khi quyết toán.

- Chuyển các báo cáo quyết toán thuế, các tài liệu kèm theo, danh sách lỗi báo cáo quyết toán và giải trình điều chỉnh hoặc báo cáo quyết toán thay thế cho phòng/đội QLDN.

4/ Phân tích, đối chiếu số liệu báo cáo quyết toán thuế tại cơ quan thuế:

Khi nhận được báo cáo quyết toán thuế và tài liệu kèm theo từ bộ phận TH-XLDL chuyển sang, Phòng/đội QLDN phân công cho cán bộ cụ thể tiến hành đối chiếu, phân tích số liệu trên báo cáo quyết toán thuế, với số liệu trên Sổ theo dõi thu nộp thuế và các tài liệu lưu giữ tại cơ quan thuế, nhằm phát hiện các dấu hiệu có nghi vấn; nội dung kiểm tra, phân tích gồm:

- Các tờ khai thuế hàng tháng (mẫu số:01/GTGT), bảng giải trình tờ khai thuế GTGT hàng tháng (giải trình các chỉ tiêu điều chỉnh tờ khai và các trường hợp điều chỉnh khác trên mẫu số 02A/GTGT), bảng phân bổ số thuế GTGT của hàng hoá dịch vụ mua vào được khấu trừ trong kỳ (mẫu số:02B/GTGT), nhằm xác định chính xác số thuế  GTGT cả năm.

- Số thuế phải nộp, đã nộp phản ánh trên quyết toán với  các chứng từ nộp thuế trong năm.

- Các quyết định hoàn thuế, miễn, giảm thuế, truy thu thuế, phạt thuế, khoanh nợ, giãn nợ, xoá nợ (nếu có).

- Báo cáo tài chính năm quyết toán và các năm trước đó của doanh nghiệp như: Bảng cân đối kế toán, kết quả hoạt động kinh doanh, báo cáo lưu chuyển tiền tệ, thuyết minh báo cáo tài chính, Bảng giải trình chi tiết số thuế phải nộp trong năm quyết toán (nếu có).

- Tham khảo và đối chiếu báo cáo quyết toán của doanh nghiệp với một số doanh nghiệp cùng ngành nghề trên địa bàn nhằm phát hiện những bất hợp lý trong kê khai chi phí, thu nhập và số thuế phải nộp của doanh nghiệp đó với các doanh nghiệp khác.

- Đối chiếu với các thông tin từ các cơ quan, đơn vị khác cung cấp, qua các thông tin đại chúng và qua quản lý theo dõi thu thập được để xác định các dấu hiệu nghi vấn về kê khai thuế, và các vi phạm khác về thuế.

Cụ thể đối với một số sắc thuế chủ yếu cần xem xét những vấn đề sau:

4.1/ Về thuế GTGT: Kiểm tra, đối chiếu, phân tích Tờ khai thuế GTGT hàng tháng theo mẫu số 01/GTGT, Bảng giải trình Tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 02A/GTGT, Bảng phân bổ số thuế GTGT của hàng hoá dịch vụ mua vào được khấu trừ trong kỳ theo mẫu 02B/GTGT, Bảng kê khai điều chỉnh thuế GTGT được khấu trừ năm ... theo mẫu 02C/GTGT (Ban hành kèm theo Thông tư số 127/2004/TT-BTC ngày 27/12/2004 của Bộ Tài chính) nhằm xác định chính xác số thuế GTGT năm quyết toán.

Khi phân tích đối chiếu tờ khai, Bảng giải trình, Bảng phân bổ số thuế GTGT cần lưu ý:

    + Xác định đúng đối tượng chịu thuế và đối tượng không chịu thuế GTGT, đối tượng đủ điều kiện được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT là 0%; Đối tượng không chịu thuế GTGT quy định tại mục II - Phần A - Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính.

    + Về giá tính thuế GTGT: Giá tính thuế GTGT  đối với từng trường hợp cụ thể quy định tại Mục I - Phần B - Thông tư số 120/2003/TT-BTC. Cần xem xét kỹ đối với các trường hợp giảm giá và xuất hàng hoá luân chuyển nội bộ.

