Bản án 33/2025/HC-PT — Hành chính

NỘI DUNG VỤ ÁN

Trong đơn khởi kiện và trong quá trình giải quyết vụ kiện, người khởi kiện trình bày:

Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP (sau đây viết tắt là Công ty TP) được thành lập theo Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp Công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên, mã số doanh nghiệp 1300403844, do Phòng đăng ký kinh doanh, Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bến Tre cấp lần đầu ngày 03/01/2006, thay đổi lần thứ nhất ngày 09/01/2009 và Công ty được Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bến Tre cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư số 2444881821, chứng nhận lần đầu ngày 09/5/2016 để thực hiện dự án đầu tư mới nhà máy chế biến bột cá tại huyện Châu Thành, tỉnh Bến Tre (thuộc danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn).

Công ty TP đáp ứng các điều kiện được quy định tại khoản 1. Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC, được hưởng mức thuế suất thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới về chế biến thủy sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn theo nội dung quy định tại Công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 của Cục Thuế tỉnh Bến Tre về việc hướng dẫn mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với dự án Nhà máy chế biến bột cá.

Mặt khác, Công ty TP được hưởng chênh lệch thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng là 07% nên tổng cộng Công ty TP được hỗ trợ 17% chính sách ưu đãi đầu tư từ Nhà nước.

Cục Trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre ban hành Quyết định số: 45/QĐ-CTBTR ngày 11/01/2024 về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TP là chưa xem xét toàn diện các khoản chính sách ưu đãi mà Công ty TP được hưởng.

Vì vậy, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP khởi kiện yêu cầu:

Hủy một phần Quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 45/QĐ-CTBTR ngày 11 tháng 01 năm 2024 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre (biện pháp khắc phục hậu quả, mục c), cụ thể:

Đối với việc truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (chương 554; tiểu mục 1052) với số tiền là: 809.391.960 đồng (tám trăm linh chín triệu, ba trăm chín mươi mốt nghìn, chín trăm sáu mươi đồng). Trong đó:

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2020 là: 566.900.135 đồng.

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2021 là: 99.870.758 đồng.

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2022 là: 142.621.067 đồng.

Đối với việc nộp tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (chương 554; tiểu mục 4918) là: 8.783.286 đồng (tám triệu, bảy trăm tám mươi ba nghìn, hai trăm tám mươi sáu đồng). Số tiền chậm nộp tiền thuế nêu trên được tính đến ngày 08/01/2024. Công ty có trách nhiệm tự tính và nộp số tiền chậm nộp tiền thuế kể từ sau ngày 08/01/2024 đến thời điểm thực nộp số tiền thuế truy thu nêu trên vào ngân sách nhà nước theo quy định.

Trong quá trình giải quyết vụ án, người bị kiện và người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người bị kiện trình bày:

Người bị kiện không đồng ý với yêu cầu khởi kiện của Công ty TP, người bị kiện vẫn giữ nguyên quan điểm tại Văn bản số 607/CTBTR-TTKT2 ngày 27/02/2024 của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre, do Quyết định số 45/QĐ-CTBTR ngày 11/01/2024 của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TP về biện pháp khắc phục hậu quả tại điểm c mục 6 Điều 1 của Quyết định” đúng theo trình tự, thủ tục quy định pháp luật. Vì các căn cứ như sau:

* Giải trình số liệu truy thu của Quyết định số 45/QĐ-CTBTR:

Quy định của pháp luật về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

Căn cứ các quy định của pháp luật về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, Công ty TP được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thuộc một trong các trường hợp sau đây:

Trường hợp 1: Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động

- Căn cứ điểm d khoản 2 Điều 13 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 [Điểm d khoản này (đã được sửa đổi bởi Luật thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi năm 2013) được sửa đổi bởi Khoản 6 Điều 1 Luật số 71/2014/QH13 về thuế sửa đổi 2014 có hiệu lực từ ngày 01/01/2015].

