Trả lời công văn số 1374/CT-QLKK-KTT ngày 19/3/2007 của Cục thuế Đà Nẵng về hoàn thuế GTGT, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:
Tại điểm l.2.d, Mục III, Phần B Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng hướng dẫn:
''d) Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào phải có đủ điều kiện và các thủ tục sau:
d.l- Hợp đồng bán hàng hoá, gia công hàng hóa (đối với trường hợp gia công hàng hóa), cung ứng dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài...
d.2- Tờ khai hải quan về hàng xuất khẩu có xác nhận của cơ quan hải quan đã xuất khẩu...
d.3- . . . Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải thanh toán qua ngân hàng. . ..
d.4- Hóa đơn GTGT bán hàng hóa, dịch vụ hoặc xuất trả hàng gia công cho nước ngoài, doanh nghiệp chế xuất.''
Căn cứ vào hướng dẫn nêu trên, trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu bị khách hàng nước ngoài phạt vì giao hàng trễ hạn nên số tiền nhận được bằng việc thanh toán qua ngân hàng thấp hơn hóa đơn xuất khẩu, thì nếu việc xử lý phạt này được quy định rõ trong hợp đồng và có biên bản xác nhận số tiền phạt của hai bên mua và bán; hồ sơ hàng hóa xuất khẩu của doanh nghiệp đáp ứng đủ các điều kiện nêu trên và có bằng chứng để chứng minh doanh nghiệp bị phạt do giao hàng bị trễ thì doanh nghiệp được xét hoàn thuế GTGT đầu vào của lô hàng xuất khẩu.
Tổng Cục thuế trả lời để Cục thuế được biết và hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện./.