    + Về thuế suất thuế GTGT: Thuế suất thuế GTGT quy định tại Mục II - Phần B - Thông tư số 120/2003/TT-BTC. Lưu ý mức thuế suất thuế GTGT áp dụng đối với các mặt hàng nông, lâm, thuỷ, hải sản sơ chế và chế biến, và chưa qua chế biến, luân chuyển nội bộ.

    + Các vấn đề về hoá đơn, chứng từ (hoá đơn kê khai quá hạn, hoá đơn của đơn vị bỏ trốn ...)

Trường hợp sau khi phân tích, loại bỏ các yếu tố ảnh hưởng như thay đổi chính sách thuế GTGT, sự thay đổi bất thường của giá cả một số mặt hàng ... mà trong năm quyết toán doanh nghiệp có các dấu hiệu như: doanh số và số thuế GTGT tăng hoặc giảm lớn so với năm trước, số thuế được khấu trừ hoặc hoàn quá lớn, số thuế đầu vào chưa được khấu trừ âm liên tục trong nhiều tháng, số thuế phải nộp không phù hợp so với các doanh nghiệp có cùng quy mô và ngành nghề... thì tập hợp dấu hiệu để phân loại khi lập phiếu nhận xét quyết toán thuế.

4.2/ Về thuế Tiêu thu đặc biệt: Đối chiếu số liệu trên quyết toán thuế TTĐB với các Tờ khai thuế TTĐB 12 tháng trong năm của doanh nghiệp, cụ thể là:

- Đối chiếu với từng tờ khai thuế TTĐB hàng tháng theo mẫu số 01/TTĐB ban hành kèm theo Thông tư số 119/2003/TT-BTC, trong đó lưu ý:

* Chỉ tiêu tên hàng hoá, dịch vụ (đối tượng chịu thuế, không chịu thuế TTĐB):

    + Hàng hoá, dịch vụ bán trong nước: Cán bộ được phân công của Phòng/đội QLDN kiểm tra danh mục hàng hoá, dịch vụ mà doanh nghiệp kê khai có đúng là hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, Mục I, Phần A Thông tư số 119/2003/TT-BTC không?

    + Hàng hoá xuất khẩu, uỷ thác xuất khẩu và bán cho cơ sở xuất khẩu: Căn cứ vào các trường hợp không phải chịu thuế TTĐB quy định tại Mục II, Phần A Thông tư số 119/2003/TT-BTC tiến hành đối chiếu với các hàng hoá mà doanh nghiệp kê khai xem có đúng thuộc truờng hợp không tính thuế GTGT không?

Lưu ý: Riêng trường hợp mặt hàng thuốc lá do các Nhà máy thuộc Tổng công ty thuốc lá gia công cho Nhà máy thuốc lá Sài Gòn để xuất khẩu thuộc đối tượng không tính thuế TTĐB theo hướng dẫn tại công văn số 9814 TC/TCT ngày 3/9/2004 của Bộ Tài chính.

* Chỉ tiêu doanh số bán (có thuế TTĐB, không có thuế GTGT): là căn cứ xác định giá tính thuế TTĐB được xác định là tổng doanh số trên các hoá đơn hàng hoá, dịch vụ bán ra trên bảng kê hoá đơn bán hàng mẫu số 02/TTĐB ban hành kèm theo Thông tư số 119/2003/TT-BTC (chưa bao gồm thuế GTGT) của từng loại hàng hoá, dịch vụ.

Số liệu trên quyết toán thuế phải thống nhất với Tờ khai thuế.

* Chỉ tiêu giá tính thuế TTĐB: Trên cơ sở tổng doanh số bán (chưa có thuế GTGT) của từng hàng hoá, dịch vụ do doanh nghiệp kê khai và hướng dẫn về cách xác định giá tính thuế TTĐB tại Mục I, Phần B Thông tư số 119/2003/TT-BTC, cán bộ  phòng/đội QLDN xác định giá tính thuế TTĐB của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế TTĐB đối chiếu kiểm tra xác định giá tính thuế TTĐB của doanh nghiệp ghi trên Tờ khai đối với từng loại hàng hoá, dịch vụ đã đúng quy định chưa?.