“Điều 13. Ưu đãi về thuế suất

2. Áp dụng thuế suất 10% đối với:

d) Thu nhập của doanh nghiệp từ: trồng, chăm sóc, bảo vệ rừng; nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn; nuôi trồng lâm sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn; sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, vật nuôi; sản xuất, khai thác và tinh chế muối, trừ sản xuất muối quy định tại khoản 1 Điều 4 của Luật này; đầu tư bảo quản nông sản sau thu hoạch, bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm;

- Căn cứ điểm đ khoản 2 Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 13 Điều 1 Nghị định 12/2015/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/01/2015)

“Điều 15. Thuế suất ưu đãi

2. Áp dụng thuế suất 10% đối với các khoản thu nhập sau:

đ) Thu nhập của doanh nghiệp từ: Trồng, chăm sóc, bảo vệ rừng; thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn; nuôi trồng lâm sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn; sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, vật nuôi; sản xuất, khai thác và tinh chế muối, trừ sản xuất muối quy định tại Khoản 1 Điều 4 của Nghị định này; đầu tư bảo quản nông sản sau thu hoạch, bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm, bao gồm cả đầu tư để trực tiếp bảo quản hoặc đầu tư để cho thuê bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm;

- Căn cứ điểm e khoản 3 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18 tháng 6 năm 2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (Điểm này được sửa đổi bởi Khoản 4 Điều 11 Thông tư 96/2015/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 06/08/2015)

“Điều 19. Thuế suất ưu đãi

3. Thuế suất ưu đãi 10% trong suốt thời gian hoạt động áp dụng đối với:

e) Thu nhập của doanh nghiệp từ: trồng, chăm sóc, bảo vệ rừng; thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn kinh tế xã hội khó khăn; Nuôi trồng lâm sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn; Sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, vật nuôi; Sản xuất, khai thác và tinh chế muối trừ sản xuất muối quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP; Đầu tư bảo quản nông sản sau thu hoạch, bảo quản nông, thủy sản và thực phẩm, bao gồm cả đầu tư để trực tiếp bảo quản hoặc đầu tư để cho thuê bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm.

Trường hợp 2: Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 17% trong thời gian mười năm, miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo, cụ thể:

Ưu đãi về thuế suất: Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 17% trong thời gian mười năm.

- Căn cứ điểm a khoản 3 Điều 13 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 (Điểm này được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 7 Điều 1 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi năm 2013)

“Điều 13. Ưu đãi về thuế suất

3. Áp dụng thuế suất 20% trong thời gian mười năm đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn;

Từ ngày 01 tháng 01 năm 2016, thu nhập của doanh nghiệp quy định tại khoản này được áp dụng thuế suất 17%.”

- Căn cứ điểm a khoản 3 Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp

“Điều 15. Thuế suất ưu đãi

3. Thuế suất 20% trong thời gian mười năm áp dụng đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;

Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới vào các lĩnh vực, địa bàn ưu đãi thuế quy định tại các Điểm a, b Khoản này kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 áp dụng thuế suất 17%.”

- Căn cứ điểm a khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18 tháng 6 năm 2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

“Điều 19. Thuế suất ưu đãi

4. Thuế suất ưu đãi 20% trong thời gian mười năm (10 năm) áp dụng đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 218/2013/NĐ-CP của Chính phủ.

Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới vào các lĩnh vực, địa bàn ưu đãi thuế quy định tại khoản này kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 áp dụng thuế suất 17%.”

Ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế: Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo.

- Căn cứ khoản 2 và khoản 3 Điều 14 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 (Các khoản này được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 8 Điều 1 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi năm 2013)

“Điều 14. Ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế

2. Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại khoản 3 Điều 13 của Luật này và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp, trừ khu công nghiệp thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội thuận lợi theo quy định của pháp luật được miễn thuế tối đa không quá hai năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa không quá bốn năm tiếp theo.

3. Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao quy định tại điểm c khoản 1 Điều 13 của Luật này được tính từ ngày được cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.”

- Căn cứ khoản 3 Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (Khoản này được sửa đổi bởi Khoản 6 Điều 1 Nghị định 91/2014/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 15/11/2014).

“Điều 16. Miễn thuế, giảm thuế

3. Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 3 Điều 15 Nghị định này và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp (trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện - kinh tế xã hội thuận lợi).”

- Căn cứ khoản 3 và khoản 4 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18 tháng 6 năm 2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (Khoản 3 được sửa đổi bởi Điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 15/11/2014; Khoản 4 được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 12 Thông tư số 96/2015/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 06/08/2015)

“Điều 20. Ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế

3. Miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo đối với thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính và thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại Khu công nghiệp (trừ Khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện - kinh tế xã hội thuận lợi).

4. Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mới phát sinh doanh thu.”

* Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế:

- Căn cứ khoản 4 Điều 18 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 (Khoản này được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 12 Điều 1 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi năm 2013)

“Điều 18. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế

4. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.”

- Căn cứ khoản 3 Điều 19 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp

“Điều 19. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

3. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.

Như vậy, căn cứ vào Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế quy định tại khoản 4 Điều 18 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008 thì Công ty TP được lựa chọn áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp là Trường hợp 1 (Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động) hoặc Trường hợp 2 (Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 17% trong thời gian mười năm, miễn thuế 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo).

* Về kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp của Công ty TP từ năm 2017 - 2022:

Công ty TP đầu tư Dự án Nhà máy chế biến bột cá tại địa bàn huyện Châu Thành (địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn), được hưởng ưu đãi thuế theo Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư mã số 2444881821 ngày 09/5/2016 do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bến Tre cấp.

Công ty TP đã thực hiện kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2017 - 2022 cụ thể như sau:

- Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động.

- Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 02 năm và giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 4 năm tiếp theo (Cụ thể: Miễn thuế TNDN 02 năm kể từ năm 2017 và giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 04 năm tiếp theo kể từ năm 2019).

+ Công ty đã được quyết toán thuế: miễn thuế 02 năm từ năm 2017 - 2018, giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2019.

+ Từ năm 2020 - 2022: kê khai giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp.

* Kết luận về áp dụng mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Công ty TP:

- Căn cứ vào Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế quy định tại khoản 4 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008;

- Căn cứ vào khoản 3 và khoản 4 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18 tháng 6 năm 2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (Khoản 3 được sửa đổi bởi Điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 15/11/2014; Khoản 4 được sửa đổi bởi Khoản 2 Điều 12 Thông tư số 96/2015/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 06/08/2015);

- Căn cứ vào hồ sơ kê khai ưu đãi thuế thu nhập Công ty TP đã kê khai từ năm 2017 - 2022;

Căn cứ vào các quy định về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và hồ sơ kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp Công ty TP đã kê khai, Trưởng đoàn kiểm tra theo Quyết định số 1253/QĐ-CTBTR đã giải thích về việc áp dụng chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Công ty TP và Công ty TP đã thống nhất lựa chọn áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời kỳ kiểm tra từ năm 2020 - 2022 (đã thống nhất trên Biên bản kiểm tra thuế), cụ thể như sau:

+ Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 17% trong thời gian mười năm theo quy định tại khoản 4 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

+ Miễn thuế hai năm và giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong bốn năm tiếp theo theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC, được sửa đổi bởi Điều 6 Thông tư số 151/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các nghị định quy định về thuế (Cụ thể: Miễn thuế TNDN 02 năm kể từ năm 2017 và giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 04 năm tiếp theo kể từ năm 2019).

Căn cứ vào những nội dung phân tích nêu trên Đoàn kiểm tra kết luận Công ty TP kê khai ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp chênh lệch thiếu 7% (17% - 10%) trong thời kỳ kiểm tra từ năm 2020 - 2022, dẫn đến thiếu số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp là 716.641.912 đồng; thuế thu nhập doanh nghiệp Đoàn kiểm tra truy thu thêm là 92.750.048 đồng, nguyên nhân là do tăng doanh thu và giảm chi phí được trừ từ năm 2020 - 2022. Do đó, tổng số thuế TNDN truy thu qua kiểm tra trong thời kỳ từ năm 2020 - 2022 là 809.391.960 đồng.