Khi xác định giá tính thuế TTĐB lưu ý đối với một số loại hàng hoá dịch vụ có một số quy định cụ thể như: việc trừ giá trị vỏ lon bia tính trên một lít bia hộp, trừ giá trị vỏ chai bia khi bán cả chai và bia, trừ giá trị vỏ chai rượu khi bán rượu sản xuất trong nước đóng chai ... hoặc việc tính toán xác định thuế TTĐB được khấu trừ đối với số đã nộp ở khâu nguyên liệu chịu thuế.

* Chỉ tiêu thuế suất thuế TTĐB: Đối chiếu về thuế suất thuế TTĐB đối với từng loại hàng hoá, dịch vụ doanh nghiệp kê khai với mức thuế suất thuế TTĐB quy định tại Mục II, Phần B Thông tư số 119/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính để xác định thuế suất doanh nghiệp áp dụng đúng hay sai.    

- Đối chiếu quyết toán thuế TTĐB với các Báo cáo tài chính năm quyết toán và năm trước đó của doanh nghiệp như: bảng cân đối kế toán, kết quả hoạt động kinh doanh, báo cáo lưu chuyển tiền tệ, thuyết minh báo cáo tài chính. Bảng giải trình chi tiết số thuế phải nộp trong năm quyết toán (nếu có).

Lưu ý: đối chiếu so sánh giữa doanh thu hàng hoá, dịch vụ chịu thuế TTĐB phản ánh trên quyết toán thuế TTĐB với doanh thu tính thuế TNDN trên báo cáo tài chính có phù hợp không, nếu không phù hợp thì do nguyên nhân nào? để xác định các sai sót giữa quyết toán của các loại thuế.

4.3/ Về thuế Thu nhập doanh nghiệp: Trên cơ sở đối chiếu, phân tích số liệu trên Tờ khai tự quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, các phụ lục ban hành kèm theo tờ khai tự quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Thông tư số 127/2004/TT-BTC ngày 27/12/2004 của Bộ Tài chính; để có thể đưa các dấu hiện nghi vấn về kê khai thuế và các dấu hiệu vi phạm khác như:

- Số thuế tạm nộp năm nay giảm quá mức so với số thực nộp năm trước.

- Tỷ suất TNDN năm nay thấp hơn nhiều so với các năm  trước.

- Một số khoản chi phí tăng đột biến so với năm trước.

- Một số khoản chi mới phát sinh mà năm trước không có.

- Đối tượng nộp thuế có nghi vấn được Phòng/đội quản lý doanh nghiệp đánh dấu trên tờ khai.

Căn cứ kết quả đối chiếu, phân tích số liệu báo cáo quyết toán thuế tại cơ quan thuế, cán bộ Phòng/đội quản lý doanh nghiệp ghi vào Phiếu nhận xét báo cáo quyết toán thuế mẫu số 18/QTR được phân thành 3 màu khác nhau cụ thể như sau:

* Phiếu màu xanh: được lập cho các báo cáo quyết toán mà qua quy trình kiểm tra thủ tục hồ sơ, phân tích báo cáo quyết toán đã đảm bảo đúng, đủ thủ tục hồ sơ, không phải bổ sung, điều chỉnh hoặc giải trình, chưa có dấu hiệu nghi vấn, dấu hiệu vi phạm trên báo cáo quyết toán thuế, thường có những biểu hiện sau:

- Nộp thuế theo mức hợp lý và ổn định.

- Có số lỗ chuyển sang kỳ sau ít.

- Các giao dịch giữa các bên liên kết có giá trị thấp.

- Việc nộp thuế của doanh nghiệp trong suốt 3 kỳ là được.

- Kết quả thanh tra trước đây là doanh nghiệp xếp loại tốt hay ít có điều chỉnh.

...  thì không cần kiểm tra tại doanh nghiệp và tạm chấp nhận số liệu kê khai của doanh nghiệp.