- Căn cứ vào khoản 1 Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22 tháng 6 năm 2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế và sửa đổi bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014, Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính, cụ thể:

“Điều 6. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

1. Sửa đổi, bổ sung Khoản 1a Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC quy định về “Thu nhập được miễn thuế”, không có quy định được áp dụng thuế suất ưu đãi 10%.

- Căn cứ Công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 của Cục Thuế tỉnh Bến Tre về việc ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với dự án Nhà máy chế biến bột cá: hướng dẫn Công ty TP được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:

“- Ưu đãi về thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp: Áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới về chế biến thủy sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế-xã hội khó khăn.

- Ưu đãi về miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp: Thu nhập của Doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế-xã hội khó khăn được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 02 (hai) năm và giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 04 (bốn) năm tiếp theo.”

Khi ban hành Công văn hướng dẫn số 914/CT-THNVDT, Cục Thuế tỉnh Bến Tre căn cứ vào hướng dẫn xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tại khoản 2 Công văn số 5181/BTC-TCT ngày 15/4/2016 của Bộ Tài chính về việc chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản: “Doanh nghiệp được áp dụng đồng thời nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập”. Tuy nhiên, căn cứ vào Công văn số 3091/BTC-TCT ngày 08/3/2017 của Bộ Tài chính về việc chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản, đã thay thế điểm 2(i) công văn số 5181/BTC-TCT, theo đó thì doanh nghiệp không được áp dụng đồng thời nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập, cụ thể:

“Trường hợp trong cùng một thời gian, doanh nghiệp vừa được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về ưu đãi chế biến nông sản, thủy sản, vừa đáp ứng điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện về chế biến nông sản, thủy sản) thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất tương ứng với một điều kiện ưu đãi.

Công văn này thay thế nội dung hướng dẫn việc xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản đáp ứng đồng thời các điều kiện ưu đãi nêu tại điểm 2(i) công văn số 5181/BTC-TCT ngày 15/4/2016 của Bộ Tài chính”

Công văn số 5181/BTC-TCT ngày 15/4/2016 và Công văn số 3091/BTC-TCT ngày 08/3/2017 của Bộ Tài chính đã được đăng tải trên Trang thông tin điện tử Tổng cục Thuế để các doanh nghiệp cập nhật chính sách ưu đãi thuế và áp dụng tại doanh nghiệp. Việc cập nhật chính sách ưu đãi thuế và áp dụng tại doanh nghiệp thì doanh nghiệp phải có trách nhiệm tự cập nhật theo Điều 42 của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.

Từ những cơ sở trên, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre xác định việc ban hành Quyết định số 45/QĐ-CTBTR ngày 11/01/2024 về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TP là đúng quy định pháp luật, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre đã xem xét toàn diện các khoản chính sách ưu đãi mà công ty được hưởng.

Tại Bản án hành chính sơ thẩm số 19/2024/HC-ST ngày 15 tháng 8 năm 2024, Tòa án nhân dân tỉnh Bến Tre đã quyết định:

Căn cứ vào khoản 1 Điều 158; điểm a khoản 2 Điều 193 của Luật Tố tụng hành chính;

Căn cứ vào Luật Quản lý thuế; Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp; Nghị quyết số 326/2016/UNTVQH14 ngày 30 tháng 12 năm 2016 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án;

Tuyên xử:

Bác yêu cầu khởi kiện của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP về việc yêu cầu hủy một phần Quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 45/QĐ-CTBTR ngày 11 tháng 01 năm 2024 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre (biện pháp khắc phục hậu quả, mục c), cụ thể:

Đối với việc truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (chương 554; tiểu mục 1052) với số tiền là: 809.391.960 đồng (tám trăm linh chín triệu, ba trăm chín mươi mốt nghìn, chín trăm sáu mươi đồng). Trong đó:

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2020 là: 566.900.135 đồng.

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2021 là: 99.870.758 đồng.

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2022 là : 142.621.067 đồng.

Đối với việc nộp tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (chương 554; tiểu mục 4918) là: 8.783.286 đồng (tám triệu, bảy trăm tám mươi ba nghìn, hai trăm tám mươi sáu đồng). Số tiền chậm nộp tiền thuế nêu trên được tính đến ngày 08/01/2024. Công ty có trách nhiệm tự tính và nộp số tiền chậm nộp tiền thuế kể từ sau ngày 08/01/2024 đến thời điểm thực nộp số tiền thuế truy thu nêu trên vào ngân sách nhà nước theo quy định.

Ngoài ra, Tòa án cấp sơ thẩm còn quyết định về án phí và quyền kháng cáo theo luật định.

Ngày 29/8/2024, người khởi kiện Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP kháng cáo toàn bộ bản án sơ thẩm cho rằng: Bản án sơ thẩm bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của Công ty TP, đã xâm phạm nghiêm trọng đến quyền và lợi ích hợp pháp của Công ty. Do đó, Công ty TP kháng cáo yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm xem xét, giải quyết theo quy định của pháp luật.

Tại phiên tòa phúc thẩm:

Người đại diện theo ủy quyền của người khởi kiện giữ nguyên nội dung đơn khởi kiện và đơn kháng cáo của người khởi kiện, cụ thể đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm sửa bản án hành chính sơ thẩm nêu trên, vì cho rằng:

Năm 2016, Cục thuế tỉnh Bến Tre có công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 về việc hướng dẫn Công ty TNHH Trường Phát kê khai, nộp thuế và Công ty TP đã thực hiện đúng theo quy định; Qua các lần thanh tra của Cục thuế tỉnh Bến Tre các năm 2018 và 2020 thì Công ty TP đã thực hiện đúng và không có sai phạm; Cục thuế tỉnh Bến Tre không có văn bản nào khác ngoài văn bản 914 ngày 17/5/2016 hướng dẫn Công ty kê khai, nộp thuế. Vì vậy, việc Cục thuế ra quyết định xử phạt là không đúng. Đề nghị hủy một phần Quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 45/QĐ-CTBTR ngày 11 tháng 01 năm 2024 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre.

Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre là ông Lê Văn Bảo trình bày ý kiến: công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 về việc hướng dẫn Công ty TNHH Trường Phát kê khai, nộp thuế căn cứ vào Công văn số 5181/BTC-TCT ngày 15/4/2016 của Bộ Tài chính về việc chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản: “Doanh nghiệp được áp dụng đồng thời nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập”. Tuy nhiên, sau này căn cứ vào Công văn số 3091/BTC-TCT ngày 08/3/2017 của Bộ Tài chính về việc chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản, đã thay thế điểm 2(i) công văn số 5181/BTC-TCT hướng dẫn về việc ưu đãi thuế cho Doanh nghiệp chỉ được chọn một mức ưu đãi cao nhất. Đề nghị giữ nguyên bản án hành chính sơ thẩm.

Đại diện Viện kiểm sát nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh tham gia phiên tòa phát biểu ý kiến về việc giải quyết vụ án:

Về việc tuân theo pháp luật tố tụng của Thẩm phán, Hội đồng xét xử, Thư ký phiên tòa và những người tham gia tố tụng trong quá trình giải quyết vụ án, kể từ khi thụ lý, cho đến trước thời điểm Hội đồng xét xử nghị án: đã tuân thủ đúng các quy định của pháp luật.

Về việc giải quyết vụ án: Việc Cục thuế tỉnh Bến Tre quyết định truy thu thuế và phạt chậm nộp thuế căn cứ vào hướng dẫn của Công văn số 3091/BTC-TCT ngày 08/3/2017 của Bộ Tài chính về việc chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản. Người khởi kiện cho rằng đã thực hiện việc kê khai nộp thuế theo hướng dẫn tại công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 là không có căn cứ. Căn cứ ban hành quyết định của Cục thuế tỉnh Bến Tre đối với Công ty TP đã ghi nhận các vi phạm của Công ty dẫn đến thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp nên truy thu. Biên bản kiểm tra ngày 09/01/2024, Công ty TP cũng đồng ý và ký tên vào văn bản. Công ty cho rằng thực hiện đúng theo hướng dẫn tại công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 nhưng trách nhiệm của doanh nghiệp phải kê khai đúng theo quy định của pháp luật. Bản án sơ thẩm bác yêu cầu khởi kiện là có căn cứ. Tại phiên tòa hôm nay, người khởi kiện không có chứng cứ mới để chứng minh yêu cầu kháng cáo. Đề nghị Hội đồng xét xử phúc thẩm không chấp nhận yêu cầu khởi kiện và yêu cầu kháng cáo của người khởi kiện, giữ nguyên bản án sơ thẩm.