* Phiếu màu vàng: được lập cho các báo cáo quyết toán thuế mà qua quy trình kiểm tra hồ sơ, phân tích báo cáo quyết toán thuế phát hiện việc lập quyết toán chưa đúng thủ tục hồ sơ hay xẩy ra sai sót phải thông báo điều chỉnh; qua kinh nghiệm kiểm tra, phân tích cán bộ kiểm tra, nhập số liệu, phân tích quyết toán thấy rằng doanh nghiệp thường sai sót nhưng sai sót về thủ tục hồ sơ, lỗi về tính toán số học hoặc có dấu hiệu nghi vấn về việc tránh thuế, gian lận thuế ở mức độ thấp, thường có những biểu hiện:

- Kê khai nộp thuế không tương xứng với điều kiện kinh doanh của doanh nghiệp (thông qua doanh số mua vào, bán ra...).

- Là doanh nghiệp nộp thuế chậm thường xuyên, hoặc có chây ỳ.

- Lỗ từ chuyển nhượng hay thanh lý tài sản.

- Việc nộp thuế không ổn định trong suốt 3 kỳ (có tăng, giảm đột biến...)

... phiếu nhận xét này phải ghi rõ những sai phạm và những dấu hiệu nghi vấn có thể tiến hành kiểm tra tại doanh nghiệp ở những điểm nghi vấn. 

* Phiếu màu đỏ: được lập cho báo cáo quyết toán thuế mà qua quy trình kiểm tra hồ sơ, nhập số liệu, phân tích báo cáo quyết toán thuế, phát hiện doanh nghiệp thường xuyên sai sót về thủ tục, hồ sơ: lập không đúng mẫu, ghi thiếu chỉ tiêu, không đúng thủ tục pháp lý như thiếu chữ ký của người có trách nhiệm, thiếu dấu dủa doanh nghiệp, thường không ghi ngày, tháng lập tờ khai, báo cáo quyết toán thuế, ghi chép không rõ ràng, đã được thông báo điều chỉnh nhưng không giải trình, không điều chỉnh số liệu; báo cáo hay sai sót, kê khai sai đối tượng chịu thuế, sai thuế  suất… (kể cả những doanh nghiệp có thủ tục hồ sơ báo cáo quyết toán đầy đủ, không có lỗi về tính toán số học) xuất hiện nhiều dấu hiệu nghi vấn, gian lận về thuế, thường có các biểu hiện như:

- Số thuế GTGT âm liên tục trong nhiều tháng nhưng không đề nghị hoàn, hoặc xin hoàn số thuế lớn...

- Thuế TNDN kê khai chưa tương xứng hoặc hàng năm khi quyết toán thuế nộp ít hoặc không nộp trong suốt 3 năm (loại trừ doanh  nghiệp được miễn, giảm nộp thuế)

- Có các khoản điều chỉnh thuế cao và có nhiều chỉ tiêu bất thường.

- Các giao dịch giữa các bên có giá trị lớn, phạm vị hoạt động rộng (trong nước và nước ngoài), các giao dịch chủ yếu bằng tiền mặt.

- Doanh thu qua các năm và các quý trong năm tăng cao nhưng tỷ suất TNDN giảm, thấp hoặc hạch toán lỗ.

- Lãi gộp phản ánh trên báo cáo quyết toán thuế quá thấp hoặc lãi gộp cao nhưng thu nhập chịu thuế quá thấp so với các năm trước hoặc so với các doanh nghiệp cùng ngành nghề.

- Kết qủa thanh tra trước đây truy thu thuế lớn.

- Có nhiều lần thay đổi cơ cấu tổ chức.

Kết hợp với các thông tin nắm được qua quản lý, từ các cơ quan, doanh nghiệp khác cung cấp và thông tin đại chúng... Doanh nghiệp có Phiếu nhận xét báo cáo quyết toán thuế màu đỏ là đối tượng cần phải tiến hành kiểm tra tại doanh nghiệp.

Riêng đối với các đơn vị sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước thì cũng cần thực hiện kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp.

Thời gian đối chiếu, phân tích số liệu báo cáo quyết toán thuế và các tài liệu liên quan của doanh nghiệp tại cơ quan thuế chậm nhất không quá 20 ngày tính từ ngày nhận báo cáo quyết toán từ bộ phận TH-XLDL.