NHẬN ĐỊNH CỦA TÒA ÁN:

Căn cứ vào tài liệu, chứng cứ đã được kiểm tra, xem xét tại phiên toà, kết quả tranh tụng tại phiên toà, ý kiến của Kiểm sát viên, các quy định của pháp luật, Hội đồng xét xử nhận định:

Xét tính hợp pháp và có căn cứ của quyết định hành chính số 45/QĐ-CTBTR ngày 11/01/2024 của Cục trưởng Cục Thuế tỉnh Bến Tre:

Ngày 06/10/2023, Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre ban hành Quyết định số 1253/QĐ-CTBTR về việc kiểm tra thuế tại Công ty TP, thời gian kiểm tra từ ngày 01/01/2020 đến ngày 31/12/2022.

Tại Biên bản kiểm tra ngày 09/01/2024, Công ty TP thống nhất lựa chọn áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời kỳ kiểm tra từ năm 2020 đến năm 2022 như sau:

+ Áp dụng thuế suất thu nhập doanh nghiệp 17% trong thời gian 10 năm theo quy định tại khoản 4 Điều 19 Thông tư 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

+ Miễn thuế 02 năm và giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 04 năm tiếp theo quy định tại khoản 3 Điều 20 Thông tư 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính, được sửa đổi bổ sung bởi Điều 6 Thông tư 151/2014/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế.

Theo kết quả kiểm tra, quá trình hoạt động Công ty TP đã thực hiện kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2017 đến năm 2022 như sau:

+ Áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động.

+ Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 02 năm và giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 4 năm tiếp theo (miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 02 năm 2017-2018; giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2019, 2020, 2021, 2022).

Công ty TP cho rằng việc kê khai thuế của Công ty TP là đúng quy định pháp luật do công ty thực hiện theo Công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 của Cục Thuế tỉnh Bến Tre ban hành về việc ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với dự án Nhà máy chế biến bột cá.

Cục Thuế tỉnh Bến Tre căn cứ Công văn số 5181/BTC-TCT ngày 15/4/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản: “Doanh nghiệp được áp dụng đồng thời nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập”, đã ban hành Công văn số 914/CT-THNVDT hướng dẫn Công ty TP áp dụng thuế suất ưu đãi như đã nêu trên.

Ngày 08/03/2017, Bộ Tài chính ban hành Công văn số 3091/BTC-TCT về việc chính sách thuế đối với thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản, thay thế điểm 2(i) Công văn số 5181/BTC-TCT, có nội dung hướng dẫn như sau: “Trường hợp trong cùng một thời gian, doanh nghiệp vừa được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về ưu đãi chế biến nông sản, thủy sản, vừa đáp ứng điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện về chế biến nông sản, thủy sản) thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất tương ứng với một điều kiện ưu đãi”.

Công văn số 5181/BTC-TCT và Công văn số 3091/BTC-TCT đã được đăng tải trên trang Thông tin điện tử Tổng cục thuế để cho doanh nghiệp cập nhật thực hiện các chính sách về thuế.