5/ Điều chỉnh báo cáo quyết toán thuế:

- Đối với các báo cáo quyết toán thuế có Phiếu nhận xét màu vàng (chỉ sai về số học hoặc về số liệu tính thuế) thì Phòng/đội QLDN in Thông báo đề nghị điều chỉnh báo cáo quyết toán thuế  theo mẫu số 06/QTR để yêu cầu doanh nghiệp giải trình rõ ngay các chỉ tiêu này. Nếu có sai về số liệu tính thuế phải yêu cầu doanh nghiệp lập lại báo cáo quyết toán thuế gửi cơ quan thuế.

Sau khi đơn vị đã giải trình và điều chỉnh số liệu trên báo cáo quyết toán thuế gửi về cơ quan thuế theo đúng thời hạn yêu cầu trên Thông báo thì bộ phận TH-XLDL nhập quyết toán, tờ khai thay thế vào máy tính để điều chỉnh số liệu về thuế rồi chuyển cho Phòng/đội QLDN. Phòng/đội QLDN kiểm tra lại các chỉ tiêu, số liệu điều chỉnh trên báo cáo quyết toán hoặc Tờ khai thay thế; nếu thấy phù hợp và không có dấu hiệu vi phạm thì chuyển sang Phiếu màu xanh: chưa cần kiểm  tra trực tiếp tại doanh nghiệp.

- Trường hợp phiếu nhận xét màu vàng có dấu hiệu vi phạm và có yêu cầu doanh nghiệp giải trình mà doanh nghiệp không giải trình hoặc không điều chỉnh hoặc không gửi báo cáo quyết toán, Bảng kê khai điều chỉnh  thay thế thì Phòng/đội QLDN thực hiện thủ tục phạt vi phạm hành chính về thuế đối với hành vi kê khai thuế sai và chuyển thành Phiếu màu đỏ, ghi rõ những dấu hiệu vi phạm cần kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp.

6/ Kiểm tra quyết toán thuế:

Đối với các báo cáo quyết toán thuế, Bảng kê khai điều chỉnh... có Phiếu nhận xét màu đỏ: Phòng/đội QLDN tập hợp, lập danh sách doanh nghiệp có phiếu nhận xét màu đỏ là các đối tượng cần kiểm tra tại doanh nghiệp để lập kế hoạch kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp. Việc tiến hành kiểm tra tại doanh nghiệp do phòng/tổ/đội QLDN tập hợp, phân tích lập danh sách ưu tiên kiểm tra, hoặc thanh tra (căn cứ mức độ vi phạm của từng doanh nghiệp đã xác định) có ý kiến đề xuất về số lượng doanh nghiệp cần kiểm tra, tên đơn vị cụ thể, kiến nghị thời gian, thời điểm thanh tra, kiểm tra và phối kết hợp với phòng/tổ thanh tra để tiến hành thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp; việc thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp được thực hiện theo đúng quy trình thanh tra, kiểm tra thuế.

7/ Đôn đốc và quản lý tình trạng quyết toán thuế:

- Phòng/đội QLND lập danh sách doanh nghiệp nộp chậm hoặc không nộp quyết toán thuế để nhắc nhở, đôn đốc nộp báo cáo quyết toán thuế. Nếu quá thời hạn quy định trên mà doanh nghiệp vẫn không nộp báo cáo quyết toán thuế thì Phòng/đội QLDN thực hiện thủ tục phạt vi phạm hành chính thuế về hành vi chậm nộp hoặc không nộp báo cáo quyết toán thuế.

- Quản lý việc xử lý quyết toán thuế: Phòng/đội QLDN mở Sổ theo dõi tình trạng xử lý quyết toán thuế (mẫu số 19/QTR) để theo dõi việc nộp báo cáo quyết toán thuế và Tờ khai điều chỉnh thuế GTGT năm, tình trạng lỗi, dấu hiệu nghi vấn về quyết toán thuế, kết quả sửa lỗi, điều chỉnh quyết toán và tiến độ thực hiện kế hoạch kiểm tra đối với các trường hợp phải kiểm tra tại doanh nghiệp. Thường xuyên phối hợp với bộ phận Thanh tra để nắm bắt tiến độ và kết quả kiểm tra tại doanh nghiệp.