Căn cứ Luật Quản lý thuế năm 2019 quy định nhiệm vụ của cơ quan quản lý thuế; trách nhiệm người nộp thuế; nguyên tắc khai thuế, tính thuế, …

Tại phiên tòa sơ thẩm, cũng như tại phiên tòa phúc thẩm thì người đại diện, người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người khởi kiện Công ty TP trình bày Công ty TP có bộ phận kế toán; có kế toán trưởng; có cập nhật Công văn số 5181/BTC-TCT và Công văn số 3091/BTC-TCT. Tuy nhiên, Công ty TP chỉ thực hiện theo Công văn số 914/CT-THNVDT ngày 17/5/2016 của Cục Thuế tỉnh Bến Tre trong việc kê khai thuế và nộp thuế. Từ đó, dẫn đến Công ty TP kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2017 - 2022 áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10%, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 02 năm và giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp là trái với quy định pháp luật.

Căn cứ vào Biên bản kiểm tra ngày 09/01/2024 của Đoàn kiểm tra Cục thuế tỉnh Bến Tre, Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre ban hành Quyết định số 45/QĐ-CTBTR ngày 11/01/2024 về việc xử phạt vi phạm hành chính đối với Công ty TP là có căn cứ, đúng quy định pháp luật.

Từ những phân tích trên, xét thấy việc Công ty TP khởi kiện yêu cầu hủy một phần Quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 45/QĐ-CTBTR ngày 11/01/2024 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre, đối với việc truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp số tiền 809.391.960 đồng; tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đến ngày 08/01/2024 số tiền 8.783.286 đồng là không có căn cứ nên không được chấp nhận.

Tại phiên tòa phúc thẩm ngày hôm nay, phía người khởi kiện không xuất trình được chứng cứ mới để chứng minh cho yêu cầu khởi kiện và yêu cầu kháng cáo. Hội đồng xét xử phúc thẩm nhận thấy không có căn cứ để chấp nhận yêu cầu khởi kiện và yêu cầu kháng cáo của người khởi kiện.

Vì các lẽ trên,

QUYẾT ĐỊNH:

Căn cứ khoản 1 Điều 241, Điều 242 Luật tố tụng hành chính;

Điều 32, Điều 33, Điều 34 của Nghị quyết số 326/2016/UBTVQH14 ngày 30/12/2016 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, giữ quản lý và sử dụng án phí, lệ phí Tòa án;

Tuyên xử:

1. Không chấp nhận kháng cáo của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP.

2. Giữ nguyên Bản án hành chính sơ thẩm số 19/2024/HC-ST ngày 15 tháng 8 năm 2024 của Tòa án nhân dân tỉnh Bến Tre;

Không chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP về việc yêu cầu hủy một phần Quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 45/QĐ-CTBTR ngày 11 tháng 01 năm 2024 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Bến Tre (biện pháp khắc phục hậu quả, mục c), cụ thể:

Đối với việc truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (chương 554; tiểu mục 1052) với số tiền là: 809.391.960 đồng (tám trăm linh chín triệu, ba trăm chín mươi mốt nghìn, chín trăm sáu mươi đồng). Trong đó:

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2020 là: 566.900.135 đồng.

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2021 là: 99.870.758 đồng.

+ Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2022 là : 142.621.067 đồng.

Đối với việc nộp tiền chậm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (chương 554; tiểu mục 4918) là: 8.783.286 đồng (tám triệu, bảy trăm tám mươi ba nghìn, hai trăm tám mươi sáu đồng). Số tiền chậm nộp tiền thuế nêu trên được tính đến ngày 08/01/2024. Công ty có trách nhiệm tự tính và nộp số tiền chậm nộp tiền thuế kể từ sau ngày 08/01/2024 đến thời điểm thực nộp số tiền thuế truy thu nêu trên vào ngân sách nhà nước theo quy định.

3. Các quyết định khác của bản án hành chính sơ thẩm không bị kháng cáo, kháng nghị có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.

4. Về án phí hành chính phúc thẩm: Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP phải nộp 300.000 đồng, được khấu trừ số tiền tạm ứng án phí phúc thẩm đã nộp theo biên lai thu số 0002975 ngày 04/9/2024 của Cục Thi hành án dân sự tỉnh Bến Tre. Công ty Trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ TP đã nộp đủ án phí phúc thẩm.

Bản án phúc thẩm có hiệu lực kể từ ngày tuyên án./.