- Thông báo số thuế sau quyết toán thuế: Phòng/tổ TH-XLDL in Thông báo số thuế quyết toán sau khi cơ quan thuế đã phân tích, đối chiếu số liệu báo cáo quyết toán thuế của doanh nghiệp (đối với báo cáo quyết toán thuế có phiếu nhận xét màu xanh và phiếu nhận xét màu vàng đã điều chỉnh) hoặc sau kết quả kiểm tra, thanh tra báo cáo quyết toán tại doanh nghiệp để gửi cho doanh nghiệp biết.

8/ Báo cáo tình hình quyết toán thuế và lưu hồ sơ quyết toán:

Định kỳ cuối quý, Phòng/đội QLDN lập báo cáo đánh giá tình hình phân tích báo cáo quyết toán và Tờ khai, đánh giá chất lượng báo cáo quyết toán và Tờ khai, tổng hợp kết quả kiểm tra, thanh tra đối với các đơn vị do Phòng/đội QLDN trực tiếp kiểm tra tại doanh nghiệp để gửi Phòng TH-XLDL/tổ XLDL.

Phòng TH-XLDL/tổ XLDL lập báo cáo tổng hợp kết quả xử lý quyết toán thuế của Cục Thuế/Chi cục Thuế  hàng quý theo mẫu số 20/QTR chuyển cho các phòng/ tổ Thanh tra, QLDN, phòng TH-DT, báo cáo lãnh đạo Cục/Chi cục và gửi Tổng cục Thuế theo quy định.

Phòng/đội QLDN lưu vào hồ sơ của doanh nghiệp: Báo cáo quyết toán thuế và các tài liệu kèm theo; các biên bản kiểm tra, thanh tra tại doanh nghiệp; biên bản kiểm tra trước hoàn thuế, sau hoàn thuế; các quyết định xử phạt hành chính, quyết định truy thu sau kiểm tra quyết toán thuế.

VI/ XỬ LÝ MIỄN, GIẢM THUẾ.

Theo quy định của các Luật thuế thì việc miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế có 02 trường hợp:

- Doanh nghiệp tự xác định số thuế được miễn, giảm;

- Doanh nghiệp phải lập hồ sơ xin miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.

A/ Trường hợp doanh nghiệp tự xác định số thuế được miễn giảm:

Đối với trường hợp doanh nghiệp tự xác định số thuế được miễn, giảm  việc kiểm tra xác định  số thuế được miễn, giảm, thủ tục và trình tự tiến hành thực hiện theo quy định của Luật thuế và các văn bản hướng dẫn thực hiện Luật.

B/ - Trường hợp doanh nghiệp phải lập hồ sơ xin miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế trình cơ quan thuế có thẩm quyền phê duyệt:

1/ Tiếp nhận hồ sơ:

Phòng/tổ Hành chính tiếp nhận hồ sơ đề nghị miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xoá nợ thuế, đóng dấu ngày nhận vào hồ sơ, ghi Sổ nhận hồ sơ thuế theo mẫu số 01/QTR và chuyển hồ sơ cho phòng/đội QLDN ngay trong ngày hoặc chậm nhất là đầu giờ ngày làm việc tiếp theo.

2/ Kiểm tra thủ tục hồ sơ:

- Phòng/đội QLDN thực hiện kiểm tra thủ tục hồ sơ đề nghị miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế, ngay khi nhận được hồ sơ theo các nội dung như sau: tên, mã số thuế; thuộc đối tượng được miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xoá nợ thuế; phải có đầy đủ tài liệu theo đúng quy định và kê khai đầy đủ các chỉ tiêu.

- Đối với trường hợp không thuộc diện miễn, giảm giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế hoặc hồ sơ chưa đúng thủ tục thì trong thời hạn 3 ngày tính từ ngày nhận hồ sơ đề nghị miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế của doanh nghiệp, phòng/đội QLDN phải thực hiện:

    + Thông báo bằng văn bản lý do không được miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế đối với từng trường hợp không được miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế theo quy định để doanh nghiệp biết.

    + Thông báo hồ sơ miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế chưa đúng thủ tục theo mẫu số 03/QTR gửi doanh nghiệp để yêu cầu doanh nghiệp điều chỉnh, bổ sung hồ sơ.

3/ Kiểm tra xác định số thuế được miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ:

Thủ tục, hồ sơ, trình tự và thẩm quyền xử lý giãn nợ, khoanh nợ, xoá nợ thuế được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 32/2002/TT-BTC ngày 10/4/2002 của Bộ Tài chính.

Riêng xoá nợ thuế GTGT đối với các doanh nghiệp sản xuất đường được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 56/2004/TT-BTC ngày 14/6/2004 của Bộ Tài chính.

Đối với thuế TTĐB: Từ năm 2004 chỉ còn xét miễn, giảm thuế TTĐB quy định tại điểm 1, Phần Đ Thông tư số 119/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 cña Bé Tµi chÝnh, căn cứ hồ sơ đề nghị miễn, giảm của doanh nghiệp tiến hành phân tích, xác định đối tượng được xét miễn, giảm thuế. Phân tích, đối chiếu hồ sơ đề nghị với quy định về đối tượng, trường hợp được miễn giảm thuế quy định tại Mục Đ Thông tư số 119/2003/TT-BTC để so sánh, đối chiếu đối tượng, số thuế được miễn giảm, thủ tục hồ sơ có đúng quy định không? Kiểm tra các số liệu doanh nghiệp kê khai tại quyết toán thuế so với Biên bản kiểm tra quyết toán thuế của cơ quan thuế.

* Riêng trường hợp cơ sở lắp ráp, sản xuất ô tô được giảm mức thuế suất quy định tại Điều 6 Nghị định số 149/2003/NĐ-CP từ ngày 1/1/2004 đến hết ngày 31/12/2006.

- Phân loại hồ sơ: Khi nhận được hồ sơ miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế của doanh nghiệp, căn cứ vào chế độ miễn giảm áp dụng đối với từng trường hợp, Phòng/đội QLDN thực hiện phân loại hồ sơ: hồ sơ thuộc diện được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ cần làm thủ tục đề nghị lên cấp có thẩm quyền xét quyết định và hồ sơ cần kiểm tra xác định lại tại doanh nghiệp.

Thời gian phân loại và phân tích hồ sơ không quá 5 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế của doanh nghiệp.

- Đối với các hồ sơ cần xem xét lại về đối tượng hoặc số liệu để có cơ sở xác định số thuế miễn, giảm thì Phòng/đội QLDN trình Lãnh đạo Cục/Chi cục duyệt kiểm tra tại doanh nghiệp để xác minh tình trạng và xác định số thuế được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ theo chế độ. Trình tự, thủ tục kiểm tra phải tuân theo Quy trình kiểm tra, thanh tra thuế.

    + Trường hợp qua kiểm tra xác định doanh nghiệp đúng đối tượng và xác định chính xác số thuế được miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thì lập Biên bản đính kèm hồ sơ trình xét miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế cho doanh nghiệp.

    + Trường hợp qua kiểm tra xác định doanh nghiệp không thuộc đối tượng được xét miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thì Phòng/đội QLDN trình Lãnh đạo Cục/Chi cục Thuế ra thông báo cho doanh nghiệp biết trong thời hạn 3 ngày kể từ ngày có Biên bản hoặc Quyết định xử lý sau kiểm tra.

4. Lập hồ sơ trình xét miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế:

- Lập hồ sơ trình xét miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế: sau khi xác định số thuế được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ theo đúng chế độ, Phòng/đội QLDN dự thảo công văn đề nghị và phụ lục kèm theo (nếu có) trình Lãnh đạo Cục/Chi cục Thuế duyệt để gửi cấp trên (Tổng cục Thuế/ Cục Thuế) theo thẩm quyền đã quy định.

Thời hạn lập hồ sơ trình xét không quá 3 ngày kể từ ngày xác định số thuế được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ.

- Thẩm định hồ sơ xét miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế: Phòng TH-DT nhận hồ sơ trình xét miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế do Chi cục Thuế gửi lên và thực hiện thẩm định hồ sơ. Trường hợp qua thẩm định có một số điểm chưa rõ thì Phòng TH-DT thông báo đề nghị Chi cục Thuế giải trình. Thời gian Chi cục Thuế giải trình với Cục Thuế tối đa là 3 ngày kể từ ngày nhận được thông báo của Cục Thuế.

    + Nếu phát hiện hồ sơ không thuộc diện được miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế theo chế độ thì trình Lãnh đạo Cục Thuế ra thông báo cho doanh nghiệp biết trong thời hạn 3 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ của Chi cục Thuế (sao gửi cho Chi cục Thuế 1 bản).

    + Trường hợp hồ sơ thuộc diện được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế theo chế độ phải trình Tổng cục thì Phòng TH-DT dự thảo công văn đề nghị trình Lãnh đạo Cục duyệt để gửi về Tổng cục Thuế (kèm theo hồ sơ).

5/ Duyệt hồ sơ trình xét miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế:

Khi nhận được hồ sơ đề nghị miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế từ Cục Thuế gửi lên, Tổng cục Thuế thực hiện kiểm tra thủ tục hồ sơ của đơn vị xem đã đầy đủ, đúng theo các quy định hiện hành hay chưa và căn cứ hồ sơ kèm theo (công văn đề nghị của cơ quan thuế và của đơn vị, quyết toán thuế, báo cáo tài chính, biên bản kiểm tra quyết toán thuế...) để xác định chính xác số thuế được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ.

    + Trường hợp hồ sơ không thuộc diện được miễn, giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế hoặc số liệu không thống nhất thì Tổng cục Thuế có công văn gửi cho Cục Thuế và đơn vị biết hoặc giải trình.

    + Trường hợp hồ sơ thuộc diện được miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế theo chế độ thì Tổng cục Thuế dự thảo Tờ trình và Quyết định miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế để trình Bộ Tài chính xét duyệt.

6/ Xử lý kết quả miễn, giảm thuế:

- Nhận Quyết định miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế: phòng Hành chính Cục Thuế nhận quyết định miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế cho doanh nghiệp do cấp có thẩm quyền phê duyệt gửi về, vào sổ công văn và sao gửi ngay 01 bản cho phòng TH-XLDL/tổ XLDL.

- Xử lý số liệu về thuế: phòng TH-XLDL/tổ XLDL theo dõi đối chiếu giữa Quyết định miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế với Tờ khai điều chỉnh số thuế phải nộp do được miễn, giảm, giãn nợ, khoanh nợ, xóa nợ thuế của doanh nghiệp kê khai để xử lý số liệu thuế về thuế cho doanh nghiệp.

7/ Lưu giữ hồ sơ miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế:

- Phòng/đội QLDN lưu giữ hồ sơ miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế vào hồ sơ của từng doanh nghiệp do mình trực tiếp quản lý (tổ QLDN phải sao lưu hồ sơ trước khi gửi Cục Thuế).

- Phòng TH-DT lưu giữ hồ sơ miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế của các doanh nghiệp do Chi cục Thuế quản lý.

- Tổng cục Thuế lưu giữ hồ sơ miễn giảm, khoanh nợ, xoá nợ thuế của các doanh nghiệp do Cục Thuế gửi lên để Tổng cục ra quyết định miễn, giảm hoặc trình Bộ Tài chính ra quyết định miễn giảm thuế theo thẩm quyền.

Các Ban quản lý doanh nghiệp Tổng cục Thuế thường xuyên nắm tình hình quản lý doanh nghiệp tại các Cục Thuế để kịp thời chỉ đạo, tháo gỡ vướng mắc trong quá trình thực hiện quy trình quản lý thuế đối với doanh nghiệp.

Cục Thuế và Chi cục Thuế có trách nhiệm tổ chức, phân công công việc theo đúng quy định của Quy trình quản lý thuế đối với doanh nghiệp. Cán bộ quản lý, thanh tra, nghiệp vụ thuế khai thác thông tin trên máy tính. Những thông tin đã có trên mạng máy tính thì không được in ra giấy để luân chuyển giữa các bộ phận trong nội bộ cơ quan, trừ trường hợp Quy trình đòi hỏi phải có xác nhận của bộ phận cung cấp thông tin.

Định kỳ hàng quý, Cục Thuế và Chi cục Thuế tổ chức kiểm tra việc tuân thủ quy trình tại đơn vị và thực hiện các hình thức khen thưởng, kỷ luật theo quy định về chế độ chấp hành kỷ luật lao động, quy chế công tác đối với đơn vị.